科學小飛俠 F

由於科學小飛俠的努力，惡魔黨被消滅了，世界迎來了短暫的和平。然而，由辛格萊爵士率領的邪惡組織「辛格萊家族」，以征服世界為目標展開了行動。他們以壓倒性的武力蹂躙著世界。科學小飛俠留下能量即將耗盡的大明，駕駛新鳳凰號出擊……。

由於鐵甲獸的攻擊，新鳳凰號遭到破壞。辛格萊爵士與宇宙魔王聯手，辛格萊家族變成了惡魔黨。另一方面，科學小飛俠被國際科學技術廳的金主任所救，並安置在新的科學小飛俠基地。

以驚人速度擴大勢力的惡魔黨，佔領了荒地村莊的綠洲，做為侵略阿古里卡大陸的據點。科學小飛俠在村長的幫助下，設法潛入並成功奪回村莊。接下來小飛俠們原本計劃爆破綠洲，但因為是村民的生活用水來源，於是改為奪回綠洲行動。

惡魔黨佔領了獨立國家帕隆島，並將其做為前線基地。科學小飛俠前往奪回該島，卻因國民淪為人質，科學小飛俠無法接近島嶼。為了不被敵人發現，鐵雄獨自一人潛入島嶼，卻被惡魔黨的特殊部隊鐵人突擊隊發現，並將他從懸崖推落海中。

惡魔黨展開猛烈攻勢，戰火蔓延到了世界各地。此時，科學小飛俠護送著搭載救援物資的國際紅十字會貨船，前往難民聚集的港口小鎮卡納爾。然而，鐵甲獸突然從海中現身，摧毀了物資船。隨後，難民們被惡魔黨抓走，成為了軍需工廠的奴隸。

為了一舉擊潰將惡魔黨，科學小飛俠突擊了其總部所在的薩坦霍芬市。小飛俠擊落了襲擊而來的戰鬥機，逼近辛格萊的城堡。然而，宇宙魔王卻在他們的面前現身，並且派出鐵甲獸。

惡魔黨為了尋求鐵資源，攻入了鐵安市。市長為了不造成人員犧牲而無條件投降，另一方面，利用無線電暗中向科學小飛俠尋求救援。鐵雄擔心被惡魔黨竊聽，假意回絕了市長的請求，實際上秘密前往了鐵安市。

大量囚犯從蓋特蘭德的監獄中逃脫。囚犯們逃到惡魔黨建設中的資料庫要塞附近，卻慘遭惡魔黨毫不留情的殺害。另一方面，鐵雄和大明為了獲取惡魔黨的作戰資料而前往資料庫要塞，他們在途中遇見了逃亡中的三名囚犯。

正在開發能破壞地球上任何物質的「物質消滅砲」的多爾博士，投靠了惡魔黨。他的女兒卡蓮從基地逃到軍營後獲得庇護。為了說服父親迷途知返，科學小飛俠帶著卡蓮前往位於赫爾普斯山脈的惡魔黨基地。

惡魔黨試圖找出科學小飛俠基地的位置，奪回被搶走的阿古里卡侵略作戰資料。但是，由於國際科學技術廳戒備森嚴，情報搜集進行得並不順利，於是辛格萊爵士派出了被囚禁的罪犯維特多夫。

搭載著惡魔黨阿古里卡侵略作戰重要器材的特快車Z，正朝著巴布拉爾達鐵橋前進。科學小飛俠試圖從空中破壞列車，卻發現車廂內有人質的身影而無法發動攻擊。

惡魔黨的大部隊終於開始了阿古里卡侵略作戰。而科學小飛俠也終於成功解讀了搶來的作戰資料，證實了惡魔黨的目的是為了佔領地函能源和鐵礦石等資源。

惡魔黨部隊與聯合國軍之間的決戰火線在阿古里卡點燃。科學小飛俠讓惡魔黨擊落假的旋風斯巴達，並趁敵方鬆懈的空隙，計畫攻擊潛伏在司令基地辛格萊爵士。大明和阿龍偽裝成惡魔黨戰鬥員，其餘三人則變裝成旅人，嘗試從不同方向進行潛入。

在科學小飛俠的奮戰下，惡魔黨從阿古里卡撤退了。辛格萊爵士回到薩坦霍芬總部，世界各地的部隊也開始節節敗退。為了不放過一舉擊潰惡魔黨的機會，鐵雄獨自一人潛入薩坦霍芬街頭，他對在此處過著普通生活的惡魔黨士兵們的身影感到驚訝。

薩坦霍芬被科學小飛俠與聯合國軍摧毀後，惡魔黨從全世界銷聲匿跡，潛伏在地下的廢墟。宇宙魔王指責辛格萊爵士的失敗，並將兩人的關係從對等的合作關係改為主從關係。辛格萊爵士為了達成自己的野心，只能心不甘情不願地服從。

