第1集【皮卡丘誕生！】 在關都地區的某座森林裡，住著一隻孤伶伶的皮丘，年幼的皮丘將在森林裡經歷邂逅與離別。這是小智和他的搭檔皮卡丘相遇前的故事，也是所有故事的起點。

第2集【小智與小豪、乘著洛奇亞出發！】 小智和皮卡丘跟大木博士一起到枯葉市參加新寶可夢研究所的落成典禮。在那裡，他們得知傳說的寶可夢將會出沒在枯葉港的消息。為了跟牠對戰，小智和皮卡丘趕緊前往港口。同一時刻，出身於枯葉市的少年．小豪，也為了見傳說的寶可夢而來到了枯葉港…。

第3集【妙蛙草還真奇妙？】 小智和小豪成了關都地區枯葉市的櫻木研究所的特別研究員，他們第一份工作是調查妙蛙草大量出現在街上進行大遊行的原因。小智和小豪一來到街上，就發現妙蛙草們紛紛朝某個地方前進。他們將解開妙蛙種子、妙蛙草還有妙蛙花身上的謎團！

第4集【前往伽勒爾地區！與炎兔兒相遇！！】 小智和小豪聽說伽勒爾地區有寶可夢巨大化的現象。為了調查這個不可思議的現象，他們立刻朝著伽勒爾地區出發。兩人來到伽勒爾地區的宮門市，沉浸在美麗的街景中，還享用了當地的特產司康餅。就在這時，他們遇見了在街上惡作劇的寶可夢…。

第5集【卡比獸巨大化！？極巨化的謎團！！】 為了調查寶可夢巨大化的現象，小智和小豪來到了伽勒爾地區。他們在曠野地帶遇見了一隻特別大的卡比獸。另一方面，兩人昨天在宮門市遇見的炎兔兒也悄悄追著小豪來到了曠野地帶…。

第6集【收服大量寶可夢！追尋夢幻之路！！】 小豪收服了第一隻寶可夢．炎兔兒後，對收服寶可夢有了興趣。為了收服更多寶可夢，他跟小智一同前往枯葉市的森林。雖然一開始收服得不太順利，但收服綠毛蟲後，小豪就慢慢將枯葉森林的蟲屬性寶可夢都收服了。他有辦法收服關都地區所有蟲屬性寶可夢嗎？

第7集【豐緣地區的激戰！挑戰對戰開拓區！！】 小智和小豪參加了豐緣地區舉辦的對戰大賽「對戰開拓區．玻璃哨杯」。第一次挑戰寶可夢對戰的小豪，他的對手是出身於釜炎鎮的芳士。面對派出大狼犬的芳士，小豪派出了屬性上有利的飛天螳螂應戰！另一方面，不斷連戰連勝的小智，在緊要關頭派出的竟然是「那隻寶可夢」…！？

第8集【別認輸啊波加曼！神奧地區的流冰競泳！！】 小智和小豪在枯葉港遇見了一隻憔悴的波加曼。將牠帶回研究所後，發現牠的訓練家．美咲正在尋找牠的下落。令人驚訝的是，波加曼居然是從神奧地區游過來的！為了將波加曼送還給美咲，小智和小豪就這麼前往神奧地區…。

第9集【那一天的誓言！城都地區的鳳王傳說！！】 城都地區的圓朱市不斷有傳說的寶可夢．鳳王的目擊情報。小智和小豪前往圓朱市一探究竟，馬上就看到了疑似鳳王的身影！可是，那是一位名叫栗生的少年讓寶可夢假扮的冒牌貨。栗生說他無論如何都想讓祖父慈英見到鳳王。鳳王究竟會不會現身呢…！？

第10集【快龍的樂園、哈克龍的考驗！】 小智和小豪從櫻木博士那邊聽說了有一座「只有快龍棲息的島嶼」。因此他們決定出發去尋找那座島。在路上，他們兩個騎乘小豪收服的白海獅來到了海上，卻突然遇上暴風雨被捲進了海裡。就在這時，出現了好幾道身影出手救了兩人。當小智和小豪醒來後，卻發現眼前出現了一群快龍…！

第11集【小春與來電汪、還有神出鬼沒的耿鬼】 小春的父親雖然是寶可夢博士，但她卻對寶可夢沒特別有興趣。雖然家裡的來電汪很黏她，但同學們擅自認為「既然妳是寶可夢博士的女兒，一定很喜歡寶可夢吧」，這讓她有點苦惱。就在這時，讓眾人傷透腦筋的神祕耿鬼突然出現在櫻木研究所裡…。

第12集【極巨化對戰！最強王者丹帝！！】 櫻木博士拿了寶可夢世界錦標賽的門票送給小智和小豪。為了觀賞寶可夢世界錦標賽的決賽，小智和小豪前往伽勒爾地區的競技場。備受矚目的決賽是關都地區的四天王杯冠軍．阿渡VS伽勒爾的不敗冠軍．超級明星丹帝。從未輸過的丹帝，他的實力究竟有多強呢…？

