末代御醫

杜仲趕往瀛台，為已奄奄一息的光緒皇帝把脈，並好言安慰他。杜仲 不理眾人反對自己煎藥，當他折返光緒寢宮，已見隆裕、瑾妃、載灃已跪在床前痛哭，因光緒已駕崩。杜仲懷疑光緒死於砒霜毒，慈禧允許他用一天時間查出光緒死因。杜仲在寢宮椅腳下發現一個相識的玉珮。追溯十年前，伏苓從外地回到家鄉，因她多年前曾鬧出大事，之後被杜仲驅逐離開家鄉。伏苓回家眼見父親的跌打館變成賭坊，之後跟師弟葛根回家見嫲嫲戴娣和姑母伏明珠，明珠要伏苓贖回存仁館。伏苓偷入杜府書房尋找屋契，不慎打翻香爐，被在臥房的杜夫人洪百合聽到；百合不慎跌倒，伏苓於心不忍救出百合，方知她不良於行。杜仲本為良濟贊堂名醫，有日他受袁世凱邀請出診，世凱更對杜仲留下好印象。伏苓知存仁館將要改為妓院後，再偷屋契時被杜仲捉個正着。

世凱使人送來輪椅贈百合，更有意羅致杜仲擔任其新軍軍醫，杜仲推辭。杜仲到教堂與泰來神父交流醫術，神父請他為一位至交醫治咳嗽。存仁館重新開張，伏苓和葛根戮力推銷秘製藥丸和藥酒，可惜無人問津；見債主臨門，葛根願意打擂台賺錢還債。李鴻章讚賞杜仲醫術，邀他為一位「貴人」治怪病；來到頤和園樂壽堂，杜仲發現患者正是慈禧太后。杜仲為慈禧檢查腳部，發現慈禧腳有傷痕但襪子卻乾淨如新。他跟隨涴佳格格到雜物房找尋慈禧的舊襪子，但見襪子上染有血跡和黏有烏鴉糞便。慈禧到瀛台送光緒補藥，豈料光緒反惹得慈禧不滿。

杜仲之姑母杜秋萍擔心無子嗣，探聽百合不反對杜仲納妾，便帶少女金花到藥店給杜仲相親；杜仲在翻閱醫書之際似有發現，竟要秋萍帶金花再見他，但不許她化妝。慈禧供奉文殊菩薩，在頤和園搭建戲棚，屬意端郡王載漪與子溥儁陪同觀戲。隆裕與慧貴妃、瑾妃求光緒出席，光緒為求早日與珍妃相見答允出席。慈禧知道珍妃滑胎大為震怒，以為是珍妃與她作對才隱瞞懷孕之事，涴佳推薦杜仲入太醫院。御醫們見杜仲被慈禧賜封為御醫，既妒忌又擔心。錫庚為杜仲介紹太醫院運作，更對杜仲的醫術拜服。錫庚帶杜仲到珍妃住所，沒料被珍妃棒打……

伏苓見金花與母買嫁女餅，又見有家丁給杜府送來厚禮，令她懷疑自己一直誤會杜仲。葛根陪伏苓到廟中參神，卻不小心撞到玉貴。伏苓見玉貴未能帶她入謀差事，於是轉移向杜仲埋手；杜仲起了惻隱之心，終帶她見院使大人艾文光。時錫庚謂隆裕扭傷頸，伏苓請纓效勞，成功讓隆裕給伏苓令牌每日自由進宮為她推拿。伏苓向七叔報喜她已取得隆裕信任，七叔要伏苓追查神秘人下落。眾妃嬪知道隆裕按腳推拿能變得年輕貌美，紛紛找伏苓按腳推拿。載漪探望光緒，光緒指他近日患腹瀉不止。慈禧責艾文光三人，懷安提議杜仲為光緒診治。

在未查明病因前，杜仲建議光緒飲用生理鹽水以防缺水和缺鹽，之後匆匆到北三所告知珍妃光緒病況。德齡與神父聚舊，剛巧有病人找神父只留下德齡彈琴，豈料琴聲竟吸引送貨的葛根。葛根還帶德齡到花園參觀聖母像，卻被葛根舊友虎和豹捉拿，指用德齡向義和團領賞錢。杜仲懷疑光緒中一些不知名的毒，忽留意牡丹花枯萎卻有檀香味，覺得光緒所用的檀香可疑。杜仲做實驗時有一黑影從外而至，黑衣人更搶去實驗老鼠及檀香；杜仲從光緒知道檀香是載漪送贈，要他小心防範。載漪感謝世凱，世凱勸載漪利用義和團……

