名偵探柯南

柯南與朋友們無意間從計程車無線電接收器聽到綁架事件，嫌犯表示，能看清被害人父親的一舉一動，若有任何異常舉動就會殺了他的女兒。柯南利用阿笠博發明的筆記型電子地圖，想找出出嫌犯與被害人的位置。雖然有高科技的產物輔助，但要定位嫌犯位置仍不是件簡單的事，後來在柯南的抽絲剝繭下，終於露出了一線曙光…。

柯南、小蘭與小五郎前往北海道進行一趟溫泉之旅。沒想到泡完溫泉回到小屋後竟發現屋主的屍體。雖然屋主兒子向警方自首父親是他殺的，但柯南認為事有蹊俏，開始著手調查…。

虎倉大介是一位以寫吸血鬼小說聞名的作家，因為懷疑太太有外遇，於是以百萬的酬勞聘請小五郎偵查事情的真相，結果沒想到虎倉大介竟然在當晚被殺害，原本是為了調查外遇而來的小五郎，頓時成為破解兇案現場的關鍵人物，而柯南則是一如往常，開始了殺人現場的蒐證工作…。

恐怖小說作家虎倉大介身穿吸血鬼的服裝，胸口刺著呈現十字架形狀的木釘，死狀甚慘地陳屍在自宅別墅的密室裡面。雖然小五郎推理最有殺人嫌疑的人就是羽村與大倉的妻子悅子，而柯南卻有不同的見解…。

矗立在東京台場的紅花海濱飯店，預定將舉辦前衛藝術插花家岡野利香的世界藝術大獎授獎紀念會。不料在典禮前卻發現飯店經理已在沙發上氣絕身亡。得知白木已遭殺害的利香，執意要將宴會照常舉行。後來目暮想從曾經跟白木有過糾紛的片桐口中犛釐清一些真相，但片桐卻出現了激烈的反應…。而柯南則是再次檢視屍體，並從屍體上發現不尋常的花瓣，沒想到那竟然就是破案的關鍵…。

柯南到醫院探視骨折住院的小五郎，巧遇目擊銀行搶案的良夫，柯南很想從良夫口中問出案情全貌，但良夫則是一臉鐵青地急著離開。原來犯罪集團綁架了良夫的女兒弓子，威脅良夫必須殺了搶劫銀行卻落入警方手中的共犯赤羽，否則弓子便會沒命，還好柯南從遇到良夫開始，就慢慢地從良夫的行為舉止中看出端倪，適時阻止想做傻事的良夫…。

柯南跟著小五郎到穿山活動中尋找委託人要找的殺手銀狐。在辦理登山手續的時候，發現還有另外五名一起登山的登山客。殺手銀狐，會不會就在這個五個人裡面呢…柯南在心裡面這麼盤算著。但是這五個人卻又看起來都很像殺手，沒想到就在抵達山中小木屋的時候，左撇子的平井墜崖身亡…。

柯南他們在聽到小蘭的尖叫聲後回到山中小木屋一看，發現恭子的屍體就橫躺在裡面，大家都認為這應該是神秘殺手銀狐的第二起命案。在連續死了兩個人之後，小五郎決定將此行的真相全盤托出，而柯南則是與往常一樣觀察入微，也從恭子的屍體上找到破案的關鍵，後來在柯南的抽絲剝繭下，一段錯縱複雜的過往，慢慢的浮上了抬面，真正的兇手也隨之呼之欲出…。

小五郎帶著小蘭與柯南來滑雪，投宿在一間像快被雪壓垮的老舊民宿。經營民宿的老夫妻表示『這附附是以會有雪女出沒而聞名』。此時又來了另一組投宿客。就是在柯南他們剛看的節目中，扮演雪女的女演員－木下朋子與她的專屬助理－淺沼洋子。柯南從洋子第一次來卻知道廁所在哪裡，在預約時甚至還指定要住哪一間房的舉動中，感覺到有點不太對勁。沒想到隔天早上，真的就發現穿著雪女戲服的朋子的屍體…。

