假面騎士Gotchard

原本只是普通高中生的一之瀨寶太郎，跟他的同班同學九堂凜音產生了一些爭執。原本想上前理論的寶太郎，卻意外地發現了九堂擁有神祕的力量，而且還碰見了一隻奇怪的蝗蟲。就在他不知道如何是好的時候，一輛蒸汽火車突然衝了過來，並把他帶到了另一個世界。就在那裡，他遇到了一個神祕男人，他從男人手上拿到了驅動器，並被託付了拯救世界的使命。隨後，男人為了阻擋冥黑三姊妹而犧牲，寶太郎雖然回到了現實世界，但由於101隻克米被釋放出來的緣故，街上開始動盪不安。此時冥黑三姊妹追擊而來，為了保護大家，寶太郎啟動了驅動器……。

一頭霧水的寶太郎，為了了解更多有關克米的事，跟著阿湊老師來到了鍊金學院接受測驗。在測驗上，凜音向寶太郎詢問驅動器的來歷，在得知是從自己父親手上拿到的之後，留下寶太郎一個人就轉身離開了。隔天，對鍊金術一竅不通的寶太郎，正在煩惱要怎麼讓兩隻不同重量的克米轉變成相同重量。此時凜音再次出現，對寶太郎解釋了一些鍊金術的基本概念，途中滑板瑪魯加姆突然出現了。為了拯救彎曲滑板，寶太郎再次變身成為假面騎士，這次還用上了新的組合……。

夢想跟所有克米成為夥伴的寶太郎，為了成為厲害的鍊金術師，想要請阿湊老師給他一隻最難相處的克米。就在他還在想辦法跟那隻克米──壯烈武士道打好關係的時候，瑪魯加姆出現了。寶太郎雖然想阻止他，但壯烈武士道卻不願意配合，也因此害得寶太郎中了麻痺毒，沒能拯救大家。幸好阿湊老師趕來拯救了他，但沒能拯救大家的愧疚感，讓他重新思考了自己對克米的態度。就在這時，那個盯上寶太郎的神祕男子突然出現，並叫他交出驅動器……。

突然出現的神祕男子叫做史帕納，原來他是鍊金學院的高層派來幫忙回收克米的人。不過寶太郎注意到，他似乎特別在意凜音，也對凜音特別好。就在寶太郎疑惑史帕納是否喜歡凜音的時候，克米昇華器感應到克米出現了。寶太郎跟凜音追過去一看，才發現自己中了冥黑三姊妹的陷阱。她們是為了驅動器，才故意用克米來做誘餌。這次留下來應戰的是冥黑三姊妹的三女──拉克西斯。在跟她對戰的途中，她告訴了寶太郎他們，交付驅動器的人正是凜音的父親，九堂風雅，而且他已經被殺害了。得知這個消息的凜音久久不能釋懷，開始跟寶太郎講起她跟她父親的事……。

聽到蓮華與錆丸抓到大量克米的寶太郎，決定向他們請教抓克米的訣竅，於是他們跟隨蓮華的直覺來到了職業摔角道場。此時他們遇到了這裡的館長與來討土地的流氓。經過館長的解釋，才發現館長除了被炒地皮商人暴力強搶土地外，還因為一位名叫剛力的前摔角手鬧場，導致沒人敢進入他們道場學習。但即使如此，館長還是沒有放棄想要教育下一代的夢想，這個夢想吸引了同為摔角手的克米──摔角手G，決定陪伴他守護道場。聽到這件事的寶太郎決定要跟館長學習摔角，並從被變成瑪魯加姆的剛力手中守護道場……。

史帕納突然來到了寶太郎家的店，還點了早餐來吃。寶太郎雖然滿臉疑惑，但還是做了早餐給史帕納，然而史帕納卻說難吃，還打算要借廚房露一手。當他的料理獲得媽媽跟加治木的賞識後，心中感到不平的寶太郎決定追上史帕納好好跟他理論一番。然而，他卻發現了另一位在尾隨史帕納的奇怪男人。後來才知道，原來他是在超A級鍊金術師的最終測驗中敗給史帕納的一名鍊金術師。為了奪回他應有的榮耀，他一直在背地裡偷襲史帕納，甚至還因此變成了瑪魯加姆綁架了凜音。但他不知道的是，史帕納根本不知道他是誰……。