為解開皇帝心結，杜仲願意為光緒和珍妃傳遞書信；另一方面，載灃為討德齡歡心聘葛根作他的近身侍衛。伏苓在宮中教眾多嬤嬤按腳，其實是檢視她們的腳踭有否紋身。伏苓代錫庚隨杜仲為珍妃診症，伏苓同情珍妃，竟大膽應承和杜仲為他們安排見面；最後事情竟被慈禧撞破。葛根隨載灃到頤和園花園，見瑜、慧兩位貴妃，以及涴佳和幼蘭；杜仲和錫庚在京城大街見義和團拳民聚集，拳民領袖鐵骨更硬灌年輕人飲下符水，杜仲和錫庚即為他救治。慈禧與各大臣商討國事，載漪則認為可倚仗拳民的神功護體，挫洋人銳氣。

德齡與載灃約會後，由葛根陪她到教堂，途中遇到義和團拳民；伏苓在街上遇到秋萍和杜仲，聽到拳民到教堂搗亂，擔心神父安全立即趕往。孕婦要生孩子，伏苓願意以性命交換孕婦，杜仲卻搶了匕首自插腹部。伏苓通宵為杜仲製作醫治刀傷藥膏，杜仲感激。杜仲向秋萍承認伏苓是他的逃婚妾侍，百合暗生醋意。珍妃很想光緒能強身健體，雨露能均分予皇后和瑾妃，伏苓開藥方交予珍妃。慈禧得悉光緒發病是服食壯陽藥而大興問罪，珍妃則呼冤。慈禧召見光緒和載灃，以為光緒給予公使好處，向她逼宮還他政權。

慈禧認為光緒受珍妃唆擺，有意廢掉她；光緒返回瀛台又再病發，杜仲到樂壽堂為慈禧請脈，借機向她進言勸諫。伏苓為扭傷腳的陳嬤嬤按腳，竟發現她腳踭上有蝠鼠紋身。伏苓再約嬤嬤時卻發現她死去，載漪剛經過便捉她回去審訊。德齡送葛根西洋禮服，要他參加她的生日舞會，伏苓教葛根邀德齡跳西洋舞，並向她示愛。光緒上朝聽政，載漪贊成朝廷向諸國開戰還以顏色，光緒反對開戰，二人各執己見。慈禧決意招攬義和團與載漪的軍隊合力對付西洋諸國。載漪盼世凱相助，世凱不曾表態，只向載漪奉承……

伏苓向珍妃獻計，由她邀隆裕和瑾妃為光緒表演舞藝，可惜瑾妃舞技有限，令隆裕受傷。伏苓以為百川是消息人士向他唸暗號，百川欲殺她；杜仲與百川打鬥受傷，伏苓幫他推拿卻令戴娣和明珠誤會他們餘情未了。眾御醫抱怨杜仲處事魯莽，杜仲與各人爭論之際，涴佳奉慈禧口諭要隨杜仲學習醫術。幼蘭臉上長滿紅點，杜仲懷疑她吃了致敏食物。珍妃念着死去胎兒每夜睡不安寧，伏苓願代她去拜祭嬰靈。伏苓與杜仲前去祭祀，突然看到余嬤嬤瘋瘋癲癲來拜祭嬰靈。二人返回太醫院，錫庚跑來告知余嬤嬤懸樑自盡，……

慈禧率眾妃到廟中禮佛，光緒與珍妃跪拜請慈禧停止向聯軍宣戰；慈禧以為光緒受珍妃唆擺威脅她，命人掌摑珍妃，光緒哀求至吐血暈倒。1900年八國聯軍攻入北京，載漪和載灃接慈禧離宮西狩，玉貴到瀛台接走光緒，但獨留珍妃在北三所。光緒囑杜仲接珍妃跟上大隊，杜仲帶珍妃和伏苓離開紫禁城，卻遇上英軍殺入。德齡到存仁館找葛根，卻被鐵骨脅持走入存仁館躲避洋兵追殺。錫庚找杜仲返太醫院收起藏書，這時日軍大佐領兵進駐，要御醫交出《青囊書》。伏苓向大佐襲擊，混亂間槍傷大佐，杜仲請纓為大佐做手術……