第13集【小智VS丹帝！邁向最強之道！！】 為了觀看寶可夢世界錦標賽，小智和小豪來到了伽勒爾地區。就在觀眾還沉浸在阿渡和丹帝精彩對戰的餘韻中時，暴噬龜突然極巨化了！小智和小豪挺身對抗巨大的暴噬龜。就在這時，小智的皮卡丘突然被一陣紅光包圍…！？

第14集【首次來到合眾地區！遺跡裡的團體戰！！】 合眾地區的沙漠地帶度假地發現了一座名為「巨神遺跡」的新遺跡。為了解開巨神遺跡的謎團，小智和小豪一起前往合眾地區調查。他們穿越沙漠後，好不容易抵達了遺跡。但遺跡裡卻處處都是陷阱！這是古代人想警告他們別靠近巨神而設下的陷阱嗎？兩人是否能順利解開遺跡的謎團呢？

第15集【下雪的日子、卡拉卡拉的骨頭在哪裡？】 由於櫻木研究所的系統故障，小豪久違地回到了雙親和外婆住的老家。本來很高興能見到家人，但小豪的雙親卻因為工作繁忙而無法早點回家。因為雙親總是很忙，所以小豪已經習慣了沒有雙親陪伴的生活…。就在這時，小豪在住家附近的公園看到一隻被猴怪群襲擊的卡拉卡拉。雖然他和炎兔兒一起出手幫忙，但卡拉卡拉拿在手上的重要骨頭還是被搶走了。因此小豪決定跟自己的寶可夢一起幫卡拉卡拉找回骨頭！

第16集【被詛咒的小智…！】 最近櫻木研究所常會發生東西莫名其妙損壞、房間突然變得亂糟糟等奇怪的現象。而造成這一切的罪魁禍首就是…以前曾出現在研究所內的耿鬼。小智和小豪興奮地想著這次一定要收服耿鬼，就在這時，小智的情況卻突然變得不太對勁，一下拿錯杯子喝成花瓶的水，還差點從樓梯上掉下來，難道這是耿鬼的詛咒嗎…！？

第17集【炎兔兒、火焰飛踢！朝著明日邁進！！】 小智和小豪在櫻木公園進行對戰練習時，達摩狒狒突然出現還挑釁炎兔兒，叫炎兔兒使出火屬性招式給牠看。雖然炎兔兒試著使出火花，卻屢屢失敗，因此達摩狒狒不斷嘲笑牠。不甘心的炎兔兒為了使出火花而拼命練習。另一方面，小豪則是想摸索不使用火花的戰鬥方式，兩人在不瞭解彼此心情的狀態下，就這樣吵了一架…。

第18集【小智參賽！寶可夢世界錦標賽！】 為了跟丹帝對戰，小智決定參加『寶可夢世界錦標賽』。值得紀念的第一場比賽對手是枯葉道館的代理道館館主－擅長使用電屬性寶可夢的碧絲葵絲。比賽規則是2對2的寶可夢對戰，首先是碧絲葵絲的雷丘對上小智的皮卡丘，最後贏的會是哪一邊呢？

第19集【我是百變怪！】 為了讓武藏推銷自己，火箭隊來到了電影的攝影棚外。在棚內，有一隻沒辦法好好變身，被導演罵了一頓的百變怪。沮喪的百變怪從攝影棚跑出來時，湊巧躲進了武藏的包包裡，就這樣被帶回火箭隊的基地了。看到百變怪陷入低潮，武藏決定好好鍛練牠。另一方面，小智和小豪則是到處尋找下落不明的百變怪。

第20集【小智與小豪！朝著目標GO！】 小智和小豪在櫻木研究所舉辦的寶可夢定向運動中，擔任領隊帶領小朋友去尋找寶可夢。兩人和小朋友一起享受寶可夢對戰和收服寶可夢的樂趣後，又重新感受到自己對夢想的熱情。就在這時，洛奇亞突然出現…！？

第21集【傳達吧波導！小智與不可思議的蛋！】 寶可夢的蛋充滿了謎團。小智和小豪為了親眼看看寶可夢的蛋而出門尋找，但想找到蛋卻沒有那麼簡單。就在這時，他們偶然來到寶可夢中心，發現了一顆很久沒有孵化的蛋。喬伊小姐決定將蛋交給小智照顧，他們能否順利讓蛋孵出來呢？

第22集【再見了，騰蹴小將！】 小智和小豪為了調查一年中只有特定時期才能看到的稀有現象．狩獵鳳蝶的遷徙，來到了豐緣地區的未白鎮。在調查途中，小豪想收服刺尾蟲，所以請騰蹴小將幫忙，可是騰蹴小將卻無視了他。騰蹴小將的冷淡態度讓小豪受到了打擊。當晚，騰蹴小將離開了小智和小豪過夜的寶可夢中心，牠究竟打算去哪裡呢…？

第23集【櫻木公園陷入大騷動！】 櫻木公園最近似乎不太平靜。明明有餵寶可夢食物給寶可夢們吃，但那些食物卻憑空消失，害肚子餓的寶可夢們開始吵了起來！小智和小豪為了揪出犯人，決定在櫻木公園過夜。寶可夢們的爭吵越演越烈，另一方面，公園中的盾甲繭們則是快要進化了…。泥偶巨人為了守護盾甲繭們免於騷動波及，胸前的封印不小心被解開了。失控的泥偶巨人使櫻木公園陷入更混亂的狀態…。