喝醉的小五郎巧遇舊識島野佐知子，後來小五郎跟佐知子一起開車兜風，過程中又喝了酒，沒想到就在小五郎送佐知子回家後，居然發現房內有一具女屍，從物證看來女性應該是遭外人所殺，而佐知子也有與小五郎在一起的不在場證明，但是柯南就是覺得這起命案的背後，透露著一種不可告人的玄機…。

知名魔術家九十九元康的妻子來找小五郎，調查已服毒身亡的丈夫的真正死因。雖然警方從現場遺留的物證中研判，元康應該是自殺，但七惠怎麼想都覺得自己的丈夫不可能自殺，於是只好求助於私家偵探。柯南跟隨小五郎一起到達案發的七惠家中現場，一眼就看穿元康是在失去自由的情況下身亡的。為了找到有利的證據說服大家元康其實是遭人殺害，柯南又開始抽絲剝繭地進行推理…。

在柯南的抽絲剝繭下，終於找到了殺害九十九元康的真凶，而小蘭開始懷疑，柯南其實就是新一…解決了魔術師命案的柯南在媽媽有希子的帶領下，前往位於群馬縣的藪內家中…

有希子帶柯南到小時候玩伴廣美家拜訪，在等待公佈廣美父親遺囑的前一晚，廣美的繼母被殺害並丟進15年前廣美母親身亡的井中，柯南在死者胸口發現一朵山茶花，跟15年前廣美母親死亡時手上握著的一樣…。

在公佈藪內義親遺囑時，從茶櫃射出十字弓，大家都懷疑兇手是廣美母親的親哥哥，但柯南卻有不同的想法…。

毛利小五郎與小蘭一行人受到市川會長邀請來到他的家裡調查自己兩個女兒的一舉一動、為的是要決定自己的繼承人、沒想到自己卻被毒殺、柯南本以為是在酒裡下毒的大女兒一重、誰知最後查出是主治醫生岡野為復仇下的手。

毛利受到國寶級陶藝家菊右衛門邀請到他家裡鑑賞陶器、卻意外撞上眾人懷疑因摔破新作品“風水號”而起自殺念頭的土屋太太身亡的意外、就在一切都透露著這是自殺案件時、大家在柯南的提醒下恍然大悟、得知也有他殺可能。

殺害土屋太太的原來是菊右衛門的徒弟：瀨戶、因為不滿土屋用自己模仿師父做的膺品為外欺騙、高價賣出、又威脅自己、遂設計了這一個倉庫的殺人事件、將土屋抬到架上、等她醒來失去平衡、即可進行抱復。

柯南與小蘭、園子到自己家去打掃時、碰上從前愛慕的學姐麻美來訪、邀請新一到別墅裡去慶生、飯後麻美突然睡著、大夥一起去唱卡拉ＯＫ、卻發現別墅方向失火、趕回去以後、還好及時救出了麻美。

將麻美小姐救到醫院之後、柯南與毛利又回到火場研究事發的經過、經過抽絲剝繭、柯南發現兇手是利用傳真機作為引火的裝置、並且假藉毛利的身份當著大家面進行推理、讓兇手澤井認罪、原來一切只是他為了得到麻美的注意所犯下的大錯。

以扮演時代劇聞名的男演員土方幸三郎，因為將扮演偵探，想當面向小五郎請益於是邀請小五郎到他的家中，小五郎一如往常帶著柯南與小蘭隨行。然而幸三郎在帶領柯南一行人進家門時，似乎顯得有點不夠光明正大，幸三郎表示那是因為正與演員妻子勇美談離婚，不想驚動到前來捕風捉影的媒體之。沒想到才沒多久，竟然就發現勇美在鄰居沖田一家中遇害…。

與專門演時代劇的男演員土方幸三郎，陷入離婚騷動漩渦中的美女演員永倉勇美，陳屍於住在自宅公寓隔壁的男渜員沖田一的房內，屍因是遭到勒死，因為沖田是勇美傳聞中的外遇對象，所以大家都認為沖田就是兇手。但是從屍體上發現不尋常的柯南，卻有著跟大家不一樣的看法，於是開始暗中搜證…。