正在爭論新的克米是誰抓到的寶太郎一行人，在討論的途中突然跑來了一個小孩。原來是他看見了寶太郎他們剛才抓機械螃蟹的過程，所以決定把他身邊的另一隻克米──尖針仙人掌交給他們。寶太郎好奇他為什麼要跟克米分開，但他卻說只是因為爸爸叫他丟所以他就丟了。認為他內心其實渴望跟克米在一起的寶太郎不顧眾人阻攔，決定違反克米的戒律，試圖解開小孩的心結並幫助他接納自己真正的想法。就在他跟那位小孩談論的過程中，一位神祕的男人虎視眈眈地盯著他們並轉變成瑪魯加姆，向他們發動了攻擊……。

在與瑪魯加姆戰鬥的過程中，尖針仙人掌逃跑了。擔心尖針仙人掌的理玖終於願意訴說他與尖針仙人掌──仙之助的故事。從小一直專心唸書的他，非常想要朋友。就在這時，他遇到了仙之助，並跟他成為了好朋友。但同時，他的成績也開始變得不穩定，還上課還常常遲到。結果發現這件事的爸爸，氣得叫他把仙之助丟掉。沒能完成跟爸爸的約定，也沒能保護好仙之助的理玖非常自責。寶太郎跟他約定，一定會找到仙之助，於是他叫出了智慧型手機幫忙尋找。在找到仙之助之後，雖然理玖他們暫時解開了心結，但變成瑪魯加姆的爸爸卻依然想要把害他兒子不能用功唸書的因素全部清除掉……。

聽說有人在京都看到了幽浮，於是寶太郎他們一行人，決定趁這次校外教學找到傳說中的幽浮！但在途中，蝗蟲1號卻偷偷藏在寶太郎的背包裡，而且還被加治木看到了！就在加治木追著蝗蟲1號不放的時候，彷彿命中注定一般，他遇到了跟他一樣在《超常行星》上投稿過的女性──姬野聖。雖然加治木很想跟她繼續聊《超常行星》的話題，但很可惜她要上班先走了。於是，加治木他們決定把這次校外教學的目標從幽浮改成尋找姬野聖，並開始在太秦映畫村到處找人。雖然最後他們找到了她，但與此同時阿湊老師收到了消息，發現冥黑三姊妹的克洛托也來到京都了……。

在擊敗了矢吹變成的瑪魯加姆之後，阿湊老師發現被克洛托放走的人還有一個，那個人就是姬野聖的哥哥──姬野劍。為了拯救克米與聖，寶太郎跟阿湊老師急忙趕去現場，而凜音等人則留下來照顧失戀的加治木。然而聽到新聞的加治木，知道劍是聖的哥哥後，擔心聖的安危，也跟著跑去了現場。就在寶太郎他們變身成消防薔薇解決掉劍變成的瑪魯加姆後，聖卻開始轉變成瑪魯加姆了。一直相信著哥哥的聖，被哥哥背叛以後內心開始崩潰，她的惡意吸引了雷電池。不想強制分離克米的寶太郎，被聖打得無法還手，這時加治木站了出來……。

結束校外教學的寶太郎一行人，重新開始捕捉逃走的克米。就在他們以為這樣的日子會持續下去的時候，鍊金聯盟卻為了調查間諜以及假面騎士的事來到了鍊金學院。正當他們因為調查官逼迫寶太郎交出驅動器，所以跟調查官抗爭的時候，警報聲突然響起。原來是冥黑三姊妹闖入了學校，為了保護一般學生，寶太郎他們開始尋找她們的身影。這時，阿特羅波斯又再度找上了凜音……。