大佐見杜仲肯自我犧牲，決定放過伏苓和太醫院所有人。杜仲邀伏苓返家躲避聯軍，百合擔心杜仲折返，卻看到他和伏苓竟有說有笑。瑜貴妃和軍機大臣商討對聯軍提出的議和條件，載灃更向鴻章冷嘲熱諷。百合揭穿杜仲和伏苓早已相認，兩人向百合發毒誓表示從沒有背叛她。鴻章簽下辛丑條約，慈禧和光緒即將從西安返回紫禁城。杜仲未能尋找珍妃自覺失職，向光緒請辭，光緒反要他留下盡力尋回珍妃。被聯軍囚禁的玉貴向慈禧和光緒稟報未曾見過珍妃。御醫報告太監和嬤嬤出現屙嘔徵狀，杜仲懷疑水源問題，錫庚在水井發現死屍……

大家猜測珍妃怕受洋人凌辱投井自盡，但杜仲不信；慈禧禁止各人向光緒洩露珍妃已死。七叔要伏苓盡快查出內應和有關朝廷潛伏組織裏的奸細名冊。葛根找玉貴喝酒，其實是載灃要他向玉貴打探珍妃之事。如意向杜仲表明她要結婚，對象是玉貴，而他會找人借種生子。玉貴與如意喝過合巹酒後迷迷糊糊地暈倒，醒來時已被五花大綁。杜仲將已簽押供詞的玉貴準備送交載灃處理時，有黑衣人將玉貴和供詞一併帶走。杜仲將珍妃信件和珍珠交到光緒手上，杜仲開解光緒。載漪帶着兒子逃難卻被載灃截獲，載灃將載漪押至慈禧面前審訊……

伏苓知道百合雙腳有望康復，更用心教杜仲學習推拿。載灃向慈禧痛陳與諸國公使關係的利害，游說她在宮中設宴款待諸國公使夫人，更建議由德齡統籌宴會。當慈禧與隆裕等人稱讚載灃和德齡，瑜貴妃認為是時候為載灃娶福晉，直指幼蘭是合適人選，慈禧決定為他們賜婚。杜仲每日到存仁館跟伏苓學習推拿，明珠等人以為他們感情邁進一步。伏苓研製好藥膏特來送給杜仲醫治百合，杜仲感激。百合受傷腳骨折斷，百合提議找伏苓醫治；百合知道雙腳無復原機會，倒在杜仲懷中痛哭。伏苓感覺百合的說話似是對她所說，令她不安……

光緒策劃另一套新政但怕又被慈禧推倒，杜仲提議可借他人之手執行。載灃特意安排慈禧、光緒和皇后及眾妃賞花，遠處突然飛出大量蝴蝶蔚為奇觀；見慈禧欣喜，載灃乘時向慈禧提出推行新政。載灃的侍衛逮着玉貴，玉貴為求脫身，向載灃供出亂黨情報。載灃帶侍衛追至石屋附近，葛根入屋發現伏苓中彈暈倒，連忙找杜仲救伏苓。杜仲發覺伏苓還未完全退熱，便決定返家取藥。回家後百合堅持和他包餃子，但杜仲終按捺不住放下百合趕着送藥去。載灃來到存仁館追查七叔和伏苓，更硬要伏苓替他推拿試探；伏苓明知載灃以推拿為名，試探她為實。

世凱特意送來賀禮，更向載灃分析娶了榮祿女兒能令他事業更上一層樓。載灃與瑜貴妃約會，被德齡發現載灃和瑜貴妃有私情。葛根向德齡示愛，但她只視其為知己。慈禧忽然上吐下瀉找杜仲請脈，杜仲檢查慈禧的消渴症藥物沒有相沖徵狀，最後懷疑藥材出問題，找來涴佳和錫庚一起試藥；錫庚查出白鳳丸竟是來自良濟贊堂。順天府緝拿金贊歸案，並將良濟贊堂查封。杜仲往順天府監牢探望金贊，見他被打至重傷，決要為岳父翻案。杜仲求文光出面向順天府發還白鳳丸檢驗，文光怕連累太醫院而拒絕。杜仲返家，百合告知金贊死在獄中且已簽押認罪……

