第1集【綠色大拇指】 莎蓮娜博士的植物生長肥料，讓OT2發生故障，但小金剛、小鈴和原子貓現在卻必須去拯救奧利的庭院。他們發現瓢蟲為蚜蟲的天敵，幫助奧利的庭院恢復了過去的樣貌。

第2集【孵化之夜】 原子實驗室來了一個不尋常的任務，一位奶奶不知道為什麼在阻止工人蓋度假村，小金剛、原子貓和小鈴到了海灘，才發現原來奶奶想保護的是正在孵化的烏龜寶寶！

第3集【安靜的聲音】 小鎮裡的老舊歌劇院竟然傳出鬧鬼，工人都不敢在裡面繼續維修工程。原子小隊三人來到現場，雖然很害怕卻還是努力調查，這才發現原來是一隻愛模仿聲音的琴鳥，在歌劇院裡到處發出像幽靈的聲音，解決「鬧鬼」問題之後，琴鳥也順利找到女朋友，任務再次完美成功。

第4集【熱呼呼的原子貓】 小鎮旁的火山竟然爆發了，為了阻止岩漿流進小鎮裡，小金剛、原子貓和小鈴用了很多方法，最後找到辦法，在火山上插上管子排出氣體，成功讓火山冷靜下來，拯救了小鎮。

第5集【一定會發生的衝突】 一顆超級無敵大的小行星正在往地球前進，不到三小時就要撞上，而且這顆比以前滅絕恐龍的小行星還要大上十倍！原子小隊各種嘗試之後，最後把小行星打碎，並把碎片用大湯匙打回原位，順利救回地球上的所有生物。

第6集【鯨魚落難記】 一隻小鯨魚擱淺在海灘上，在小金剛、原子貓和小鈴的幫忙下，小鯨魚回到海中，但卻馬上再度擱淺，原來小鯨魚被人類用的信標信號干擾，使得牠的回聲定位派不上用場，在博士的幫忙下，三人順利調整信標信號，讓小鯨魚回到媽媽的身邊。

第7集【全球大停電】 全世界的手機突然失去訊號，連OT2都出現異狀，原子小隊來到破壞手機訊號的地方，是間舊到不行的博物館，在裡面遇到討厭數位世界的凡丹戈博士，原來他是因為不會使用手機，所以才討厭新的科技，在小鈴的幫忙之下，凡丹戈博士終於聽到電話留言，世界也恢復了平靜。

第8集【有風好辦事】 小鎮飄來奇怪的廢氣，弄得居民都不能呼吸了！小金剛、原子貓和小鈴一查才發現，原來是附近工廠排放的廢氣，順著風飛到小鎮。三人合力做出一個超巨大風車，再加上博士的空氣清淨機，順利趕走廢氣，小鎮的人們也能再次享受乾淨的空氣。

第9集【偵探原子小隊出動】 一早醒來發現御茶水博士竟然變成機器人了！小金剛、原子貓和小鈴靠著從偵探連續劇學到的技能，加上莎蓮娜博士的DNA融合器，一步一步找到博士的下落，原來一切都只是個測試啊！

第10集【超微米世界】 小金剛和原子貓穿上迷你實驗衣，準備要幫博士做微技術實驗，沒想到感冒的布蘭德博士竟然把縮小的小金剛和原子貓給喝進肚子裡了，兩人在布蘭德博士的身體裡面遇到胃酸、紅血球、白血球和鼻病毒，最後終於在布蘭德博士的一聲噴嚏中成功獲救恢復原樣。

第11集【拯救南極計畫】 小鈴和小金剛在玩電動遊戲的時候，剛好有任務來了，南極的企鵝因為冰川有一部分掉下去，所以回不了家，因此趕緊幫企鵝做了回家用的斜坡，雖然小鈴發現冰川有許多小裂痕，但還是先趕回來玩遊戲，沒想到南極那卻再次傳出警報，三人這次認真地把任務完成之後，也學到誰都有可能犯錯，重點發現之後要馬上反省，解決問題。