雖然發現了間諜是誰，但間諜達成使命後，阿特羅波斯便把她處理掉了。就在寶太郎不解她們為什麼要殺掉汐里的時候，冥黑三姊妹出手綁架了錆丸，並強迫他使用了Dread驅動器跟大家戰鬥。被迫與同伴戰鬥的寶太郎沒辦法發揮全力，只能任由他傷害自己。最後寶太郎解除了變身，被黑色的假面騎士壓在地上打。幸好蓮華喚回了錆丸的意識，成功阻止他繼續毆打寶太郎，但卻沒辦法阻止他繼續被冥黑三姊妹控制。就在大家陷入絕望時，幽浮X出現了……。

為了拯救錆丸而煩惱的寶太郎一行人，在煩惱過後決定再次召喚幽浮X，向他請教Gotchard王者聖劍真正的使用方法。但就在此時，冥黑三姊妹她們闖入學校開始大肆破壞。無可奈何之下，阿湊老師與史帕納留下來對抗Dread以及冥黑三姊妹，寶太郎他們則拉上加治木去召喚幽浮X。就在史帕納跟阿湊老師被打得節節敗退的時候，幽浮X出現了！他把寶太郎帶到最初和風雅相遇的地方，並傳授他聖劍真正的使用方法……。

擔心是因為自己跟阿特羅波斯說錯話才害大家受傷的凜音，跑來跟寶太郎談心了。寶太郎認為這不是凜音的錯，並因為沒有察覺到她的煩惱，向凜音道了歉。就在這時，一聲怒吼傳到了寶太郎他們的耳裡。在阿湊老師的說明下，認為那很有可能是等級10的克米X霸王龍。就在他們往聲音源頭的方向尋找之時，遇到了一位名叫爽的少女。她聽說有人在附近的湖看到了一隻恐龍。為了拍下那隻恐龍送給在《超常體驗》連載文章的爸爸，她才會在這裡。此時，湖的對面又傳來了X霸王龍的叫聲……。

雖然寶太郎透過X霸王龍獲得了強大的力量，卻仍然沒辦法阻止冥黑三姊妹傷害其他人。就在大家陷入危機的時候，凜音突然醒悟，對阿特羅波斯做出了反抗。反抗成功的凜音雖然暫時解救了寶太郎他們，卻還是沒辦法阻止冥黑三姊妹。此時，史帕納出現干擾了拉克西斯，寶太郎抓住機會成功用必殺技將克洛托打回原形。最後，寶太郎透過驅動器接收了大家的心意強化了假面騎士的力量，成功擊退了冥黑三姊妹……。

冥黑三姊妹的主人終於出現了。這次他操控拉克西斯變成邪岐大蛇瑪魯加姆，把城市裡的居民們變成了石像。正當寶太郎他們還在釐清發生什麼事的時候，加治木、蓮華、錆丸都被變成了石像，最後甚至連史帕納跟凜音也被石化了。充滿絕望的時刻到來，正當寶太郎決定放手一搏時，神祕的假面騎士出現了！而且他居然也是Gotchard！他的力量比寶太郎還要強大，很快他就把拉克西斯的本體打出來了，然而這位神祕的假面騎士卻突然在戰鬥中讓寶太郎二選一，選擇要繼續把危機交給他解決，還是讓寶太郎自己抓住自己想要的未來……。

再度回到日常生活，準備過新年的寶太郎一行人，沒想到竟然又遇上了難纏的對手！新的瑪魯加姆出現，把工人們全部都帶到影子裡沉眠了。雖然寶太郎他們想拯救工人們，但敵人實在太過強大，就在寶太郎他們陷入苦戰之際，另一位Gotchard又再度出現了！這位強大的Gotchard馬上把對手打得節節敗退，然而，他卻告訴寶太郎，不久之後有一位他們信任的人將會背叛他們，而那個人竟然是……！