小五郎收到一封由推理作家中村操寄來的委託信。信中指出自從他搬進祖父留下的別墅後，每天都有不可思議的情況發生，甚至還感覺到有人在偷看他，由於百思不得其解，只好求助於小五郎。於是小五郎便帶著小蘭與柯南一同前往別墅，剛開始似乎沒什麼特別怪異之處，但就在小五郎覺得不耐煩，準備離去的時候，怪事真的發生了…。

時鐘專家出淵紋時郎住過的這棟別墅是一棟很奇特的房子。除了利用很多動物的標本作為裝飾外，也有為數不少的時鐘。而屋主兄弟所說的奇怪景象的背後，似乎代表著某一種含意。於是小五郎開始循線推理，卻還是老樣子往錯誤的方向前進，快看出端倪的柯南只好有意無意地提供暗示，後來在柯南的抽絲剝繭下，終於解開了這一連串謎底背後的真相…。

小五郎帶著柯南與小蘭攝影家頒獎典禮。新聞照片攝影師柳瀨隆一獲選得獎的作品，是一幅被害者遭火焰包圍且充滿魄力的照片。柳瀨謙虛地說那些照片只是碰巧遇到，是上帝賜給他的機會，但突然出現中井卻很不屑地表示懷疑…。然而就在後來中井打電話向小五郎求助，卻由柯南代打上場趕到中井居然的公寓時，中井居住的公寓發生火災，逃生不及的中井不慎失足墜樓身亡，此時柯南發現柳瀨竟然就在火災現場連續按下快門…。

光彥發現可以玩棒球的空地，是一棟高級公寓的建築現場，因工程突然中斷而空無一人的停車場用地。柯南他們還是想辦法混進去快樂地玩球，沒想到後來球竟然飛到附近的一棟古洋房院子裡，雖然柯南他們想進去撿球，卻被洋房的主人綿貫趕走，不得其門而入的柯南一行人只好回到小五郎的事務所裡打電動。剛好遇到有一名自稱是幸田的男子，委託小五郎尋找失蹤的妹妹，幸田指稱妹妹已遭綿貫殺害，屍體就埋在洋房的院子裡…。

指稱失蹤的妹妹遭綿貫殺死，並埋在自家院子裡的幸田，竟然跑去珠寶店裡行搶。後來終於知道幸田行搶的目的，就是把搶來的珠寶撒在綿貫的院子裡，讓警方為了搜證不得不在院子裡開挖，但是警方開挖後找到的全都是珠寶，並沒有任何埋屍體的跡象，而綿貫則是在此時放聲大笑，柯南也因此確信幸田的妹妹的確是遭到綿貫殺害…。

柯南與步美等人組成的少年偵探隊履立奇功、名氣越來越大、實戶便利用他們製造不在場證明、將過去任職的工廠社廠殺死、本以為計劃天衣無縫、誰知柯南他們卻成了證明他的罪狀的證人。

小蘭本來要和園子一起去上上森老師的法國料理課、誰知陰錯陽差變小蘭與爸爸、柯南三人前去、就在上課上到一半時、突然停電、上森老師頓時難以呼吸、最後在醫院死於呼吸困難、兇手到底是誰呢？他的目的又是什麼？

上森老師因為呼吸困難而死於醫院、毛利小五郎始終把重點放在針狀的凶器、還有可能讓眼睛習慣黑暗犯下罪行的兇手上面、誰知讓柯難找到了隱形眼鏡與藏在原子筆內的凶針、揭穿西谷先生殺人的罪行。

柯南就讀的小學現在流傳一個謠言、說是保健室裡的人體模型會在晚上到走廊上跑步、石膏像會移動、經過柯南等人的調查、發現一切原來是新的級任老師小林為了母姐會作練習所引發的誤會、還有教務主任的假髮掉了所引起的風波。

柯南與毛利等人因為認錯路來到一個小鎮、碰巧遇上當地一位叫光子的女子石沉海底、經過各種跡象判斷光子都是出於他殺、並且與田中醫生有著密切關係、問題就是如何將他所使用的手法找出來了。