第12集【貓咪同伴】 非洲草原的獅子不知道為什麼突然攻擊人類，原子小隊發現，原來獅子是因為口渴所以才變得暴躁，但原本喝水的河卻乾得見底，而另一條河卻有雜質，經過三人調查，原來上游有石頭擋著河流，所以才會流往另一條有重金屬雜質的水道，把石頭移走之後，獅子又恢復了正常，和人類和平相處。

第13集【與沙塵暴的對決】 小鎮發生了嚴重的沙塵暴，生活起來很辛苦，原本的農場也種不了任何東西了。原子小隊來到小鎮之後，發現土變得硬梆梆，原來有人砍了棕櫚樹，要種牧草給山羊吃，但棕櫚樹可以保護土壤不會因為風吹日曬而乾掉，小金剛和原子貓先用噴水道具把沙塵暴擋住，接著再用莎蓮娜博士新發明的吸水網花盆，解決了小鎮的沙塵暴危機。"

第14集【發現超級大魚】 布蘭德博士去了馬里亞納海溝做研究，那附近卻發生了漁船沈沒的意外，原子小隊為了保護布蘭德博士，到了海溝查明意外發生的原因。三人沉到海溝最底，被深海鮟鱇和超大花枝攻擊，就在小鈴的潛水衣快要破掉之際，出現了一隻超級大魚保護小鈴。三人回到水面之後才發現，原來攻擊船隻的就是布蘭德博士，因為他不擅長操作機器，才會把兩艘漁船和自己的船都撞沉，三人又解開了謎題，完成任務。"

第15集【水壩破壞者】 河川上的大灰熊和海狸發生了嚴重的爭執，大灰熊一直再破壞海狸蓋的水壩，原子小隊用動物翻譯機，才知道原來是因為大灰熊認為海狸的水壩擋住鮭魚，才害牠們沒有鮭魚可以吃。原來河川上游蓋了一個水壩為附近小鎮發電，透過水壩負責人的幫忙，成功蓋了一條鮭魚專用的水道，讓大灰熊和牠的寶寶可以在冬眠之前好好的吃一頓。

第16集【綠色湖泊大作戰】 住在湖泊邊的東方白鸛找不到飼料餵鳥寶寶們吃，原來是因為湖泊裡有大量的浮萍，下面照不到陽光、吸不到空氣，所以生物越來越少了。原子小隊三人來到湖泊，才發現有位喜歡鴨子的盧先生不分日夜餵鴨子吃麵包，而浮萍大量繁殖的養分，就是來自鴨子吃不完的麵包！最後三人請盧先生做出浮萍麵包，不但讓湖面恢復乾淨，也能讓生物們有適合的食物可以吃！

第17集【衝出黑暗】 一名地質學家被困在伸手不見五指的洞穴裡面，原子小隊再度出任務，但在救回地質學家之後，才發現地底的酸性水一直侵蝕地基，小鎮裡的大樓就快要崩塌了。讓大樓裡的人都逃出之後，被困在大樓殘骸的原子貓，靠自己的力量找到小金剛和小鈴，成功成為獨當一面的機器貓。

第18集【小心氣體】 兩位科學家在西伯利亞研究氣溫升高對永凍土的影響，沒想到地面突然爆炸，其中一位科學家被困在地下洞穴裡了！原子小隊到達現場，因為永凍土散發出甲烷，所以不能用任何火力發動的道具，小鈴一邊澆水原子貓一邊鑽洞，救回了科學家，雖然回程原子貓惡作劇造成又一次的爆炸，但任務還是成功完成了！

第19集【猩猩大逃脫】 動物園裡的山地大猩猩竟然爬過柵欄逃走，還綁架了一個小女孩，原子小隊試了又試，但大猩猩怎麼樣都不肯還回小女孩，此時小鈴想起實驗室裡布蘭德博士的變色龍，到了大猩猩平常住的地方，才發現牠的小孩躲在排水管裡，原來大猩猩只是把小女孩誤認為牠的小孩了！三人把猩猩寶寶還給大猩猩，小孩還給人類媽媽，順利的完成任務。