隨著惡魔黨的敗退，世界因迎來和平而沸騰。然而，進駐地底新天地「惡魔城」的惡魔黨，再度展開了行動。他們的第一步，就是威脅了艾森總統及其女兒阿貝莉亞。惡魔黨在送給各國首腦的和平禮物鬱金香上動手腳，企圖藉此殺害他們。

惡魔黨將從特殊礦石中萃取的神經毒氣裝入油罐車，送入了紐久克市。毒氣在市中心被散布，造成了大量受害者。阿丁因自己的失誤而讓惡魔黨得以入侵，他將自己的氧氣瓶讓給了因毒氣而痛苦的少女之後就倒下了。

位在各國的聯合國軍秘密武器庫，相繼遭到了惡魔黨的奇襲。敵人以壓倒性的攻擊力，將基地破壞得體無完膚灰飛煙滅。尤其是被稱為「西西里之鷹」的特殊戰鬥機隊隊長，更是令聯合國軍的士兵們恐懼不已。

收到鐵甲獸出現的情報，科學小飛俠前往了黑爾巴列峽谷。小飛俠們試圖擊敗鐵甲獸，然而不知從何處飛過來的迴力鏢，將鐵雄的旋風無敵劍給擊飛了出去。

受正在研究宇宙魔王真面目的史賓瑟博士所託，科學小飛俠將關於無名主宰的資料，送往波吉島上的宇宙科學研究所。然而，察覺到有人正在探查自己真面目的宇宙魔王，命令辛格萊爵士破壞波吉島。

為了給父母掃墓，大明回到了他出生長大的比西島。那裡曾是惡魔黨的重要據點，同時也因為科學小飛俠的活躍而重返和平。在父母的墓前，大明偶然與青梅竹馬的安娜重逢，兩人愉快地聊起了往事。

過去曾是無名主宰的部下，負責執行太陽移動計畫的重要幹部馬斯特拉還活著。他神不知鬼不覺的從火星基地返回地球的外太空，佔領了資源調查衛星雷姆利亞7號。另一方面，收到惡魔黨部隊登陸南海無人島的情報，科學小飛俠潛入了島嶼。

和平運動家的坦加尼亞國王，在遊行途中遭到了孩子們的攻擊。幸虧鐵雄機警應變而平安無事，但不知為何，同樣的事件在各處接連發生，當事人卻對事件完全沒有任何記憶。

旋風斯巴達追擊著惡魔黨的運輸機，飛越阿古里卡上空。受到敵人的攻擊，鐵雄的旋風1號墜落了。鐵雄為了尋找同伴而在叢林中徘徊，並且遇見了名叫辛巴的當地青年，在他的村子裡過了一夜。

為了探查辛格萊爵士的秘密，科學小飛俠拜訪了他的友人歐肯侯爵。侯爵打算親自去說服辛格萊爵士，並讓惡魔黨解散。

不知道為什麼，宇宙魔王對國際科學技術廳所進行的「宇宙脈衝研究」感到異常的恐懼。於是，他命令辛格萊爵士去摧毀位於高貝拉市的宇宙脈衝研究所。然而，該城市正受到聯合國軍的嚴密保護，讓辛格萊家族一時間無法輕舉妄動。

一名從薩坦霍芬逃亡的女子潔露達，在擺脫惡魔黨的沿路追擊後，順利獲得國際科學技術廳的保護。然而，她留下「惡魔之子艾倫、艾茵河上游的城堡、辛格萊爵士」，如謎語的話語後便陷入了昏迷。

科學小飛俠收到了一封來自康果爾國反抗軍的秘密檢舉信。內容明確揭露了該國總統薩班達與惡魔黨之間，為了爭奪鈾礦石而互相勾結的內幕。

惡魔黨突擊了賽拉利亞市的地函能源工廠，卻遭到聯合國軍戰車部隊的猛烈反擊而被迫撤退。為此，馬斯特拉強行剝奪辛格萊爵士的反擊作戰指揮權，並直接派遣自己的部下夏拉姆前往能源工廠。

馬斯特拉為了洗刷上一次失敗的恥辱，再度展開了全新的邪惡計畫。他將從火星帶回來的「黏液狀生物」釋放到紐久克市，對無辜的市民展開瘋狂襲擊。

掌握宇宙魔王秘密關鍵的宇宙脈衝AQ3研究團隊負責人史達爾博士，不幸遭到惡魔黨綁架。不僅如此，其他的宇宙能量科學家們也陸續遭到挾持，即將被地底列車秘密送往惡魔城。

在宇宙魔王的命令下，惡魔黨開始接二連三地摧毀各地的天文台。正當南宮博士召開對策會議時，金主任的孫子正一突然前來，表示希望能見到爺爺。然而，金主任此時正在研發用來分析宇宙脈衝的「脈衝聚焦機」，根本抽不出時間與孫子相聚。

搭載著海洋學者貝里博士的觀測船，在北極海遭到從海中突起的神祕巨大尖角襲擊後，便音訊全無。阿龍隨即前往該船隻出航的納爾貝卡港展開調查，並在當地意外救了一名遭到神祕男子們追殺的少女露西。

