#13 決別之刻 襲擊教會並殺害綺禮的Caster，在教會原址的下方建造了新的據點，把Saber囚禁在此處。為了要一舉把Caster陣營消滅，並奪回Saber，凜和Archer擬定了作戰計畫後，便來到教會。原本對自己的計畫信心滿滿的凜，卻突然被Archer陣前倒戈…？

#14 科爾基斯的公主 襲擊教會並殺害綺禮的Caster，在教會原址的下方建造了新的據點，把Saber囚禁在此處。為了要一舉把Caster陣營消滅，並奪回Saber，凜和Archer擬定了作戰計畫後，便來到教會。原本對自己的計畫信心滿滿的凜，卻突然被Archer陣前倒戈…？#13 決別之刻 "士郎與凜正擬定在Saber被完全操縱之前的作戰計劃。

#15 神話的對決 雖然士郎與凜已經來到了艾因茲貝倫城，Berserker和吉爾伽美什兩，卻早已打得如火如荼。一邊保護伊莉亞，一邊應戰的Berserker，在吉爾伽美什壓倒性的強力寶具前，漸漸趨於劣勢⋯

#16 冬之日 願望之形 因為憤怒而不顧凜的制止，士郎衝到吉爾伽美什的面前，吉爾伽美什雖然打算當場解決掉他們，看到凜之後卻決定離開。凜雖然否定了士郎的生活方式，卻換了一個角度重新接受了士郎的想法。

#17 暗劍 張牙舞爪 Archer和Lancer的對戰一發不可收拾。在激戰中,Archer以自己所擁有最強的盾,來對抗使用必殺寶具的Lancer。另一方面,士郎與凜為了在此次作戰中,與Caster分出勝負,而再次前往挑戰。雖然因為實力的差距過大,讓兩人陷入困境,其實凜早就有了因應之策⋯

#18 這因緣即為肇始 雖然在Caster死後,Archer與她的契約變成無效,Archer卻再度攻擊士郎,企圖殺掉他。Saber試圖窺知Archer的本意而介入其中,但是在無契約的狀態下,無法發揮應有的實力,為了解救陷於困境的Saber和士郎,凜詠唱起締結契約的咒語…

#19 理想的終結 Archer的真實身份逐漸明朗。不管是現在還是過去,甚至是還看不見的未來，英靈都有可能被召喚。衛宮士郎與自己理想的結果─相信並貫徹自己信念之下的產物「正義使者」，正式面對面了。

#20 Unlimited Blade Works. 想把凜當作聖杯容器的綺禮，和想把凜佔為己有的慎二，都虎視眈眈地向凜逼近。另一方面，士郎面對Archer凌厲的攻勢，只能採取防守的態勢與之周旋。但是士郎之所以不放棄，決定要親眼看到Archer最後抵達的世界。那是他作為一個魔法師的證明－整片的荒野插滿了無數劍戟的固有結界。

#21 answer 為了要消除絕望而戰的Archer,以及為了貫徹自己信念而戰的士郎。在幾次的劍戟相交之下，士郎的敵人已經不再是Archer，而是自己─就算了解到，比起自己要更重視他人是偽善，也相信這絕對沒有錯。

#22 冬之日,遙遠的歸途 士郎他們從吉爾伽美什口中得知聖杯戰爭的真相後,開始擬定前往祭壇所在之處的柳洞寺的作戰計劃。對於士郎提出Saber跟吉爾伽美什的寶具相性不合的說法,凜所提出的對抗手段是⋯

#23 顯現 好不容易來到顯現的聖杯之前的士郎和凜,吉爾伽美什卻擋住了他們的去路。同時,Saber正與在山門前迎戰的Assassin對峙著。吞噬了七位魔法師與七位英靈的願望,聖杯戰爭即將迎向結局。

#24 無限劍製 吉爾伽美什認為士郎是贗品而予以否定。但是士郎卻對自己是贗品,以及想法是偽善這些事情全盤接受。堅定伸張理想的意志,編織出將心靈化為具體的話語。那是完全沒有悔恨,充滿了覺悟的詠唱。以聖杯為中心的故事,勝負即將在此分曉。

#25 終章 聖杯戰爭落幕了。接著延續出終章。