第20集【全部都吃掉】 原子小隊這次不出任務，而是要求御茶水博士帶著他們去垃圾樂園。最喜歡特拉克垃圾機器人的原子貓，準備了很多垃圾要給特拉克，也帶了御茶水博士為OT2所準備的大腦晶片。沒想到晶片沒有被消滅，而是讓特拉克進化了，企圖要吃掉樂園裡的每一樣東西。御茶水博士趕緊修改晶片，最後不僅讓特拉克恢復正常，還增加了回收功能！順利地完成了突如其來的任務。

第21集【對抗龍捲風】 小鎮上竟然出現了好幾個龍捲風，原子小隊把差點被捲走的鹿群趕到洞穴裡，結果原子貓跟小金剛卻因為要救落單小鹿，被捲進龍捲風裡面。好在他們想起御茶水博士說的，暖空氣越多，龍捲風越大，小金剛的新道具冰凍大砲派上用場，在龍捲風到達小鎮之前就把它消滅，順利完成任務！

第22集【難以置信的任務】 平常健健康康的葫蘆菇，今天卻每一隻都生病了，還發出好幾次錯誤的警報，博士們都很懊惱，因為不知道葫蘆菇到底是什麼。突然任務門開啟，葫蘆菇把原子貓給帶走了。小金剛和小鈴在OT2的幫忙下來到葫蘆菇的世界，原來是一顆紫色的時間球阻礙葫蘆菇進行時間監測，三人合力把球移開，葫蘆菇世界恢復正常，也順利回到實驗室，完成這次的任務。

第23集【大象為什麼過馬路】 南亞的大象和車子打結了！原來是人類在大象遷徙的路線上，建了一條新的道路，但按照本能移動的大象，就算看到車子也不會閃避，原子小隊幫大象建了一條隧道，讓大象和人類都能在自己的路線上移動。還以為任務就此成功，結果大象卻在大吃農場裡的芒果，因為牠們照著本能，看到食物就吃，最後用上莎蓮娜博士的超辣辣椒，改變大象的行為模式，終於為這次任務劃下句點。

第24集【大象和甲蟲】 小島上發生了很大的地震，緊接著就要發生海嘯了，島上有很多珍貴的動物，但卻只有一個保護員，原子小隊趕緊到島上幫忙保護員把動物移動到安全的地方。保護員的船不夠大，只好分兩批移動，結果在等待的時候，海嘯發生了，三人都落水，還好一個一個救回，把動物帶回安全的地方，完成了這一次的任務。

第25集【感覺和味覺】 購物中心裡突然出現很多老鼠，還在店裡到處搗蛋，原子小隊到了現場也百思不解，原子貓甚至跟老鼠們來了一場大戰。小鈴研究了一番，因為鼻塞的老鼠沒事，所以是因為購物中心裡所散發的味道是老鼠害怕的，才讓牠們像發了瘋一樣到處搗蛋。最後他們做出老鼠喜歡的垃圾臭味，一路引到外面的垃圾場，購物中心恢復平靜，順利完成任務。

第26集【逃出昆蟲島】 原子小隊回實驗室的路上，竟然因為原子貓跟小鈴的吵架而觸發了警報，兩人個性差太多，總是互看不順眼。之後真正的任務來了，是布蘭德博士妹妹發出的求救訊號。艾咪在小島上蓋了一個巨蛋，培養史前超大昆蟲，昆蟲卻逃出巨蛋，而小金剛在這途中竟然被螳螂吃掉，不過在原子貓跟小鈴的合作之下，救回了小金剛，也順利將昆蟲趕回巨蛋，完成了這次的任務。

第27集【超級致命】 非洲村莊裡一隻白犀牛突然暴走，到處衝撞房子跟農田，原子小隊到了現場試了各種方法也沒辦法阻止牠，他們發現白犀牛應該是因為鼻子被碎木屑插到很痛，才會這樣，但想用布蘭德博士研發的鎮靜劑讓牠睡著，卻射歪了，最後是白犀牛的好朋友歐摩爾安慰牠，才順利阻止牠，拔掉鼻子上的碎木屑，恢復了平靜。雖然小金剛跟原子貓都受傷，但還好任務還是順利完成了！"

