Dr. STONE 新石紀 第三季

千空一行人為了救助陷入冷凍睡眠的司，挑戰人類石化的黑幕。歡迎航海時必備的能力超強船長・龍水成為同伴，並乘坐著熱氣球去尋寶。一邊尋找著船隻所需要的燃料・石油，一邊根據空中的情報製作科學王國周邊的地圖。此時，村人們面臨了最直接的問題──食糧；千空和大樹等人開始了某件事。人類因謎樣的光芒被石化後數千年──，千空一行人終於開始邁向未知的新世界！！

因為有大樹等人的努力工作，科學王國才有有了大片的小麥田；但烤出來的麵包卻是焦黑狀態。面臨絕望的千空一行人，決定喚醒專業廚師！讓石化前曾擔任龍水的執事兼廚師的法蘭索瓦覺醒。千空現在需要保存食物麵包，法蘭索瓦回應他的「慾望」而開始行動！另一方面，千空回應了記者南的「慾望」，動手開始製作某個科學物品。

千空得到了相機，從熱氣球上拍攝航空照片；可是，從照片上仍然找不到油田的情況下，季節來到豐收的秋天。法蘭索瓦為了收集食材，跟西瓜一同尋找野豬和松露；千空見狀後，想到或許能利用野豬尋找油田……。此時，千空一行人正在嘗試製作新的科學物品，但不知為何通訊系統受到阻礙……。

千空一行人突然收到來自「WHY MAN」的詭異訊息，為了查出他的真面目，千空、龍水、阿鉻、幻、羽京五知將，召開科學王國的戰略會議。為了對抗看不見的敵人，千空思考著要做出被譽為科學之眼的雷達和聲納，來揪出WHY MAN。阿鉻得知雷達有知曉天空和海洋的能力後，似乎想到了什麼……。

科學王國因阿鉻的活躍而找到了況山，製造船隻需要搬運大量的礦物和石油，因此建造了採礦車和柏油路，並且還得到了貨運連線網！然而，建造大型機械帆船的技術相當困難，千空被迫改變計畫。此時，比誰都想得到機械帆船的龍水，提出個方案。為了出海而製造船隻的劇情來到高潮階段。

科學船帕爾修斯號終於完成了！挑選搭船的人選，踏上人類尚未前往的大海原！目標是百夜他們曾留下的太空船沉睡之地，也是百物語的「起始之地」。出發前，千空聽了代代女巫口耳相傳的百物語， 他確信超級稀有的「白金」就在太空船裡。就在這時，他們從某個村人口中得知一個重要的祕密！

千空一行人來到了白金沉睡之地的寶島，他們立刻開始探索島上居民與太空船；留在船上的待命組員，則是調查的周遭和海底。京羽看到以前這裡明明是無人島卻有大量的石像感到疑惑。此時，在船上的龍水似乎感覺到某人的視線──。另一方面，千空一行人在科學搜查的幫忙下，找到第一位島民。離他們所想得到的情報越來越接近了……。

千空讓島上的美少女孤挺花成為同伴，孤挺花自從在五年前，發現侍奉島長的左右手・伯勞、霧雨使用石化武器後，就一直找機會偷走它。千空聽聞這件事之後，立刻擬定潛入計畫，來調查首領附近的狀況。然而，計畫中最重要的科學實驗室，卻在被佔領的帕爾修斯號上。從遠方觀察船的現狀……。

船被襲擊時，因得到龍水的救助而活下來的西瓜；與同樣逃入海中躲過石化光線的銀狼，躲在被荊棘佔領的帕爾修斯號裡。兩人收到琥珀傳來的絕望消息，便為了把實驗室交到千空手中，而嘗試著從船上逃走！另一方面，千空為了懸找石化武器的祕密，持續進行潛入島上後宮的計畫。用科學改造琥珀美麗大變身開始囉！