小蘭為了分居的父母撮合見面機會、特別將兩人邀到一處美麗的海灘飯店、誰知確碰上一位剛認識的貴和子小姐被海蛇咬傷事件、貴和子中毒生死不明、柯南認為這件事情並非單純意外、其中有四個人有可能犯案、但真兇到底是誰呢？

貴和子送到醫院之後、病情一直不明、眾人為了找出貴和子的保險證、來到小春和貴和子的房間、卻意外讓柯南注意到小春散落一床的雜物、也就因此揭開了小春設計殺害貴和子的陰謀。

名推理小說家新名任太郎的女兒來到毛利的事務所、請求他幫忙尋找自己已失蹤二個月的父母親、但他過去並未收到勒索電話、出版社也定時收到傳去的稿件這到底意味著什麼？原來一切謎題就藏在小說之中。

在服部平次和柯南對小說內容中的暗號加以推敲之後、竟然真的發現作者在小說中透漏的被監禁的地點、在大隊人馬趕到的時候、卻發現這一切都是作者新名任太郎的一個設計、為的是滿足他死前的心願、虛驚一場。

柯南與小蘭毛利一行人受服部平次之邀～來到大阪參觀、一路吃了許多大阪的名產、就在中途遇到一名死者從大樓上摔下、且已死亡一日、這件案子與之前大阪發生的前兩宗殺人案息息相關、柯南與平次便又被捲入推理的工作中就再調查到一個可能知道內情的女人時、她又遇害。

原來連續殺人案件的被害人在２０年前都是同一家集訓考照教練場的學生、他們在２０年前的教官：稻葉在畢業當天因意外死亡、他的兒子阪田祐介當了警官、誓言為父查出真相、之後便設計了這一連串的殺人計劃。

柯南與步美四人走到米花神社前面時、碰到扮成突擊警察隊的本田、又碰到扮演假面超人的堤康之、順勢接受他的邀請參加影迷俱樂部的派對、誰支卻目睹三島舉槍殺人又自殺的案件、誰知一切都是本田為了為弟弟報仇所做的殺人計劃。

毛利受邀到山崎社長計劃建立的溫泉勝地進行破土儀式的宣傳活動、卻在中午吃飯喝酒時意外發現山崎社長墜樓身亡、本疑為因黃蜂引起的意外、沒想到期中確暗藏了一件謀殺計劃、柯南當然又利用毛利進行了一場精采的推理。

柯南與毛利小蘭準備一起去聽沖野洋子的演唱會、誰知因為毛利把門票弄掉巧遇青島全代小姐、碰上她妹妹在家自殺的案件、凶案現場是個被密封成密室的浴室、但柯南卻看出端倪、識破兇手的手法、兇手到底是誰呢？

經過柯南的抽絲剝繭、找到全代小姐額頭上所戴的頭巾就是證明她行兇的最好證據之後、便指名全代小姐就是殺人真凶、並一一解開她製造浴室這個密室的手法。

柯南與步美等少年偵探隊員回到毛利偵探事務所、聽到答錄機裡的留言、主動去找打電話的淺野雅紀、竟然意外碰到亞紀被綁架的事件、利用扣機的留言解開整個綁架案。

石本社長因為接到恐嚇信、央請毛利小五郎為他調查相關案件、並抓出恐嚇者、誰知卻牽連高田議長被射殺、好不容易查出可能嫌犯：平岡志郎、他卻在翌日被人發現陳屍藏身的廢棄大樓、兇手到底是誰？柯南能夠抽絲剝繭找出來嗎？

原來高田議員之所以會死、並非因為石本先生受人恐嚇而被央及無辜、主要是因為他的秘書新倉先生在外一向被稱為是高田的後記者、但高田卻始終不肯退位、便與平岡連手設計了這一整套殺人計劃。

小蘭和園子班上有個轉學生、還是一個旅行劇團的團長、園子等人為了能到劇院後台參觀、表示願意幫忙發傳單、但在參觀後、柯南發現劇團的人事間似乎有點問題、果不其然、編劇人在大家排系時被發現陳屍在房中、兇手到底是誰呢？