阿湊老師加入了敵方的陣營，無處可去的寶太郎他們幾乎處於半放棄的狀態。蓮華跟錆丸失去了繼續奮戰的意志，寶太郎跟凜音卻還在想辦法拯救老師跟學院。就在這時，月亮瑪魯加姆跑來偷襲蓮華跟錆丸，把他們帶到了影子之中。不久之後，寶太郎他們也被襲擊了。正當凜音他們三人都被拐到影子裡的時候，另一個Gotchard再度出現了！暫時擊退瑪魯加姆後，另一個Gotchard決定讓他使用點火器作戰，但寶太郎不想要再依靠他人了，他想要靠自己的力量戰鬥。於是另一個Gotchard決定使用時間領主，讓寶太郎回到過去尋找自己最珍貴的寶物來鍊成點火器……。

寶太郎等人團結一心，組成了食堂一之瀨聯盟，決定一起守護人類跟克米。面對嚴峻的現況，蓮華提出要攻進被敵人占據的鍊金學院，卻遭到一直很循規蹈矩的凜音反對，面對蓮華的質疑，凜音一時語塞並陷入長思……此時阿湊老師突然現身，要凜音回到鍊金學院，但因為寶太郎的介入而打住，凜音也得知父親為什麼被當作叛徒。在格里昂的操作下，黎明三頭犬化為瑪魯加姆四處作亂，阿特羅波斯也在過程中遭到三頭犬襲擊，此時凜音看著阿特羅波斯，忍不住將她跟小時候的自己重疊，進而出手相救……。

格里昂將引路天使化為瑪魯格姆，目的是為了達成十年前自己沒能完成的實驗……與此同時，史帕納看到凜音能變身成假面騎士MAJADE之後異常焦躁，並不斷進行鍛鍊，此時他的父母突然現身，讓史帕納放鬆下來，跟父母閒話家常、享受天倫之樂。另一方面，鏡花為了完成要給史帕納的驅動器，去一之瀨食堂尋求寶太郎等人的協助，並希望他們能把被敵人奪走的瘋狂戰輪搶回來，這樣才能完成史帕納的驅動器。談話過程中鏡花收到史帕納說雙親回來的訊息，深感大事不妙的她立即向寶太郎他們道出史帕納小時候的悽慘遭遇……。

為了拯救變成瑪魯加姆的史帕納，寶太郎他們決定幫助鏡花一起完成史帕納的驅動器。然而就在完成的時候，冥黑三姊妹跟天使瑪魯加姆卻找上門來，想要帶走鏡花！為了保護鏡花，寶太郎他們跟冥黑三姊妹還有瑪魯加姆打了起來，另一方面，阿湊卻悄悄地來見鏡花，打算把她殺死，激怒史帕納。隨後阿湊拿著完成的驅動器跟史帕納來到了某個地方，告訴史帕納鏡花已經被他殺掉了。憤怒的史帕納再次變成瑪魯加姆，跟阿湊決一死戰！就在史帕納快要撐不住的時候，戒指幫助他看見了以前的記憶……。

寶太郎一行人為了調查蓮華的怪異舉動，決定尾隨她，看她到底喜歡上了哪個人物！聽蓮華的描述，寶太郎原本以為是史帕納，但沒想到她喜歡上的人竟然是超自然克米──心動吸血鬼！心動吸血鬼透過讓大家心動，收集大家的能量，以此轉變為自己的力量。他這麼做究竟有什麼目的呢？正想阻止他的寶太郎一行人，卻遇到了克洛托與劍齒虎瑪魯加姆！就在他們陷入危機的時候，史帕納出現拯救了他們……。

擊退克洛托他們的寶太郎一行人，透過結逢終於了解到心動吸血鬼打算要做什麼了。原來他打算用他收集到的力量，讓所有人獲得幸福。然而，他不知道的是，他讓大家幸福的同時，也會吸走大家的能量，害大家陷入痛苦之中。得知真相的心動吸血鬼開始動搖，使得他收集而來的力量開始崩壞。就在這時，克洛托竟然趕來幫助心動吸血鬼控制他的力量。原來，她這麼做是為了奪走心動吸血鬼收集的力量，強化自己變成瑪魯加姆的力量……。

