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這是個關於你的故事。關於你身體內部的故事──。人類身體細胞數約有37兆個。細胞們生活在「身體」的世界中今天也充滿元氣，不眠不休的工作著。搬運酸素的紅血球，與細菌戰鬥的白血球……。在那裏有著不為人知細胞們的故事。隨著新的細胞、新的細菌及病毒的登場，新的劇情即將展開！新感覺的王道擬人化題材！超人氣漫畫「工作細胞」電視動畫第二期！不論是誰都能感同身受，體內細胞擬人化的故事。
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24分
第1話【頭部皮下血腫】 某天驅除完體內雜菌的白血球，遇見了把帽子戴反的血小板--戴反帽妹妹。戴反帽妹妹為了成為強壯的血小板，瞞著大家偷偷的做訓練。但是隨著突然發生的地震，體內世界陷入強烈的搖晃。故事舞台是在你的身體當中。體內細胞擬人化動畫，眾所期盼的第二季，開播！
30分
第2話【獲得性免疫】 來自外界的使者，世界的終結。如同記憶細胞夢境看到的內容，體內出現身分不明的敵人！記憶細胞不僅擁有過去的記憶，甚至還有預知未來的能力！？究竟是否如記憶細胞的預知一樣，這個世界將走向毀滅！？
24分
第3話【登革熱】 在表皮附近出現有害物質反應！肥大細胞按照工作手冊完成工作，卻遭到一群受害細胞上門抱怨。因此自暴自棄的肥大細胞大發脾氣…就在此時，發生某個物體刺破血管，把血球們吸走的事件……！
24分
第4話【螺旋桿菌 抗原變異】 體內有狀況！免疫細胞及時趕到擊敗遭病毒感染的細胞！一般細胞一臉無趣的觀看這日常光景。一般細胞心想「哪怕是一次也好，希望有人能對我說謝謝你救了我」。就在此時謎樣的細菌出現在一般細胞面前……！？
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第5話【細胞激素 】 為了把乳酸菌送回夥伴所在的地方，一般細胞和白血球(嗜中性球)一起朝腸部前進。就在途中有一隻乳酸菌和他們分開了。一般細胞拼命尋找失蹤的乳酸菌，卻在此時遭到受病毒感染的細胞攻擊!!
24分
第6話【害菌】 某個細胞的抗原情報外洩了。聽到NK說的話，白血球(嗜中性球)的表情立刻改變。護送乳酸菌回夥伴的旅程，終於來到了大腸。由於害菌釋放有毒氣體，導致大腸環境變得混亂，白血球等一行，在此遇見了原為殺手T細胞，後來變更身份的記憶T細胞。
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第7話【 癌細胞2前篇】 癌細胞終於復活，再加上被害菌肆虐的腸內環境。體內正遭受前所未有的危機襲擊。為了保護這個身體，白血球(嗜中性球)們，正面臨一場攸關世界命運的浴血之戰。
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第8話【癌細胞2後篇】 「快住手癌細胞！」為了守護身體，白血球(嗜中性球)等挺身而出面對癌細胞。然而調節T細胞卻阻擋在他們與癌細胞之間。就在同時，抱著必死的決心救了乳酸菌的一般細胞，也即將遭到害菌的毒手。這個身體以及細胞們命運究竟會如何！？