第28集【彩虹終點】 隧道施工出現坍塌，工人被困在裡面了！原子小隊在小鈴的引導下，順利救回所有的工人，但小金剛卻被困在裡面，只剩雷射手指可以用，還好小鈴及時和御茶水博士借到三稜鏡，搭配集中光線的凸透鏡，順利把壓住小金剛的石頭打碎，完成了這一次的任務。

第29集【熊熊烈火】 御茶水博士在幫小金剛進行系統更新，原本也要為原子貓做更新，過程中任務突然發生，原子貓不顧博士提醒，擅自結束更新。這次的任務是在非洲南部的森林大火，原子貓在途中一直想要逞英雄，卻也一直發生故障。最後三人分頭進行，故障的原子貓不顧自己的安危，保護藍燕子寶寶到最後一刻，小金剛和小鈴也利用雲朵下雨的原理，成功將火勢撲滅。回到原子實驗室，御茶水博士把原子貓修好，也讓他知道他是救了藍燕子的英雄！

第30集【地板軟趴趴】 森林發生地震，原子小隊得在下一次地震之前，把動物帶去安全的地方，他們順利把美國大山貓帶出森林，但因為駝鹿會自己找安全的地方，所以就留在山谷裡了。沒想到地震完，山谷發生液化現象，駝鹿們卡在土壤裡面，好險原子小隊慢慢地將牠們一個一個救出，完成了這次的任務。

第31集【蜜蜂衝鋒隊】 幼稚園裡突然有蜜蜂攻擊小朋友，原子小隊一到才知道是因為其中一個小朋友拿水槍射蜂巢。小金剛跟原子貓轉變成迷你體型，進入蜂巢拜訪女王蜂，牠們是為了保護蜂巢才會攻擊小朋友，知道之後，小金剛提議幫蜜蜂們搬家，最後搬到山上花很多的地方，順利完成了任務。

第32集【大雪崩】 雪山突然雪崩，在一群羱羊之中，竟然看到休假去滑雪的布蘭德博士和莎蓮娜博士！原子小隊一行人趕到現場，順利得救回羊群和博士兩人。只是博士兩人鬥嘴鬥個不停，一聲大吼竟然造成另一次雪崩，小鈴用游泳的方式順利逃出，而小金剛用了聲音加強器找回被雪埋住的兩位博士，順利完成了這次的任務。

第33集【遊戲結束】 原子貓想下載遊戲在OT2上玩，被御茶水博士拒絕之後，原子貓還是不甘心，偷偷在半夜起來下載，殊不知不但沒有成功，還下載了木馬病毒！隔天起來OT2不見了，取而代之的是想毀了全部人類的亞特拉，於是原子小隊潛入電腦，喚醒躲起來的OT2，打敗亞特拉，成功地找回超級電腦的主人！

第34集【兩顆月亮】 地球上的通訊系統出現問題，因為太空中的通訊人造衛星上的天線壞掉了！原子小隊來到太空，發現有好多太空垃圾到處飛，才會把人造衛星的天線撞壞，為了要處理垃圾，小金剛和御茶水博士借來萬有引力球，把垃圾聚集在一起之後，垃圾拼湊成貓咪的形狀，今天不只完成任務，還有兩個月亮可以看！

第35集【連鎖反應】 南亞的一座保育區裡的小貓熊全都生病沒有食慾，原子小隊到了現場，發現山上有很多有毒化學廢棄物，原來就是這些東西污染竹子，讓小貓熊都中毒了。三人不僅要處理有毒廢棄物，還要小心過程中爆炸，炸到小鎮的煙火倉庫，還好在小金剛的新道具，反爆炸泡泡槍和原子貓的合作之下，化解了危機，成功拯救小貓熊，並維護了小鎮的安全。

第36集【危機不分大小】 新聞頭條插播，有一艘滿載的郵輪就要撞上礁石了，同時警報也響起，但卻跟郵輪無關，是某個海灣的魚群都不見了！原子小隊三人覺得很無奈，聽起來魚不見不是什麼大事，但到現場一步一步調查之後，才發現原來是因為海裡的珊瑚生病了，而主因就是椰子樹的化學肥料，找出原因之後，海灣又恢復平靜，三人也學會危機沒有大小之分，最重要的是找出原因、解決問題！