成功抓捕克米的寶太郎一行人，由於消除擦的搗亂，決定幫助錆丸找回之前Gotchard的行動紀錄！就在他們一邊回憶一邊紀錄之前的旅程時，史帕納跟鏡花來到了食堂一之瀨聯盟。他們認為阿湊投靠格里昂是為了尋找打敗他的方法，為了拯救阿湊，所以鏡花這次打算告訴寶太郎他們十年前發生的那個事件。然而就在這時，阿湊卻傳了信件給寶太郎他們，到舊第三實驗場一起討伐格里昂。但在現場等他們的，卻是阿湊的背叛……。

寶太郎為了拯救大家跟克米，利用禁忌的鍊金術把蒸汽火車鍊成了十里火車，變身成鋼鐵Gotchard了。雖然他成功打倒了翼龍瑪魯加姆，但禁術帶給他的負擔讓他無法再支撐下去。就在這時候，九堂風雅出現擋下了攻擊，帶大家逃離了現場。凜音跟爸爸終於重逢了，他們決定再次攻進學院，取回克米卡片。不過在那之前，鏡花想讓風雅跟大家說明，阿湊十年前經歷的那個事件。阿湊原本有一個十分疼愛的學弟，然而卻因為他的失誤害死了他……。

寶太郎他們成功打倒翼龍瑪魯加姆跟阿湊之後，阿湊並沒有選擇回到學生身邊。就在阿湊一個人思考的時候，拉克西斯找了上來。原來拉克西斯想要背叛格里昂，所以才會來這裡找阿湊協商。可惜被格里昂預料到，派阿特羅波斯還有克洛托來阻止他們。這時候史帕納突然出現，幫助了他們，讓拉克西斯與阿湊成功逃跑，阿特羅波斯他們只好先暫時撤退。雖然失敗了，但格里昂認為隨時都有機會解決他們，於是把目標放在了剩下的最後一隻等級10的克米──熱情地球。他把諸龍黃昏變成了瑪魯加姆，並派他去回收熱情地球……。

為了阻止格里昂開啟暗黑之門，寶太郎他們坐上了十里火車前往烏洛波羅斯世界，雖然他們拚盡全力跟格里昂戰鬥，但卻還是沒辦法打贏，甚至被迫解除變身。就在他們撐不住的時候，阿湊老師出現了！在阿湊老師與其他夥伴們的幫助下，寶太郎終於可以去拯救克米，可是他們早已被黑暗力量侵蝕，沒辦法聽到寶太郎的聲音。但寶太郎還是堅持不懈，最後終於傳達給克米們了！等級10的克米們將力量託付給蝗蟲1號，讓蝗蟲1號蛻變成了十星蝗蟲！獲得全新力量的寶太郎與十星蝗蟲，跟格里昂再度展開了決鬥……。

擊敗格里昂的寶太郎一行人，回到了收集克米的日常。他們接下來的目標就是把101隻克米全部收集完。此時，回奶奶家的蓮華卻突然打給寶太郎他們，說他們村子出現妖怪了！寶太郎跟凜音馬上趕到了第九村，打算一探究竟。就在這時鬼火出現，並把他們帶到了一間屋子裡……原來是超自然克米舌舔傘魂跟關懷妖精！可惜寶太郎最後沒能回收，反而被一位叫做星野的驅魔師搶先一步擊退了。並且星野的身上，出現了許多宇宙克米的力量……。

正當寶太郎他們以為妖怪事件結束的時候，星野卻突然出現說出了預言！伴隨著村長的慘叫，另一件連環奇異事件正式拉開了序幕！不只村長，就連買賣土地的大哥跟小弟，還有加治木跟星野也都成了受害者。寶太郎決定透過受害者留下的線索尋找犯人，然而他們最後走到的地方，卻是狐神大人的所在地。這時候，九尾瑪魯加姆再度出現了，他究竟打算做什麼呢……。

