名偵探柯南

毛利小五郎與小蘭柯南三人因賞櫻花在路上碰巧迷路兼車子爆胎、寄宿在附近一間寺廟、卻發現該寺廟住持被吊死在修行房內、兇手到底是誰？真的是霧天狗這個傳說作祟嗎？

柯南發現了修行房外？？？的碎片、尋著珠絲馬跡將瀑布與破洞的牆壁碎片牽連上線、又察覺秀念對案發當晚寺內發生之事毫不知情、遂在找到證物之後進行推理、果然讓秀念道出兩年前住持謀害其兄的一段過去。

柯南一行三人在路上散步、聽到尖叫聞聲趕至一棟大樓、發現井本龍介死在陽台、案發當時都沒有人在現場、兇手是誰？兇器為何？犯案手法又是什麼？柯南無法使用麻醉槍、只好旁敲側擊點醒毛利破案。

電玩公司滿天堂召開發表會時、突然發生爆炸事件炸死了人、卻離奇的牽扯出曾經利用毒藥讓柯南縮小的秘密組織、柯南差點就要挖出該組織、卻被其適時的消聲匿跡、線索有消失了。

伊達醫生因為收製藥公司回扣、被內海醫生發現、加以勒索、否責將向外界公開、伊達便利用列車所能產生的不在場證明設計了一套列車上的謀殺計畫；最後仍被柯南所破解。

中山社長經營一家清潔公司、對其學長藤井拋棄妹妹害其意外死王不能釋懷、遂進行了整項殺人計畫、誰知確因為自己公司所進行的工作所洩漏出其罪行。

柯南為自己、毛利小五郎與小蘭三人申請參加偵探小說迷旅行團、幸被抽中、但在抵達下榻的別墅後、卻接連發生兩起命案兇手到底是誰、這些偵探迷會破解命案嗎？

經過抽絲剝繭之後、為了破案、又怕被服部平次在推理時揭穿身份、柯南變將服部催眠、進行推理；原來是戶達先生不能容許主辦人與藤澤先生背棄事實著書才設下殺人的陷阱。

村瀨原本是一家便利商店店長、卻因為惡質的高利貸使自己債台高築、無計可施之下將其殺之、卻被上街買東西的小弘看到也欲將其一起殺之滅口、卻逃不過柯南的追蹤、揭發了整件謀殺案。

蝶野泉仿照大插畫家花岡兼人的筆觸為其畫插畫、終有一天無法再屈居其下、予以反抗、威脅要公諸於世、花岡失手將其殺死、又設計出一連串手法讓一切看來像是蝶野自殺、但終逃不了柯南的法眼。

毛利小五郎應邀到敷島上為島民演講、村長三上又託其找尋７年前沉沒海中的龍神號黃金的藏金處、卻意外因此讓毛利惹上殺身之禍、結果在毛利的一場演說中，竟然有人暗殺！？

毛利的存在究竟對何人不利？柯南決定要查明事情的真相，結果發現原來和村裏，傳說的水鬼故事有關；當柯南發現了，水鬼傳說，原來是要掩人耳目，以方便兇手尋查黃金用的，結果兇手竟將柯南帶入山洞，打算活埋，柯南能夠脫困嗎？

柯南與一行小朋友去拍攝電影的攝影棚裡參觀、卻意外碰到一起命案、大怪獸蛾魔拉真的會殺人嗎?扮演怪獸的兇手到底是用什麼手法將龜井製作人殺死的呢？

寺岡勝敏是個負責暴力祖織案件的刑警、卻因為與黑道有金錢授受關係、遭到對方威脅、遂起殺機、讓一切看來出自意外、誰知一切卻被手槍上他太太的指紋所揭穿。

遠藤先生的兒子圭太遭人綁架、在柯南的協助下，糊里糊塗的毛利偵探，依照圭太電話裡的話尋找線索，終於安全的救回人質，並且找到了綁架犯。

竹野因為女友惠子與生田登山時、遇到山婻生野獲救未救惠子、事後又對此事談笑風生心有不平、策畫了一起夜路殺人計話、法網恢恢、仍被新一所識破。

一舞台受到恐嚇、要脅立刻停止演出否則將有悲劇發生、最後女主角祥子果然遭氰酸毒死、原來是其宣傳相良瞳對其橫刀奪愛不專於情的行為懷恨在心所引起的殺念。

毛利與柯南、小蘭三人在阿笠博士勸說下參加一個旅行團、只要找出假扮暗夜公爵的主辦人真象、就可獲得住宿費全免的優待、旅行團繞在秘密程式與電腦病毒和暗夜公爵上打轉、其中究竟暗藏什麼疑雲呢？

在江原時男摔落身亡之後、大家都說不出確切的不在場證明、就在此際、明子與小蘭柯南三人又在電梯碰到了暗夜公爵、而且輕鬆躲過了得過空手道優勝的小蘭的攻擊、難到說兇手真的是全國空手道冠軍的前田先生嗎？