第37集【超級孢子】 布蘭德博士和莎蓮娜博士要一起前往植物研究中心，進行史前真菌孢子的實驗研究，就在原子實驗室人人享受寧靜的時候，植物研究中心傳來警報。原子小隊到達研究中心，發現只剩莎蓮娜博士，原來布蘭德博士被史前真菌感染，變成一顆超大真菌在研究中心裡亂晃，還好三人找到方法，將真菌冷凍起來，再配上莎蓮娜博士研發的反孢子血清，順利解決這次的危機。

第38集【黑暗之中】 小鎮突然跳電，但電力公司已經在修復發電機，原子小隊要做的是去費雪博士的實驗室裡，中止他危險的反物質實驗！雖然費雪博士是為了解決地球的能源問題，但反物質實驗非常危險，眼看冷卻系統就要因為供電不足暫停運作，反物質就要爆炸了！還好在原子小隊的同心協力之下，在爆炸前一秒把反物質送到太空裡，完成了這一次的任務。

第39集【我們是機器人】 大街上突然出現好多機器人，他們是從機器博物館逃出來的，原子小隊和御茶水博士一起到了現場，想要調整頻率的時候發現機器人自己控制了自己，原來他們不想被毀掉，希望可以表演給人類看，於是博物館主人把博物館改成遊樂場之後，幫機器人安排娛樂表演的工作，順利地化解這次的危機。

第40集【危險之島】 一艘貨船卡在一座小島上，但這座小島很不一樣，是海洋廢棄的塑膠組成的！原子小隊把船移開之後，為了避免烏龜誤吃塑膠袋，於是決定把這座塑膠小島融化，沒想到這時候小鈴發現一直收到的求救信號，是困在塑膠裡的海豚發出來的，還好及時發現，把海豚救出來，這次三人不僅救了貨船、避免烏龜誤食、救出海豚，還順利把塑膠小島消滅！

第41集【危險在前】 小金剛的紅外線鏡片不知道為什麼故障了，在出任務之前御茶水博士為他準備了一副安全眼鏡，這次的任務是要救出埋在冰川裡的化石，不趕快救出來，化石就要被水埋起來。三人沿路上都不敢製造震動，最終找到化石，小金剛用雷射手指把化石切下來，卻在快完成之際安全眼鏡掉了，冰層破了一個大洞，還好水把他們一路衝出來，沒有人被壓扁，最後紅外線鏡片也在原子貓敲一下之後修好，順利完成任務。

第42集【傳送失敗】 大家幫今天生日的小鈴辦了驚喜派對，原子貓和小金剛送了天燈給小鈴，這時警報響起，三人出發到任務地點，結果進入任務門之後，原子實驗室突然停電，導致傳送中的小金剛和原子貓回到實驗室，小鈴被傳送到未知的地點。好在有葫蘆菇有心電感應，加上小鈴用聰明才智，不但輕鬆為自己搭了一架熱氣球，還順利救回沒電的小金剛和原子貓兩人，順利回到實驗室裡！

第43集【求救警報】 颱風造成某個機場附近下起了超大冰雹，兩架飛機一直盤旋在跑道上方沒辦法降落。原子小隊利用各種道具替代跑道燈和降落指示燈，讓第一架飛機順利降落，但第二架卻因為天氣變得更差，甚至連引擎都壞掉了！這時小金剛想起，在原子實驗室裡辦的雞蛋降落比賽，御茶水博士用降落傘所以得到冠軍，於是在飛機尾翼也裝上降落傘，順利讓飛機平安回到地面！

第44集【閃電大進擊】 雷雨襲擊某座山區，當地農夫急需有人幫忙，一起把他的駱馬移到安全的地方。原子小隊三人到了現場，駱馬竟然非常喜歡原子貓，就在原子貓的引誘之下，駱馬移動到了安全的地方，順利化解這次危機！

