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從石器時代到現代文明,跨越200萬年的科學史!前所未聞的冒險故事,就此掀開序幕!
在寶島上的激烈戰動結束,千空一行人平安無事地回到科學王國。使用得到手的實話裝置,成功讓進入冷凍睡眠狀態的司復活。司也成為科學王國的同伴了!
接下來,千空一行人為了阻止位於「月球」根據地讓人類石化的幕後黑手・WHY人,而以前往月球為目標!
在這個石之世界,從零開始打造太空船的大計畫開始了。
話不多說,為了從全世界收集打造太空船的材料,千空一行人乘著珀耳修斯號奔向大海。製造復活液需要大量的玉米,因此第一個目的地,就是美洲大陸。
勇氣、結束、科學力量,挑戰這一切的大航海計畫前方,另千空等人動搖的威脅正等著他們──!
終於,千空一行人的冒險,將擴大致世界以及外太空!
為了拯救人類的未來,千空與同伴們一同盡全力開拓科學之道!

在寶島上的激烈戰鬥結束,千空一行人回到科學王國。利用到手的石化裝置復活了司,他也成為科學王國的同伴。 接下來,千空一行人以前往石化元兇WHY人發信源的月球為目標,啟動「月球表面著陸計畫」。為了在世界中收集太空船的素材,搭乘珀耳修司號奔向大海。 然而,前往美國的旅途中,千空和龍水對於駛向哪個航線有很大的分歧!究竟該採取哪個航線,居然以抽牌對決來決定!

千空VS龍水以撲克牌對決決定航海路徑,千空以漆孤注一擲獲勝,最後決定走難度100%最短路徑前往美國。辛苦的航行之旅,需要一點娛樂!經龍水的提議,船上誕生了賭場。法蘭索瓦則為了賓客提供特調雞尾酒,「法蘭索瓦酒吧」就此開店,讓船員們盡情享樂。此時,松風想起過去罪惡元兇石化裝置的回憶……。

經過了將近40天的辛苦海上船行之旅,傾盡科學航海術和團結之力,珀耳修斯號終於抵達美洲新大陸。千空一行人親眼見證失去過去輝煌文明的美國現況,重新下定決心,一定要解救全世界的人類。 話不多說,千空一行人順著沙加緬度河,尋找重要的復活液材料玉米;到了夜晚,點起誘蛾燈持續探索時,司感到一股強大的殺氣……!

科學王國一行人終於踏上美洲大陸。千空他們正靠著黑暗的誘蛾燈來尋找玉米,此時司在黑夜中感受到強烈的殺氣! 突然間,不知被何人以機關槍襲擊!靠著司的超反應和龍水的機智,好不容易逃過最危險的狀態,卻也因此確定,在美國有個超高科學力量的人復活了。 隔天早上,再次出現的敵方,祭出更令人驚訝的科學武器,威脅著千空一行人……!

千空一行人被在新大陸上擁有高度科學力量的復活之人所襲擊,為了找出敵人的大本營,幻自願成為間諜潛入敵人城裡。在那裡遇見敵人的首領、科學家Dr.賽諾,並受到他的質問。 賽諾透過無線電波和千空一行人取得聯繫,並靠著幻提供的假情報,要求和大樹對話。緊張刺激的交涉就此展開! 另外,千空一行人為了準備即將與賽諾軍隊決,正嘗試升級珀耳修斯號!


千空從露娜口中得知,名為賽諾的男人,是他的科學恩師。在千空還是小學生時,就寄了一封mail給世界中各大科學機構,而願意回信的只有NASA的科學家Dr.賽諾。科學少年千空,因賽諾熱愛科學的話語,獲得了力量;而賽諾也樂於和年輕科學家交流。 然而,就在數年後,賽諾訴說著想藉由科學的武力成為獨裁者的願望……。

曾透過科學成為師徒的賽諾與千空,兩人同時從石化中甦醒,並在各自所處位置發展科學。復活後,賽諾以製造科學武器為目的,打造城堡、成為引導世界的獨裁者。而如今,槍法了得的史丹利聽從賽諾的指令,狙擊科學王國的領袖! 身為間諜的露娜,在船內尋找目標,並傳遞訊號給史丹利……。

賽諾發現科學王國的領袖曾是自己徒弟的千空,但即使如此,賽諾仍命令史丹利狙擊千空。珀耳修斯號陷入混亂期間,千空被史丹利射殺!在千鈞一髮之際,千空透過防禦雖受了重傷,但仍保有一口氣。大樹拜託曾是醫學系生的露娜醫治千空。 此時,觀察賽諾城的阿鉻一行人,開始計畫如何捕捉賽諾。

為了潛入賽諾的城內,阿鉻一行人打算挖掘秘密地道。科學師阿鉻代替被狙擊,正在生死之際的千空,自行想出挖掘地道的鑽地機。 另一方面,大樹拜託露娜治療千空,但露娜身為賽諾方的間諜,卻對千空抱持著特別的情感。就在此時,賽諾威嚇科學王國的秘密兵器完成了……!

科學VS科學,以雙方首領為目標的速攻終於開始了!對上擁有強大科學武器的賽諾軍團,千空一行人把珀耳修司號升級程航空母艦!傷勢剛痊癒的千空,和龍水一起搭乘飛機,向史丹利挑戰空中纏鬥。 激烈的空戰不斷擴大,賽諾軍偷偷開發的巨大秘密科學兵器,逼近了在船上的松風一行人!