繼近石先生被殺後、劇團經理系江也掉入“奈落”裡摔死了、團長玉之助也被打傷腦部、本來玉之助嫌疑最重、好在柯南警覺請目暮警官至醫院保護他才免於兇手毒手、最後終於順利將案子解決。

柯南與叔叔到銀行去、卻剛好碰到搶奪運鈔車的意外、最後搶犯竟然一起被殺、警方將茅頭指向銀行行員廣田雅美、柯南卻注意到幕後另有黑手、原來與黑暗組織有關、這件案子到底有什麼其他發展呢？

柯南的班上來了一個轉學生、灰原哀的態度非常冷漠、卻似乎對柯南極感興趣、於是隨著步美一行人展開少年偵探隊的調查、為隔壁班的男生中田俊也找尋失蹤的哥哥、柯南似乎認為與害他變小的黑衣人有關。

柯南跟著可疑男子來到大渡間車站遍尋未得結果、詢問房屋仲介最近倉庫租借情形、卻發現步美等人也跟來了、幾經察訪、最有可能的就是警察局邊的報社有可能印製偽鈔、步美等人不聽忠告差點招致性命危

柯南再解開黑暗組織來的女子疑惑之後、竟意外發現身邊的新同學小哀原來是吃了黑暗組織的藥物之後讓身體縮小的一個成員、吃驚不己、為了找出這種藥物的磁片、他們來到小哀姊姊過去的教授家、卻發現他陳屍書房、難道是黑暗組織下的手嗎？

柯南在聽過每個到過廣田教授家的人的供詞之後、發現答錄機的錄音帶上都有稍微的間隔、終於找出兇手製造密室的手法、並且以阿笠博士之名揭發了真凶白倉先生。

柯南和步美幾個同學在元旦的時候到國立競技場看天皇杯的足球決賽、未料掉在他們觀眾席下方的足球竟然遭人射擊洩氣了、而且歹徒還威脅要對場內觀眾開槍、在目暮警官的積極部署下、眼看就要抓到歹徒誰知卻面對歹徒殺雞儆猴的威嚇、誰會無辜犧牲呢？

經過多方偵查、調出錄影帶來看、始終無法找到取走現金袋的人與什麼人接過頭、最後柯南終於想到、另一名歹徒就是負責13號機攝影的蛭田、原來他為了一年前計劃搶劫銀行遭日賣電視台策劃的節目破壞、害女友自殺心生恨意、才計劃報復。

園子參加網路上的魔術愛好者聯盟進行網上交友、最後大家決定當面聚聚、便邀小蘭一起上雪山的別墅、毛利與柯南送行、在毛利與柯南回程途中、從收音機聽得、該聯盟的聊天室室長陳屍家中、而且電腦上留有疑似連續殺人的字句、連忙折返時、唯一聯絡的吊橋卻被燒了、柯南趁橋斷前跑了回去、小蘭他們會有危險嗎？其中有何秘密呢？

在濱野先生死後、貴久惠又差點遭到從樹林裡射來的石弓之箭所傷、正當眾人互相推諉之際、柯南卻看出了兇手行兇以及完成不可能犯罪的手法、兇手到底是誰？他的動機為何呢？

原來殺人者就是田中貴久惠、他是已故魔術逃生大師春井風傳的外孫女、為了西山務與濱野利也對外公之死不敬的態度因此設下一整套殺人計劃、未料同是網友的土井塔克樹竟是怪盜基德的化身、對於田中的存在早有懷疑、卻未能阻止悲劇。

步美與一個即將離開原本和母親常去的美容室的美容師相約星期六到她家去剪頭髮、未料和柯南一行人到的時候卻發現該美容師美香陳屍自己家中、雖然已經知道兇手就是店長：五島綠、卻必須找出凶器才能定她的罪。

阿笠博士帶著柯南一行小孩去露營、沒想到卻忘了帶帳篷、誰知回程路上卻迷了路、意外遇到一棟豪華的西式城堡、在主人好意之下願意留他們住一天、但是柯男卻在一個密道內發現了一具骸骨、還被打昏了、他會有危險嗎？

