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在世界頂尖的偵探培訓學校BLUE裡被譽為天才,卻擁有致命的「缺陷」,被剝奪偵探資格的鴨乃橋論,一直過著懷才不遇的生活,直到遇見警視廳搜查一課,暱稱「都都」的刑警一色都都丸後,命運才出現大轉變。論負責解謎,都都負責查案,接二連三解決許多疑案的兩人,漸漸成為一對好搭檔。密切關注論動向的BLUE內部,也有論的知音,其中一人是校長艾默里奇,艾默里奇告訴論,當初害論被放逐的「血的實習案」可能是某人設下的陷阱,而幕後黑手是與許多懸案有關聯的「史上最凶惡犯罪家族」M家。現任的主人名叫麥伊洛.莫里亞蒂。他為了帶給論更深的絕望,派妹妹溫特去日本。論和麥伊洛,兩人之間究竟有什麼恩怨?

「血的實習案」的幕後黑手,M家的現任主人麥伊洛.莫里亞蒂為了帶給論更深的絕望,對派去日本的溫特下達指令,隨後澀谷發生殺人案,趕到現場的論和都都看到的是被獨角獸的雕像刺穿的男性屍體。

全向十字路口發生第二起殺人案,根據疑似是被害者同夥的男子高梨所述,他們全都是駭客,按照一個自稱是瑪莉伊藤的人交代的犯罪計劃行動,瑪莉伊藤要高梨交出他們從虛擬貨幣竊盜案搶來的錢,論和都都決定在交易地點逮住凶手。

暗號預告的12點,全向十字路口的街頭螢幕爆炸了,溫特說自己把雨宮和駭客當成人質,並在他們身上綁了炸彈,企圖利用無法拯救兩人的罪惡感折磨論,但是論發現這是一個圈套,確信雨宮和駭客沒事後,他設法解開最後的暗號。

論的主治醫生卯咲萌芙搬到論住的公寓空房,萌芙研發出的新藥能抑制論的疾病,但是論依賴安全性存疑的藥物這件事讓都都很擔心。都都建議論暫時休養,邀請萌芙一起去海水浴場,論本來想在海灘小屋享用黑糖蜜刨冰,結果……。

論他們去找海灘小屋的店長詢問關於死掉的衝浪手的事情,懷疑他是凶手的論直接追問,但是店長在死亡推測時間有完美的不在場證明,也找不到能證明他殺人的證據,多虧萌芙發揮她的笨拙精神,才讓論找到意想不到的線索。

才華綁架犯蜂鳥接二連三綁架不同領域的天才,引起軒然大波,論陪都都一起去聽超人氣歌手妞妞的演唱會,結果演唱會結束後,妞妞的後台休息室收到蜂鳥寄來,預告要綁架妞妞的問候信……。

妞妞從別墅的作曲室裡消失了,沒發現外部的入侵者,找遍整棟別墅都找不到她,山王說出自己的推理,斷定蜂鳥的真面目就是妞妞的經紀人三橋,但是論看出他的推理有漏洞。

論因為沒有案子覺得很無聊,讓都都目瞪口呆,兩人與案件記者.門季千瑚璃同行,一起去採訪研究「認知心理學」的大學研究室,在那裡認識被稱為「年輕王牌」的青江助教和4名學生,除了崇拜青江的姬野之外,其他3名學生的氣氛好像有些險惡。

論和都都在青江和學生們面前推理,解開這次的案子,研究室收到寄給被害者姬野的恐嚇信,但由姬野使用爆炸的實驗室是在今天凌晨才決定的事,都都從這裡提出疑點,鎖定凶手,看著凶手說出自私的犯罪理由,論說了冷酷的話……。

位於綠意盎然的高原上的餐廳「Reunion」,聚集各式各樣受邀而來的客人,廚師酒井在晚餐時,端出套餐料理讓客人品嘗,但除了論、都都和高中生米亞,其他人看到菜色後都一臉驚恐,隔天早上,園藝師加德納被人發現死在自己的房間……。

Auberge發生第二起殺人案,屍體被發現泡在染成紅色的浴池裡,第二個命案現場被布置成晚餐料理的模樣,論推測這是解開謎題的線索,結果發現因為前一晚的料理感到驚慌的賓客,都和17年前發生的研究員謀殺案有關……。

知道父親艾略特是M家的成員,自己身上流著罪犯的血後,讓論大受打擊,即使發生第3起殺人案也毫無反應,都都帶著無精打采的論四處進行調查,後來重新打起精神的論告訴都都,解決完這次的案子後,自己就要放棄當偵探。

一連串的案子背後有M家在操控,凶手打算殺掉與17年前的案子有關的所有人員,論的腦袋裡閃現過去的回憶,讓他想起至今為止一直被自己遺忘的父親的記憶,這件事帶給他的並不是絕望,而是繼續阻礙M家的堅定決心。