第45集【藍騎士特快車】 御茶水博士跟莎蓮娜博士因為去坐藍騎士特快車首班車，剩下原子小隊和布蘭德博士在實驗室，布蘭德在為他們上無聊的科學課程，突然警報響起，竟然是因為藍騎士的車速過快。原子小隊到達現場，原來藍騎士是由費雪博士發明的，他為了趕完工，還沒準備好就上場。小金剛和原子貓最後靠著布蘭德博士教的重力及速度，拿掉車廂減輕速度，在自己製造摩擦，成功把火車停下，解決危機！

第46集【原子貓國王】 山裡的白蟻不知道為什麼突然開始吃玉米，原子小隊來到現場開始調查，原子貓卻因為小鈴和小金剛對他的捉弄而鬧脾氣，擅自變成迷你機器體型，進入白蟻蟻窩裡，蟻后把原子貓稱王，變成原子貓國王。不想回去原子小隊的原子貓，還是在小鈴出意外的時候出手救助，兩人和原子貓道歉，並且在原子貓的溝通下，白蟻和農場達成協議，完成了這次的任務！

第47集【獲勝的是... 】 原子小隊接到警報後來到現場，沒想到有一隻自稱為宇宙小隊的救援隊到現場了，原來是凡丹戈博士組成的小隊，而且為什麼他們可以比原子小隊快抵達，是因為這一切都是他們搞的鬼！在幾次的嘗試失敗之後，原子小隊終於把失控的潛水艇救出來，也讓凡丹戈再次學到一次教訓，炫耀是會有報應的！

第48集【卡在泥土裡】 東南亞下了一場超大雨，造成火山泥流，泥石流沖刷下來，眼看就要把王先生的房子給沖走了，原子小隊三人來到現場，即時把王先生帶走，但問題是泥石流越來越大，原來是火山口湖已經到達滿水位，就快要崩塌了，三人運用御茶水博士教的虹吸作用，透過現場的管子和輪胎，把火山口湖的水清出來，順利阻止泥石流，保住小鎮！

第49集【猴子溫泉池】 一群住在雪山裡的猴子凍僵了，原來是牠們取暖的熱水池突然結凍，原子小隊到達現場，小金剛先用紅外線眼睛把熱水暫時加熱，三人在一路找尋水池結凍的原因，原來前幾天的地震擋住間歇溫泉的噴發孔，移開石頭之後又發現另一個問題，水的溫度竟然升高了，牠們再次找出方法，在附近的河川挖出一條流進熱水池的水道，調節水池的溫度，讓猴子可以順利度過冬天！

第50集【烏鴉與人類大戰】 一群烏鴉不知道為什麼開始攻擊遊樂場的一位小男孩，原子小隊三人到達現場之後，才發現原來小男孩曾經攻擊其中一隻烏鴉，烏鴉受傷不能飛，所以牠們才會這麼生氣，而小男孩是因為他認為貓咪被烏鴉感染生病，所以才攻擊烏鴉，最後原子小隊靠著布蘭德博士的幫忙，治好兩隻小動物，也讓男孩跟烏鴉和解，順利解決這次的危機！

第51集【太陽來了】 一艘太空船在返回地球的時候，被太陽所發出的電漿攻擊了，原子小隊趕快趕到現場，但第二次的電漿攻擊就快來了，這時原子貓心愛的老鼠玩具飛出外太空，沒辦法找回來，而為了加速太空船前進地球磁層的速度，小鈴犧牲了機車，但速度卻還是不夠快，小金剛想到他最新的磁鐵大砲，雖然毀了他的手臂，但順利將太空人送回地球，解決了這次的危機。

第52集【狼人來了】 一座採石場因為傳出狼嚎聲而讓工人恐慌，隔天就傳出有工人失蹤，原子小隊因為小鈴生病，所以由小金剛和原子貓上場，殊不知才進去採石場沒幾步路，兩人就被吸走了。生病的小鈴只好透過迷你機器人來到採石場，和找狗狗的亞萊會合，他們發現採石場的磁場很奇怪，一度還造成小鈴斷線。兩人最後找到原子貓、小金剛跟工人，原來是因為有顆巨大的磁石被挖出來，機器才會被吸走，三人順利解決問題，破解當地的狼人迷思！