Dr. STONE 新石紀

在寶島上的激烈戰鬥結束，千空一行人回到科學王國。利用到手的石化裝置復活了司，他也成為科學王國的同伴。 接下來，千空一行人以前往石化元兇WHY人發信源的月球為目標，啟動「月球表面著陸計畫」。為了在世界中收集太空船的素材，搭乘珀耳修司號奔向大海。 然而，前往美國的旅途中，千空和龍水對於駛向哪個航線有很大的分歧！究竟該採取哪個航線，居然以抽牌對決來決定！

千空VS龍水以撲克牌對決決定航海路徑，千空以漆孤注一擲獲勝，最後決定走難度100%最短路徑前往美國。辛苦的航行之旅，需要一點娛樂！經龍水的提議，船上誕生了賭場。法蘭索瓦則為了賓客提供特調雞尾酒，「法蘭索瓦酒吧」就此開店，讓船員們盡情享樂。此時，松風想起過去罪惡元兇石化裝置的回憶……。

經過了將近40天的辛苦海上船行之旅，傾盡科學航海術和團結之力，珀耳修斯號終於抵達美洲新大陸。千空一行人親眼見證失去過去輝煌文明的美國現況，重新下定決心，一定要解救全世界的人類。 話不多說，千空一行人順著沙加緬度河，尋找重要的復活液材料玉米；到了夜晚，點起誘蛾燈持續探索時，司感到一股強大的殺氣……！

科學王國一行人終於踏上美洲大陸。千空他們正靠著黑暗的誘蛾燈來尋找玉米，此時司在黑夜中感受到強烈的殺氣！ 突然間，不知被何人以機關槍襲擊！靠著司的超反應和龍水的機智，好不容易逃過最危險的狀態，卻也因此確定，在美國有個超高科學力量的人復活了。 隔天早上，再次出現的敵方，祭出更令人驚訝的科學武器，威脅著千空一行人……！

千空一行人被在新大陸上擁有高度科學力量的復活之人所襲擊，為了找出敵人的大本營，幻自願成為間諜潛入敵人城裡。在那裡遇見敵人的首領、科學家Dr.賽諾，並受到他的質問。 賽諾透過無線電波和千空一行人取得聯繫，並靠著幻提供的假情報，要求和大樹對話。緊張刺激的交涉就此展開！ 另外，千空一行人為了準備即將與賽諾軍隊決，正嘗試升級珀耳修斯號！

為了對抗賽諾軍，千空一行人開始執行珀耳修斯號的「航空母艦大改造計畫」。就在快速進行改造船隻工程的同時，也組成了一支為了綁架敵方領袖賽諾的特殊部隊，司一行人往敵陣方向前進。 另一方面，賽諾將暗殺Dr.大樹的任務交給總司令官史丹利，而他則讓露娜以間諜的身份混入珀耳修斯號。 從露娜說漏嘴的情報中得知，千空與賽諾之間的驚人關係！

千空從露娜口中得知，名為賽諾的男人，是他的科學恩師。在千空還是小學生時，就寄了一封mail給世界中各大科學機構，而願意回信的只有NASA的科學家Dr.賽諾。科學少年千空，因賽諾熱愛科學的話語，獲得了力量；而賽諾也樂於和年輕科學家交流。 然而，就在數年後，賽諾訴說著想藉由科學的武力成為獨裁者的願望……。

曾透過科學成為師徒的賽諾與千空，兩人同時從石化中甦醒，並在各自所處位置發展科學。復活後，賽諾以製造科學武器為目的，打造城堡、成為引導世界的獨裁者。而如今，槍法了得的史丹利聽從賽諾的指令，狙擊科學王國的領袖！ 身為間諜的露娜，在船內尋找目標，並傳遞訊號給史丹利……。

賽諾發現科學王國的領袖曾是自己徒弟的千空，但即使如此，賽諾仍命令史丹利狙擊千空。珀耳修斯號陷入混亂期間，千空被史丹利射殺！在千鈞一髮之際，千空透過防禦雖受了重傷，但仍保有一口氣。大樹拜託曾是醫學系生的露娜醫治千空。 此時，觀察賽諾城的阿鉻一行人，開始計畫如何捕捉賽諾。

為了潛入賽諾的城內，阿鉻一行人打算挖掘秘密地道。科學師阿鉻代替被狙擊，正在生死之際的千空，自行想出挖掘地道的鑽地機。 另一方面，大樹拜託露娜治療千空，但露娜身為賽諾方的間諜，卻對千空抱持著特別的情感。就在此時，賽諾威嚇科學王國的秘密兵器完成了……！

科學VS科學，以雙方首領為目標的速攻終於開始了！對上擁有強大科學武器的賽諾軍團，千空一行人把珀耳修司號升級程航空母艦！傷勢剛痊癒的千空，和龍水一起搭乘飛機，向史丹利挑戰空中纏鬥。 激烈的空戰不斷擴大，賽諾軍偷偷開發的巨大秘密科學兵器，逼近了在船上的松風一行人！

天上、地上、水上全面開戰，科學王國之間的壓制戰越演越烈。千空和龍水在空戰中不斷與敵軍空中纏鬥；水面上賽諾軍團的巨大潛水艇則開始襲擊珀耳修斯號！在看似無法挽回的戰況下，阿鉻等人抓到了賽諾！ 他們偷偷挖掘隧道，執行潛入賽諾城堡的計畫，抓到賽諾後，讓賽諾和阿鉻一起從隧道逃脫。此時，千空來到曾是他的科學師父賽諾身邊……。