從今天開始升上高三的寶太郎，跟凜音還有加治木他們再次同班了！不過，這次班上轉來了一位新的轉學生，沒想到她竟然是寶太郎的青梅竹馬──九十九靜奈。看見靜奈跟寶太郎那麼要好，凜音的內心產生了微妙的變化。這時他們決定要幫助他們的同班同學──御廚創保住話劇社，大家一起參與迎新表演。然而看到靜奈決定演出茱麗葉，並不斷對寶太郎發起攻勢，忍受不了的凜音逃到了公園。就在靜奈追上來跟凜音互相爭論的時候，阿特羅波斯出現了……。

透過阿湊老師的打氣，凜音終於重新振作，打倒了猛瑪象瑪魯加姆！然而，凜音跟靜奈的矛盾卻還沒有結束。就在他們到學校屋頂爭論的時候，阿特羅波斯帶著克拉肯瑪魯加姆來到學校了！雖然史帕納率先出擊，但卻不敵克拉肯所擁有的特殊能力。寶太郎跟凜音急忙跑來救援，但卻同樣陷入了困境之中。就在千鈞一髮之際，凜音透過羅密歐與茱麗葉想到了某個方法……。

剛回收完克米，正打算去吃大餐的寶太郎他們卻意外受到了克洛托的襲擊！原來她是為了獲得更強的力量，打算來奪取寶太郎的驅動器。就在克洛托壓制寶太郎的時候，突然憑空出現了一群其他世界的士兵。正當戰況打得正激烈時，一股黑暗的力量把眾人送進了迷宮之中。被神秘的勢力追殺的克洛托與寶太郎兩個人，最終決定同心協力一起逃出迷宮……。

Hundred終於入侵了這個世界。長得跟加治木很像的執事巴特勒，為了警告寶太郎他們，來到了一之瀨食堂。正當他把訊息告訴寶太郎他們時，Hundred卻開始進攻這個世界了！然而面對強大的敵人，寶太郎他們只能跟對方打得不相上下。就在這時，一位神祕的假面騎士Legend現身了！他用強大的力量與超級兵器，將Hundred帶來的家臣軍隊全部消滅了……。

從異世界來的假面騎士Legend跑來救援寶太郎一行人，沒想到他居然跟寶太郎認識，但寶太郎卻不記得了。原來是極光幕系統故障的緣故，讓寶太郎的記憶受到了影響。而且由於Hundred襲擊的關係，他們暫時還回不去原本的世界，只好決定暫時留在這裡。然而，輝夜的華麗風格實在太過引人注目，讓寶太郎他們傷透了腦筋。就在他們準備回去的路上，他們再次受到了Hundred軍隊的襲擊……。

察覺到世界面臨危機的輝夜，決定孤身一人去解決世界末日之鐘，於是開始跟寶太郎打起來，想藉此阻止他跟著自己去。不過寶太郎是不會輕易放棄的，他決定讓輝夜獨自一人去戰鬥，也決定用自己的方式站在輝夜的身邊戰鬥。他們來到了世界末日之鐘面前，在那裡等著他們的是被冥黑王吉吉斯特復活變成瑪魯加姆的歲月。為了守護這個世界，為了拯救克米，兩個人再次結下了羈絆……。

鏡花為了研究如何讓拉克西斯變成人類，決定請大家幫忙讓拉克西斯笑出來。因為她認為放聲大笑是只有人類才能做得到的事，只可惜最後還是以失敗收場。另一方面，冥黑王吉吉斯特在阿湊與史帕納向聯盟幹部報告之時襲擊了聯盟。雖然史帕納想阻止他，卻還是敵不過冥黑王的力量，最後被阿湊救走。最後，冥黑王來到了寶太郎身邊，奪走了彎曲滑板跟螞蟻騎兵，並把他們變成瑪魯加姆。然而這次的瑪魯加姆，卻讓寶太郎感到一絲異樣……。

