第1集【沒入銀色的城市】 伊莉雅等人快樂的暑假突然迎來了結束。對於與在圓藏山刻下的第8張職階卡片的英靈的戰鬥的抓痕一夜之間消失，有可疑的想法。趕去現場的伊莉雅她們，與謎之少女們相遇，少女們還對美遊說“我們來迎接您了”……。在激烈的戰鬥中，伊莉雅被不可思議的光芒包圍。之後，醒來發現在真冬的冬木市！？

第2集【邂逅與再會】 恩茲華斯的Dolls之一，碧兒翠絲，謎之少女，向田中和伊莉雅襲擊。被壓倒性的力量逼進絕路的兩人，在萬事休矣的時刻，碧兒翠絲被什麼人召回了，兩人才擺脫困境。之後肚子餓的伊莉雅和田中被可疑的拉麵店主捲進了新的危機。沒有，錢！？拯救那樣的危機的意外人物出現了？

第3集【你真正的敵人】 在吉爾的引導下，伊莉雅和田中一起成功潛入愛因茲華斯的宅邸。目標是前往美遊被幽禁的房間。而在那阻擋她們的是，碧兒翠絲和安潔莉卡。在窮途末路的情況下，伊莉雅成功與魔法紅寶石命運般地再會。伊莉雅再次取回魔法少女之力，為了拯救美游而振奮起來！

第4集【致懦弱的妹妹】 因為小黑的狙擊，成功擊退了碧兒翠絲一行人，一時撤退回恩茲華斯的宅邸，巴澤特她們以學校的建築作為據點以便恢復體力。但是，伊莉雅還找不到向擁有Archer“吉爾伽美什”、Berserker“雷神托爾”的卡片的敵人對抗的計策，而感到失落。對著那樣的她，小黑突然持著雙劍朝伊莉雅襲擊……！？

第5集【小淑女 襲來】 巴澤特佈置了結界，應該能防止Dolls們的急襲。但是，伊莉雅目擊到了名為艾莉嘉的幼女想侵入學校。艾莉嘉不知何故稱伊莉雅為“姐姐”，於是兩人一眨眼間就變得融洽起來。此中，自稱艾莉嘉的父親的男人出現了。這個看似溫柔的男人，說是來接艾莉嘉的…！？

第6集【凝結成冰的敵意】 來迎接艾莉嘉的男人，自稱大流士，恩茲華斯家的當家，正是擄走美游的罪魁禍首。大流士有著強大的力量，現出了冰之結界型寶具。小黑即便用螺旋劍破壞結界，也無法造成一點傷害，然後大流士對伊莉雅說了一些衝擊性的話語……！？

第7集【人偶與布偶】 伊莉雅被捕捉到恩茲華斯宅邸內的地下牢籠。艾莉嘉想滿足美遊“想在伊莉雅身邊”的願望，把伊莉雅的意識從人體轉移到熊布偶當中。因為天性的幻想和鼓動，伊莉雅掌握了動作的自由，但為了找回自己的身體，在屋子裡到處尋找的途中，卻意外遇到了碧兒翠絲……。

第8集【人與道具】 帶著藍寶石以熊玩偶的姿態變身為魔法少女的伊莉雅，與被替換意識的凜和露維亞展開激勵的攻防戰，並進入到艾莉嘉和安潔莉卡都在的寢室當中。為了取回本來的身體，與安潔莉卡對峙的伊莉雅得知了美遊背後的真相。

第9集【伊莉雅的選擇】 犧牲美遊，拯救世界……。恩茲華斯的真正目的，以美游作為聖杯祈求人類被拯救。伊莉雅陷入了意外的展開。及時趕來的小黑，果斷認為比起拯救平行世界，美遊更重要。另一方面伊莉雅，想到美遊和世界被放在了天平上，無法做出選擇……。

第10集【去往公主的身邊】 美遊和世界，雙方都要救！！為了實現那樣的伊莉雅的願望，必須從恩茲華斯的手中奪回美遊。被迫展開激烈的戰鬥的伊莉雅恢復原樣，隱身的吉爾和巴澤特為推翻劣勢而現身。終於伊莉雅和美遊再會的時刻來臨。

第11集【不是一個人】 率領無數漆黑的英靈，朱利安打算再次得到美遊。另一方面，從牢籠中被解放的美游的哥哥—衛宮士郎，為了保護美遊使用投影魔術，朝著朱利安而去。士郎的刀刃正要向朱利安飛去的時候，在前方阻攔的是，稱呼士郎為“前輩”的一個少女。

第12集【連上的奇跡】 從聖杯中溢出的泥沼英靈襲擊伊莉雅等人。變身為Saber的伊莉雅即便使出渾身解數放出了Excalibur，也無法剷除掉那些不祥的存在。伊莉雅雖然無法打破局面，但為了救出美游和拯救平行世界的未來，她並沒有放棄，其雙眸一直在凝視著未來。