繼柯南離奇失蹤之後、阿笠博士、元太、還有光彥有相繼失蹤、更讓灰原了解到事態嚴重、便親自入失過火的塔內探究、最後真相大白、兇手就是偽裝大太太的西川睦美、為了得到寶藏、不惜整容成一個老婦、得到的確是一片美麗的風景。

杵花７號電影院因為年代久遠、又被房屋仲介業者張田買走、面臨關閉的命運、卻在最後營業的這天發現張田被吊死在放映窗口前、兇手到底是誰？柯南又該如何破解兇手所使用的犯案手法呢？

就在警方要以自殺案件打道回府時、光彥提出了疑點、灰原對於鏡子的感言又讓柯南有了新的啟發、終於找出古橋利用鏡子折射播映影片的殺人手法。

步美生病留在家裡靜養、誰知卻碰上闖空門的強盜犯、步美緊急利用臂章送訊息給柯南、柯南好一會才解開那個訊息的意思、得知她已身陷險境、前去支援、還好與其他夥伴一起打倒了歹徒。

服部平次和女友和葉從大阪來參加母親同學之子的婚禮、順便參觀東京、由毛利帶著小蘭、柯南一行作陪、巧遇森園家的管家重松、便一起來到森園家作客、就在毛利等人要離開時、卻發生了命案、這宗密室殺人案的兇手是誰、目的為何呢？

柯南與服部平次原以為重松的命案是件密室殺人案、未料這只是兇手菊人的一個幌子、為的是要製造疑惑、嫁禍給傭人櫻庭、報復重松破壞他的婚事、還有櫻庭搶走未婚妻之恨、事實證明、一切都是他自己誤會了。

柯南與小蘭、園子一起到療養院的屋頂觀星、誰知卻目擊到就讀東都大學研究所的野中浩一從對面的轉播塔上墜落的一幕、未料這竟是秋本廣志為了報復他一人獨占星象先鋒獎的行動。

柯南與小蘭和毛利因為一次事件中幫助了一個叫旗本夏江的女孩、她便送了他們三張高級列車北斗星號的車票邀請他們到北海道玩、沒想到在列車上碰上珠寶商出雲啟太郎槍殺的事件、兇手真的是前不久搶劫珠寶店的淺間安治？還是另有其人呢？

柯南原以為最有嫌疑的人竟然是他的母親有希子、在有希子透露她與老爸工藤優作、從洛城專門為了一則情節類似過去優作所寫的一篇小說的報導回日本調查之際、點醒了柯南兇手可能另有其人、循線開始調查、卻差點害得母親身陷險境。

柯南與阿笠博士、步美等人受邀到警政廳為藍色古堡事件錄口供、沒想到卻因此碰上一個銀行負責人的妻子在家中被人殺死的案件、柯南隨即趕去、發現兇手就是這個銀行負責人增尾、但是他要如何找出證據呢？

柯南早已知道兇手就是銀行的負責人增尾、也已知道他是利用將刀子固定在書架上的方法殺害自己妻子、只有想盡辦法讓高木與佐藤警官等人注意到這個手法、才能夠順利將案子破解。

柯南與元太一行四人為了坐到米花樂園最新型的尖叫遊樂器、一早就搭乘了電車、誰知卻碰到拍攝照片的川崎跌落到鐵軌上、堀井也隨後被發現陳屍電車內、而這兩個案子都是一人所為、兇手是誰？他的目的為何？

毛利帶著小蘭與柯南三人來到日賣樂園玩碰上扮演假面超人的演員高空彈跳、跳落時腳上的橡皮圈斷裂溺水而死、目暮警官本以為是意外、經過柯南利用毛利的推理、推翻了意外與自殺的假設、直指兇手。

毛利小五郎學生時代曾做過家教、為了向柯南和小蘭證明、帶著他們去件昔日的學生小惠、誰知卻碰上她妹妹寬美被汽車爆炸事件牽連一事、經游目暮警官的協助、似乎已經結案、誰知柯南又找出可疑的端倪、兇手到底是誰、這件案子還有其他內幕？