在逐一的抽絲剝繭之下、新一發現真正的兇手就是佐山明子、明子道出３年前他哥哥拼命一搏所發展出的軟體卻被電腦哈克族的江原時男所盜、因此跳樓身亡、自此便開始計畫此樁謀殺計畫、未料仍逃不過老天爺與新一的法眼。

美帆因為被人跟蹤、在向警方報警之後、卻被那名跟蹤者恐嚇、最後因懼怕遭到對方毒手先下手為強、利用自動販賣機的飲料將對方毒死。

柯南與小蘭到園子家渡假、卻碰上小蘭姐姐的準公公被殺、嫌犯竟然是他的三個三胞胎兒子、小蘭等人雖然看到了兇手的鼻眼、卻無法分辨誰才是真兇、新一這次又該如何破案呢？

柯南與朋友、小蘭一行人到海邊去玩、意外碰上春日設計殺害其女友小忍、在眾人協力之下逃出了洞窟、揭穿了春日為求富貴另訂婚約的內幕。

南條隼人因為三年前自己飾演死神陣內的戲份即將被新人北野搶走、情急之下設計將其殺死、眾人都以為是意外、但其女友忍辱偷生潛入其公司做經紀人、終於得知真象、便設計一連串手法將其殺害。

毛利小五郎一次在晚上與朋友打麻將因為三缺一、找金融公司的肥田社長插花、卻因此發現了一宗密室殺人案件、兇手到底是誰、用是用什麼方法讓肥田社長中毒的呢？柯南會找到蛛絲馬跡嗎？

怪盜基德名振天下、偷遍世界珍寶、目前將焦點放在日本、並寄出通知函預言要盜取鈴木集團傳家之寶：暗夜星辰、鈴木園子為目賭基德廬山真面目、不欲求助警方、遂央請好友小蘭的父親偵辦此案、柯南該如何破解基德這位千面怪盜的計劃呢？

基德在嚴密警力防守與鈴木夫人的製造仿冒品之後仍然將真品的黑珍珠盜走、最後終被柯南找出破綻、發現他已化身成小蘭藉著扶鈴木夫人之便偷了珍珠、但最後卻為了救被放在救生艇上的小蘭而放棄追怪盜的機會。

毛利小五郎等人被邀請至長門集團會長家作客，其實是服部因為會長家發生的怪異事件把他們找來的，果然，在他們訪問中，會長家發生連續慘死的事件，服部與柯南能夠找出真相嗎…？

長門會長家連續慘死的疑雲在柯南與服部的推理下終於解開、原來是日向小姐在得知20年前她家的那場火災是秀臣與光明所引發、光明卻毫無悔意、才動起殺念、而秀臣卻因為日向向他求婚、為此感到罪過自殺身亡。

柯南與小蘭、園子三人到銀行辦事、卻巧遇搶匪搶錢、雖然看似單純搶案、內情卻頗為複雜、原來是行員谷口為了賭博所策畫的一場內神通外鬼的搶案、因為毛利小五郎不在現場、柯南就讓園子居了這次的大功。

柯南等一群小孩巧遇一個喪失記憶的流浪畫家、隔天卻發現他死了、跡象顯示還是他殺、眾人皆懷疑其妻君江、卻因其心細將所有證據消滅、最後終於由柯南證明畫家就是她的先生、她為圖一年前的公款不惜殺死自己丈夫。

高山美奈美和永野椎菜是 TWO-MIX的兩位主唱、極受歡迎、卻因為新歌的歌詞可能牽涉到一宗謀殺案而遭到宮原悟史綁架要求柯南等小朋友拿著包包前去、他們會有危險嗎？ TWO-MIX的演唱會還會不會召開呢？

歹徒宮原因為去年謀殺同伴時的槍聲被TWO-MIX聽到、想要殺人滅口、一開始就不打算放人、柯南順利找到歹徒藏身處、卻因元太等人被抓同時被困、用計將逃出之後、演唱會終於得以順利舉行。

毛利小五郎因為追捕犯人時不小心骨折而住院，他躺在病床上透過窗戶目擊到別的房間發生殺人案件，抵達現場後卻發現什麼也沒發生，在大家都懷疑毛利的精神出了問題時，毛利小五郎被發現躺在殺人事件的現場…

柯南與小蘭、園子上山滑雪巧遇從前小學老師米原晃子、一起住到滑雪別墅、不料米原與園子相繼遭惡人攻擊、最後連一直未出現的杉山老師屍體也被發現放在大門口、柯南擔心會有悲劇再度發生、請阿笠博士代查３年前杯戶小學發生的事情、就在緊要關頭、又聽到有人發出慘叫。

上山滑雪的科南一行人，竟然碰上了連續殺人事件，科南知道了兇手是誰，但又害怕自己是新一的真相被拆穿，於是利用電話打電話給小蘭，並將新一的聲音在大家面前出現，終於解開的三年前無解的殺人案，並且讓真兇伏法。