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第1話【宛如烈焰】 回到江戶的土方，為了尋求與薩長再戰的機會，以羅剎之身不分晝夜的持續工作。 此時山南開始出現了怪異的舉止，沖田則因無法痊癒的槍傷持續靜養中。在此同時，新選組接到了出兵甲府城迎擊敵軍的命令。
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第2話【挫折的長廊】 新選組以甲陽鎮撫隊的身分進軍甲州，但卻在行軍中途接到新政府軍已經入駐甲府城的消息，得知此消息後，新加入的隊士中將近半數連夜脫逃。原田與永倉主張撤退，近藤卻與之持相反意見。在土方前去尋求援軍的同時，戰事於焉展開。
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第3話【遠方的面貌】 在甲州一戰敗走的新選組，受到了能在陽光下行動，隸屬於新政府軍的羅剎大軍攻擊。另一方面，千鶴遵守與土方的約定，帶著近藤逃離戰場，但卻在中途出現了阻擋他們的人…
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第4話【誠心永存】 首次體驗到戰敗滋味的近藤感到消沉之時，土方則是思考著如何獲得再戰的機會，並提出前往會津的計畫。然而齋藤一率領新進隊士在市川進行新式裝備演習時，新政府軍也悄悄包圍了近藤藏匿的地點…
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第5話【轉瞬之夢】 江戶城決定「無血開城」後，土方等人也加入了以傳習隊為中心的舊幕府軍行列。此時，陸軍奉行大鳥圭介指名要土方擔任先鋒部隊的參謀，前往攻下向新政府軍俯首稱臣的宇都宮城。
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第6話【閃耀的曙光】 在宇都宮一戰負傷的土方，為了與新選組本隊會合，和千鶴一同前往會津。另一方面，對於不知火所言之事十分在意的原田也回到了江戶，並得知了彰義隊受到新政府軍攻擊的消息。
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第7話【天道之刃】 代替負傷的土方指揮作戰的齋藤，接受會津藩主的命令與會津藩士們一起作戰。但他們卻對齋藤的裝扮頗有微詞，並反抗他的領導。在眾人於白河口布陣之時，新政府軍向他們展開了攻擊。
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第8話【散落的櫻花】 剛抵達仙台不久的土方，適逢舊幕府海軍榎本武揚來訪，聽聞了仙台襲擊殺人事件橫行一事。為此，土方開始懷疑這起事件是否與一直無法取得聯繫的山南等人有所關連，正當他出門偵查情報之時，藤堂出現在千鶴的面前…
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第9話【綻放的雪割草】 土方將千鶴留在仙台，與榎本等人一同渡海前往蝦夷之地。在攻下松前城之後，他們以五稜郭作為據點，在蝦夷與德川家的遺臣共同建立了新的國家，土方也在政府主要幹部的選舉中，獲得了相當於陸軍奉行的重要職位。
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第10話【夢幻薄櫻】 新政府軍登陸蝦夷之地後，在山中二股口布陣的土方大獲全勝，但由大鳥負責防守的松前口卻因同時受到水陸兩方的攻擊而節節敗退。明治二年五月十一日，在新政府軍對箱館進行總攻擊的這一天，土方與千鶴該如何面對戰局的變化？