寶太郎因為打倒彎曲滑板而感到自責，於是蝗蟲1號決定要找到黃金之花，讓寶太郎露出笑容！另一方面，變成瑪魯加姆的螞蟻騎兵出現在街上，為了阻止他繼續作亂，凜音他們趕到了現場。然而因為害怕螞蟻騎兵死去，凜音遲遲沒辦法下手。而寶太郎雖然透過跟媽媽的談話打起了精神，但同時他也發現蝗蟲1號不見了。決定出發尋找蝗蟲1號的寶太郎，在途中卻聽到了凜音的慘叫……。

原本還在蛋裡自責的寶太郎，遇到了一直依附在驅動器中的克米蛋。隨著跟蛋之間的對話，讓寶太郎逐漸豁然開朗，重新燃起鬥志，決定要找到拯救克米的鍊金術，創造人類與克米的未來！另一方面，凜音他們正在努力尋找拯救寶太郎的方法，但卻遇到了吉吉斯特。就在他們不敵吉吉斯特與他鍊成的瑪魯加姆時，寶太郎帶著蛋出現，並變身成彩虹Gotchard來拯救大家了……。

成功孵化出彩虹龍的寶太郎，為了克米們的安全，決定要快點回收剩下的最後兩隻克米！雖然他們找到了最後兩隻克米的去處，然而冥黑王吉吉斯特卻逮到機會抓住了他們。不過，這並不能對寶太郎他們造成威脅，已經獲得了新力量的寶太郎透過彩虹Gotchard的力量成功打敗了吉吉斯特。另一方面，害怕阿特羅波斯也被奪走的克洛托開始跟拉克西斯打起來，打算強行帶走拉克西斯。就在這時，凜音跑來支援拉克西斯，卻不敵獲得全新力量的克洛托……。

原本以為打倒冥黑王吉吉斯特了，沒想到他竟然還沒死，而且又出現了另外兩個冥黑王傑爾曼以及蓋莉亞。這次他們的目標是獨自養傷的風雅！？阿特羅波斯收到消息，便以打倒傑爾曼為條件，告訴了凜音她爸爸即將被襲擊的事。收到消息的凜音他們馬上就去救風雅了，只可惜三個冥黑王的力量實在太過強大，只能先暫時撤退。就在這時，風雅告訴他們彩虹龍身體裡隱藏的是冥黑王的力量源頭，賢者之石的碎片，所以冥黑王們很有可能會再來搶彩虹龍。結果沒想到，隔天早上彩虹龍就失蹤了……。

為了彩虹龍四處奔波的寶太郎他們終於找到彩虹龍了！原來他是因為聽到史帕納說的話，決定去尋找自己能做的事。為此他幫了人們不少忙，最後遇到了小舞，決定幫助她重新站上舞台！然而這時候，傑爾曼來找寶太郎他們了。為了阻止傑爾曼的野心，彩虹龍與寶太郎一行人使出全力成功打倒了他。但是阿特羅波斯卻突然出現，將某個東西塞入了瀕死的傑爾曼體內。沒想到，那個東西跟傑爾曼融合變成了格里昂……！？

在格里昂復活之後，寶太郎一行人為了對付格里昂想盡了各種方法，凜音甚至還拿來了寫有禁術的鍊金書。不過就在這時，有人目擊到了一隻新的克米。明明克米都被回收完了，為什麼還會有第102隻克米出現呢？正當大家感到疑惑的時候，錆丸率先發聲，表示想去調查這件事，因為目擊到克米的地點就在他的老家附近。隨後他們來到了錆丸長大的地方──金剛實驗室。在那裡他們遇到了錆丸的哥哥鍵一跟所長金剛真美……。

雖然成功打倒了瑪魯加姆，但是危機並沒有解除。從昏睡中甦醒的真美告訴了寶太郎他們，格里昂將會來到這間實驗室搶走他們的研究。果不其然，格里昂破壞了結界，成功潛入實驗室了。雖然史帕納前去阻止，但卻被獲得傑爾曼能力的格里昂召喚魔像阻擋，無法脫身。寶太郎在開導錆丸與哥哥的關係過後，雖然也趕到了現場，但格里昂已經潛入，只能先解決掉魔像了。另一方面，跑去找哥哥和解的錆丸發現了哥哥的異樣，沒想到格里昂的目的竟然是來奪取哥哥的研究──艾薩克……。

