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在科學小飛俠的奮戰之下，秘密組織惡魔黨曾一度被徹底消滅。然而，原本應該飛往宇宙彼方的幕後至主謀無名主宰卻再度侵略地球。他命令新的僕人杜蘭莎為首領，並且復活惡魔黨。為了從捲土重來的惡魔黨魔掌中拯救世界，科學小飛俠駕駛新型航空母艦「新鳳凰號」，挺身迎戰！
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新集數
24分
第1集【無名主宰的反擊】
24分由於科學小飛俠的活躍表現，黯然敗北的無名主宰，綁架了一名染色體異常的孩童，並讓他急速成長，將他任命為新首領--杜蘭莎。
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24分
第2集【神秘的白羽手裡劍】
24分面對武神像迎面襲來的攻擊，一個神秘的身影適時替小飛俠們解危。歐俊也被白羽手裡劍打倒。鐵雄等人再次回想起有關大明的記憶。
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24分
第3集【地獄黑騎士】
24分一卷警示惡魔黨基地建設計劃的錄音帶，被送到了國際科學技術廳。科學小飛俠根據錄音帶內，酷似大明聲音所提供的線索，前往弗蘭茲魯斯。
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24分
第4集【大明回來了!?】
24分惡魔黨在戴拉沙漠地底建設的秘密基地意外發生大爆炸。鄰近的城市受到影響，發生了大地震。
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24分
第5集【神秘原始人襲來】
24分大約三萬五千年前滅絕的原始人在現代復活，他們摧毀了叢林地區富爾吉尼亞的村莊。科學小飛俠前往村莊調查，發現之前認識的移民家庭藤堂一家中，只有年幼的兒子倖存。