南宮長官收到宇宙物理學家舒巴爾，要求私下會面的聯絡。得知舒巴爾的宇宙脈衝研究領先於國際科學技術廳後，南宮決定瞞著科學小飛俠，變裝單獨前往舒巴爾的所在地。

南宮長官根據舒巴爾的研究報告，正一步步的解開宇宙脈衝的奧秘。另一方面，辛格萊也即將掌握脈衝的謎底。察覺到辛格萊企圖的宇宙魔王，竟然主動表明了計畫的內容，那就是利用正在宇宙彼端製造的反物質小行星直接撞擊地球！

為了加速解開宇宙脈衝的奧秘，南宮長官與科學小飛俠搭乘特殊潛水艇，一同前往北極的秘密宇宙觀測所。只有鐵雄因需要進行神鳥裝適應訓練，獨自被留在了基地。在航行途中，早就察覺到鐵雄身體異狀的大明，要求南宮長官做出合理的解釋。

由於頻繁使用雷電閃光，使鐵雄身體細胞破壞的過程加快。為了尋求細胞再生的可能性，南宮長官與珍珍前往人體工程研究所。當他們將鐵雄的細胞樣本放入正在研發中的細胞活性裝置進行測試時，發現細胞居然有再生的可能。

一接到宇宙魔王在伊貝利亞地區出現的情報，科學小飛俠隨即前往該地展開搜索。在眾人分頭尋找敵軍基地的過程中，阿丁遇見了一隻受傷的小狗，以及牠的主人卡蜜拉。卡蜜拉是遊牧民族，她的部落遭到惡魔黨的襲擊，父親和同伴們全都被抓走不知去向。

北極的宇宙觀測所在惡魔黨的猛烈攻擊下慘遭摧毀。然而，為了徹底解開宇宙脈衝的奧秘，必須在北極圈內繼續進行觀測。於是在南宮長官親自號召下，科學小飛俠們決定在原地建立一座「臨時觀測所」。

為了發動全面總攻擊，辛彪率領的機動艦隊，朝著紐久克市步步逼近。科學小飛俠奉命展開市民的疏散引導工作，阿丁在抵達負責聖馬格達拉島後，遇見了一群拒絕去避難的孩子。經過一番努力，阿丁總算帶領他們坐上了避難船。

鐵雄為了接受身體檢查而前往醫院，在走廊上不小心撞到了一名護士。這名護士其實是辛格萊爵士派來的間諜，並趁機在鐵雄身上黏貼了發報器，隨著鐵雄返回科學小飛俠基地，辛格萊爵士也就此掌握了基地的所在位置。

為了徹底查明宇宙脈衝AQ3的真相，南宮長官不惜主動落入了敵人的魔掌。辛格萊爵士為了逼問出科學小飛俠的弱點，對他強行注射了自白劑。南宮長官雖然憑藉著鋼鐵般的意志苦苦支撐，卻也受到嚴刑拷問的痛苦折磨。

南宮長官最終還是倒在敵人的槍下。正當眾人為他舉行莊嚴肅穆的葬禮時，辛格萊爵士竟然透過立體投影，再次向全世界宣戰，並炸毀了基地。面對如此泯滅人性的暴行，科學小飛俠強忍著心中的悲痛，再次堅定了打倒惡魔黨的決心。

一顆蘊含超級破壞力的反物質小行星正朝著地球急速逼近。為了化解這場地球滅絕的危機，在科學忍者隊的嚴密戒備下，一顆專門用來摧毀流星的飛彈，成功從宇宙中心發射升空。於此同時，惡魔黨鐵甲獸突然現身攻擊紐久市。

反物質小行星抵達地球前夕，在鐵雄和科學小飛俠的通力合作下，以超級雷電閃光將其破壞。但是小行星碎片墜落到地球，受磁風暴影響而引發了異常現象。各國天災地變不斷，都市毀滅，世界逐漸崩潰。

鐵雄身體的細胞破壞已經惡化到了極限，醫生警告他如果再使用一次雷電閃光就會當場喪命。然而在鐵雄豁出性命，摧毀了反物質小行星後，才發現宇宙魔王竟然操控了一顆更加巨大的星球，朝著地球步步逼近。

為了阻止反物質行星撞擊地球，旋風斯巴達毅然決然地飛向了宇宙。眾人判斷摧毀巨大的行星是不可能的任務，於是決定擊毀負責牽引行星的宇宙拖曳船，強行改變行星衝向地球的軌道。然而，科學小飛俠在敵方護衛艦的猛烈攻擊下陷入苦戰，儘管他們最後成功炸毀了拖曳船，巨大行星卻依然沒有改變軌道，繼續朝著地球逼近。

科學小飛俠終於成功潛入了宇宙魔王的機械身體內部。為了摧毀操控著反物質行星的宇宙魔王本體，大家抱著必死的決心直奔其中樞地帶。為了拯救地球以及全人類的性命，科學小飛俠豁出性命奔赴最後一戰！