為了幫助拉克西斯變成人類，鏡花報告了至今為止的研究成果，並準備進行下一步的實驗，喚醒拉克西斯原型的記憶。就在這時，寶太郎察覺到了加治木的不對勁。原來是聖突然決定不再跟他見面了，意外說出之前事件的蓮華，讓加治木的記憶陷入了混亂。不希望加治木再受苦的寶太郎，希望阿湊老師能幫加治木恢復記憶，但史帕納卻不認同他的想法，跟寶太郎產生了分歧。就在這時，以前變成過瑪魯加姆的人再次襲擊了人們……。

為了奪回聖，避免她被變成瑪魯加姆，寶太郎跟加治木坐上黃金衝刺前往了蓋莉亞的藏身處！然而，聖卻不願意跟加治木離開，自顧自地逃到了附近的森林。因為她認為自己是罪犯的妹妹，是不會被世人接受的醜陋怪物。最後透過她的憎恨，瑪魯加姆再度誕生了。但加治木卻沒有放棄，始終不離不棄地走向了聖，讓聖也想起了自己被封印的記憶，成功消滅了瑪魯加姆。然而，蓋莉亞的陰謀卻還沒結束……。

隨著蓋莉亞釋放的黑色粒子，人們被鍊金術封印的記憶被重新喚回，跟克米相關的電子紀錄也被復原了。這件事不僅造成大家恐慌，甚至還有壞人想要奪走克米變成瑪魯加姆，獲得強大的力量。最後他們甚至闖進了鍊金學院以及鍊金聯盟的設施，想要尋求真相。看到鏡花因為他們的舉動而受傷，史帕納終於忍不住了。他決定向世人宣告一個重大訊息……。

收到消息的寶太郎他們來到了約定的地點，想勸說史帕納不要衝動。然而史帕納還是拿走了所有克米消失了。這時拉克西斯趕了過來，告訴大家史帕納的真正目的。原來他為了獲得對抗冥黑王的力量，創造一個沒有假面騎士也沒有克米的和平世界，決定犧牲自己，使用101重鍊成把所有克米與自身融合打倒冥黑王。知道了這點寶太郎他們趕到了現場阻止史帕納。為了完成各自的理想，史帕納與寶太郎開始了激烈衝突……。

蓋莉亞想要利用阿特羅波斯與她的原型──九堂凜音進行鍊成，鍊製出傳說中的奇美拉。作為奇美拉的阿特羅波斯會失去自我，跟隨本能到處破壞，而被當作素材的九堂凜音則是會徹底消失在這個世界上。為了拯救自己的女兒，格里昂跑去請求風雅的幫忙，但他們卻被蓋莉亞困在了決鬥場中，被迫進行俄羅斯輪盤遊戲。就在這時寶太郎跑來幫助他們打破了決鬥場的空間，凜音她們也被救了出來。然而，格里昂卻將蓋莉亞的鍊金術用到了阿特羅波斯身上……。

雖然寶太郎他們持續在幫居民們清除危險，然而居民們還是沒辦法信任鍊金術師與克米。擔心店裡出問題的寶太郎，在夥伴們的建議下決定回店裡看看，結果卻在那裡遇到了格里昂。另一方面，史帕納正在維修自己的驅動器。為了創造出全新的自己，他決定不依賴寶太郎的點火器，而是找到新的方法來鍊成驅動器。就在他一籌莫展之時，吉吉斯特卻出現了……。

格里昂竟然殺了拉克西斯。在大家沉浸在悲痛時，格里昂集齊了三位冥黑王的賢者之石碎片，並為了自己永恆的黃金國，用其鍊製出黃金國驅動器變身了。面對如此強大的對手，寶太郎雖然拚盡了全力，卻還是敗給了格里昂。就在大家都被變成黃金，陷入永恆的絕望之時，寶太郎再次動了起來……。