杜仲發現有人將舊藥丸用下價蜂蠟重新包裝，當作新藥賣給太醫院賺取利潤。良濟贊堂解封重開，由百合打理。百合得悉杜仲破案是伏苓暗中幫忙，對她更恨之入骨。載灃和幼蘭完婚，慈禧促他們為皇族開枝散葉。光緒建議引入西洋醫學，全權交由杜仲執行。伏苓遇見組織的負責人徐扁；徐扁指收到線報得知載灃得到一批軍火，組織有意劫走。杜仲到王府為幼蘭胎兒把脈，聽見玉貴向載灃報告革命黨要劫他的軍火；杜仲擔心伏苓，立即坐車趕去倉庫，至山腰已看到倉庫爆炸。慈禧囑咐幼蘭到廟裏祈福，幼蘭一時失足竟在石階上跌倒……

杜仲為幼蘭把脈，認為有難產危險，決定請泰來神父剖腹產子，由他全權負責。三年後，溥儀長得趣緻可愛，瑜貴妃建議留溥儀在宮中陪伴慈禧，載灃贊成。光緒向杜仲透露有意推行君主立憲制，杜仲認為他可向慈禧言明一切。涴佳意外見到葛根在彈琴，便鼓勵葛根到外面見識。杜仲發現光緒吸食麻勃（大麻），勸他停止吸食。慈禧被光緒氣至心力交瘁，有意廢除光緒。杜仲輕描淡寫地問伏苓近況，見到葛根神情閃縮，料他有事隱瞞；世凱向載灃表明留在軍機處猶如投閒置散，決意解甲歸田，載灃樂意成全……

杜仲知道光緒將遭人刺殺，堅決入宮救他，伏苓決定跟杜仲一起救光緒。百合約伏苓見面，當伏苓與百合取起酒杯時，杜仲趕至指出伏苓的酒有毒，百合指自己手上的酒才是毒酒，跟着將毒酒一飲而盡。慈禧患消渴症身體日漸衰弱；世凱趕來巴結載灃，但提醒他倘若慈禧比光緒早逝的話，光緒將重掌政權。虛弱的光緒再感染風寒，但仍不捨得放棄君主立憲之事。徐扁冒認伏苓約杜仲見面殺他，伏苓及時來到救走杜仲；光緒病情急轉直下，杜仲開了重藥可惜未及給光緒服食他已駕崩。慈禧命杜仲徹查光緒死因。杜仲拾到伏苓的玉珮，懷疑伏苓害死光緒。

杜仲肯定光緒死於砒霜，各人提出殺光緒的可疑人；杜仲覺得玉貴和載灃均有可疑，決兵分兩路調查。隆裕、瑾妃在御花園陪伴溥儀玩耍，瑜貴妃出現後向皇后和瑾妃炫耀她與載灃感情深厚；載灃之後約見瑜貴妃與她劃清界線。涴佳等人質問玉貴，玉貴否認但指曾偷聽到慈禧吩咐連英落毒。杜仲與伏苓追查載灃，幼蘭聽到後心中惶恐，因為她曾發現載灃藏有老鼠藥。連英被葛根弄暈後送到光緒寢宮裏，連英指光緒身邊兩個太監嫌疑最大，其中小林子好賭成性，可能被收買殺害光緒；小蔡子謂小林子失蹤前突然還清欠債，銀票是來自世凱……

杜仲用銀針為光緒驗屍，證實光緒是服砒霜而死；杜仲回想起他返瀛台了解光緒駕崩之事，肯定光緒死前曾寫下遺書。慈禧向外公布光緒因病駕崩，伏苓勸杜仲勿介懷他的死因。杜仲如實告知慈禧光緒死因，慈禧不信反斥責光緒，杜仲從衣袖裏取出光緒遺書；原來遺書是杜仲入宮面見慈禧時伏苓交給他。伏苓安排葛根接蓮子和百合到渡頭，並催促杜仲離開紫禁城，指載灃絕不會放過他。溥儀登基，載灃得償所願成為攝政王，可惜清朝積弱載灃無力挽救。至一九一五年，世凱稱帝，錫庚已是京城坊間醫師；在南方城鎮醫療站，杜仲忙碌救治傷兵……