就在大家以為破案之際、柯南發覺不太對勁、提出幾個重點點醒毛利、毛利也開始進行調查、發現小惠早就知道自己老公與妹妹之間的曖昧關係、又得知老公和高橋之間邪惡的約定、遂將計就計、除掉自己的妹妹、並陷自己老公入獄。

小蘭在公車上認識一位知道她是毛利小五郎之女的老先生設樂重吉、回家發現皮包內多了一張磁片、不放心的她便與柯南展開調查、磁片的內容原來是一家公司的內外帳目、老人與小蘭岌岌可危、好在終於即時逮到歹徒。

小蘭和園子、柯南一起到伊豆海灘度假、誰知確碰上褐髮女子遇害事件、褐髮的園子此時也遭到了不明男子的襲擊、原子甚為害怕、歹徒是舉止冷漠的旅館小老闆、還是對她表示好意的失戀男子道協呢？園子又會面臨什麼樣的危機？

因為前一天晚上的旅館入侵事件園子一整晚沒有睡好、第二天吃餐館的時候、她只有留在車上補眠、誰知車子開始往懸崖滑動、幸有小蘭即時搭救、最後和道協跑進樹林時、道協才露出真面目、要她交出照片、並想殺她滅口、還好有旅館小老闆京極出面相救。

毛利小五郎應過去自己在唸書時租屋的房東太太光江之邀、回到舊時地、想不到過去簡陋的公寓已蓋建成明亮的大廈、就在眾人久等她孫子阿真不到到房內找尋時、卻在浴室找到了阿真的屍體、死亡已有兩到三小時、在他製作的建築模型水池裡放著門鑰匙、這個密室是如何完成的？兇手又是誰呢？

高木與佐藤警官在押解一名嫌犯至總局的時候、一個意外讓嫌犯東田脫逃、東田表示他並非兇手、還想參加女兒在芝加哥的婚禮、為了基於人性考量還有自己的工作表現、佐藤決定讓高木在翌日早上10點前找出真凶破案。

高木警官與柯南一行人到案發現場：村西小姐的房內巡視、查出四項疑點、最後又找到一個藏有村西小姐與某人的結婚申請書、便將目標鎖定和東田與村西同家公司的同事北川、原來他是因為村西小姐強烈逼婚才將她殺害、嫁禍東田。

毛利與小蘭、柯南一行三人在星期日時搭乘環狀線電車、誰知卻在電車上發現有人橫死車上、發現屍體的剛好是死者的三個同事、原來一切都是因為森由紀子恨不過清美搶了她的男友、便在男友生日這天籌畫了殺人的陰謀。

小蘭參加雜誌上的比賽受邀到山上旅遊來到靜岡縣的幻塊寺、聽得寺內五重塔的恐怖傳說、第二天就碰上當地觀光公司的社長小田先生疑似自殺的命案、這到底是鬼神作祟、還是小田自殺、亦或是出自他人之手呢？一切謎題就等待柯南來解開了。

原來殺害小田社長的人是小田飯店的經理浘村、他為公司逃漏稅、最後小田社長又要他一個人扛下所有的責任、氣憤不過、才會利用五重塔的傳說、與因為主題公園開發案拿到的平面圖得知寺內塔高、古井位置等條件設計了這一起看似自殺的謀殺計劃。

柯南與毛利叔叔、小蘭一起到流水亭去用餐、卻碰上隔壁三號房的客人金田圭二死在八號房內、所有人都指稱沒有人從水路經過、但是柯南經過抽絲剝繭、終於得知岩間教授利用船身中的空間到達八號房內將金田殺害又回到三號房的方法、真相就此大白。

阿笠博士在網上得到招待沖繩島旅遊的優惠、請毛利一行人與步美三個小孩參加、坐在機上不禁讓小蘭回想到一年前自己和新一到洛城去玩時在飛機上碰到的命案、一個名為大鷹和洋的攝影師被刺死在飛機的洗手間內、兇手到底是誰？新一又將如和從五名嫌犯中揪出真凶呢？

經過柯南的抽絲剝繭、終於指證小柬就是殺害大鷹和洋的兇手、她利用女人胸罩下的鋼條、既可躲過金屬探測器的檢驗、又可將凶器放在身上不被察覺、為的是替哥哥報仇、因為他為了拍出好照片、竟然自己製造火災、害死了小柬的哥哥。

阿笠博士設計了一個尋寶之旅、希望少年偵探隊一行人能在自己叔叔的別墅被拆之前、利用別墅作為訓練小孩的舞台、誰知在柯南驚人的注意力下、竟然發現別墅裡真的暗藏玄機、他們找到的奇怪暗號到底意味著什麼？

原來別墅裡的暗號代表的全是日文裡的平假名、沿著暗示柯南終於找到美術燈的機關、找出了二樓的密室、原來留下暗號的就是當年為阿笠博士的叔叔作畫的畫家、為了躲避逼他製作偽鈔鉛版的奧田倫明、才隱居在別墅裡、一切真相終於大白。

這次為了鎮上的兒童大會要表演的布偶劇柯南與鎮上的許多小孩都來到霧之丘的民宿旅社進行集訓、原以為帶他們的老師海部是最近新聞炒得很熱的民宿旅社破壞狂、虛驚一場、沒想到後來卻碰上了真的破壞狂。

毛利和服部平次都不約而同收到來自鳥取縣武田家委託查案的信件、到達武田家的當天就發生武田家老大信一慘死倉庫二樓的事件、其中又牽扯到傀儡嶺蜘蛛仙的傳說、到底武田家接二連三的悲劇是因為蜘蛛仙作祟？還是有人利用傳說進行的陰謀呢？

就在和葉要遭到兇手毒手的時候、服部平次和柯南及時感到、兇手才慌張逃逸、最後服部和柯南在聽得雙胞胎姊妹、還有每個人的不在場證明、又從爐灶裡找到電擊棒之後、便已知道兇手是何人了、兇手到底是誰呢？

原來殺害信一先生和根岸先生的是羅伯、他認為美沙是受到信一這個非親生父親的虐待才自殺的、其實不然、原來美沙是因為他給她的一個英文字：shine、誤以為羅伯要她去死；但其中又牽扯到信一與根岸販賣麻藥的罪狀。

毛利受邀參觀水族館的表演、小蘭與柯南也一起同行、參觀過館內表演的後台之後、在表演進行中竟然發生了命案、演員之一的大澤美智子竟然死在舞台上、原來是一個名叫村川康之的組長為了替妻小抱撞車之仇、才設計了這個死亡計劃。

毛利因為身體容易疲倦到醫院拿檢查報告、在新出醫生得知他就是鼎鼎大名的毛利小五郎時、便留他下來便飯、誰知他依照慣例到浴室洗澡時、卻被電死在浴缸裡、這到底是一宗意外、還是有人蓄意謀殺呢？一切就待柯南解開謎底了。

觀察過新出家平面圖並且實地演練停電時從廚房到總開關之間所花的時間之後、柯南終於找出兇手這套殺人計劃的破綻、直指陽子太太就是殺害新出醫生的兇手、原來她得知新出已故的前妻就是他這個花心的丈夫害死的、便設下了這套殺人計劃。

柯南與小蘭、園子一同到溜冰場玩、碰巧結識了一群從事陶土射擊的朋友、就在該遊樂場要施放煙火之前、這些人去洗手間的去洗手間、吃飯的吃飯、喝咖啡、抽煙、各有各的事情要辦、但是園子在煙火施放時卻在廁所裡發現其中一名團員：伊丹千尋死在廁所內、兇手是誰？他殺人的動機又是什麼？

經過一番偵查之後、毛利又作了第二次的推論認為兇手應該是織田、牆上的留言和凶器只是為了嫁禍佐野泉的手法；柯南看不下去便用麻醉槍將毛利迷昏、揭發佐野泉才是兇手的事實、這也揭露了半年前他們一個名叫成田的朋友自殺身亡的真相。