第24集【放假吧！火箭隊！】 坂木老大突然命令火箭隊放假。正當火箭隊在神奧地區的名勝區渡假時，卻偶遇了前來進行調查的小智和小豪！火箭隊本來很開心有機會能抓住皮卡丘，但要是他們工作的話又會違反上面的命令，因此他們決定拋開所有雜念好好享受假期。就在這時，坂木的秘書真鳥率領火箭隊的精銳部隊出現在名勝區，企圖將所有寶可夢都抓走。而火箭隊三人組則是決定隱瞞自己的身分，幫助小智一行人…。

第25集【生命力爆發的對戰慶典！VS超級路卡利歐！！】 小智決定參加卡洛斯地區舉辦的對戰大賽「對戰慶典」。這場大賽聚集了眾多寶可夢世界錦標賽的挑戰者，是提升排名的絕佳機會！在大賽中一路過關斬將的小智，在即將晉級至超級級前，對上了以前曾在卡洛斯地區對戰過的道館館主．可爾妮。面對可爾妮的超級路卡利歐，小智會如何應戰呢！？

第26集【躍起吧！鯉魚王／戴上吧！呆呆王】 小豪報名參加鯉魚王跳高大賽。可是，小豪的鯉魚王太胖了，奪冠機率十分渺茫。因此小豪決定照著大賽冠軍．王者春旺的健身影片跟鯉魚王一起特訓！ 小智和小豪來到了呆呆獸之島。整座島上都是呆呆獸，而且還出現了一隻呆呆王！就在這時，小智的身體產生了奇妙的變化…！

第27集【英雄傳說！丹帝的最強對戰！！】 為了觀賞寶可夢世界錦標賽的官方對戰，小智和小豪來到了伽勒爾地區。這次要觀賞的是同為排名前八名的大師級訓練家之間的對戰，因此小智和小豪非常期待。不敗冠軍．丹帝和丹帝的勁敵－伽勒爾地區龍屬性道館館主奇巴納的激烈對戰，現在正要開始…！！

第28集【淚眼汪汪淚眼蜥】 小智和小豪依然在伽勒爾地區旅行中。在那裡，他們遇見了膽小愛哭的寶可夢．淚眼蜥。淚眼蜥只要一害怕就會大哭，牠的眼淚中含有的成分，使周遭的人們也開始大哭起來。而且淚眼蜥的身體一碰到水就會融入周遭的背景，變成隱身的狀態，想收服淚眼蜥的小豪，決定跟小智一起尋找淚眼蜥的下落…。

第29集【劈哩叭啦的醋勁！來電汪的心情】 櫻木一家一如往常在家中享受早餐時光。就在這時，突然發生了意外事件。來電汪從屋外叼了一隻受傷的豆豆鴿回家。小春和弟弟蒼太在照顧豆豆鴿的過程中，不禁為豆豆鴿的可愛深深著迷。來電汪見狀，似乎感到很不滿的樣子…？

第30集【鬧脾氣的皮卡丘，追上去的魔牆人偶】 在寶可夢世界錦標賽的官方對戰中取勝，利歐路狀況非常好。小智顧著特訓利歐路，讓皮卡丘有點不滿。特訓結束後，小智依舊對皮卡丘不理不睬，皮卡丘因此從櫻木研究所跑了出去。魔牆人偶想將皮卡丘帶回研究所而追了上去，因此皮卡丘和魔牆人偶展開了一場小冒險，而牠們的目的地…居然是真新鎮！？

第31集【醜醜魚的美麗鱗片】 小春的弟弟．蒼太有個煩惱。那就是他朋友．奈海的寶可夢一直被幼稚園的朋友們嫌棄。奈海的寶可夢是有世界最醜寶可夢之稱的醜醜魚。為了讓大家認同醜醜魚的魅力，奈海決定和醜醜魚一起參加豐緣地區凱那市舉辦的水屬性華麗大賽。不過，其實醜醜魚這種寶可夢身上藏了一個天大的秘密…！

第32集【時拉比、穿越時空的約定】 3年前，小豪跟家人一起去城都地區的檜皮鎮旅行。在那裡，他遇見了以追尋幻之寶可夢．時拉比為夢想的少年－時央。成為朋友的兩人決定一起尋找時拉比，但卻不順利。兩人約好隔天再一起去找，但時央卻沒出現在約好的地點…。而現在，小豪又跟家人來到檜皮鎮旅行。他在那裡會遇見什麼呢…？

第33集【要不要交換寶可夢呢？】 小智和小豪參加了枯葉市的寶可夢中心舉辦的寶可夢交換活動。在那裡，他們遇見了自稱神奧蟲寶可夢女王的可洛美。可洛美想跟小豪交換凱羅斯，但小豪捨不得將凱羅斯換出去，因此他和小智決定幫可洛美尋找野生的凱羅斯。可洛美用特製的甜甜蜜想引誘野生的凱羅斯上鉤，沒想到來的卻是「那些傢伙」！？

第34集【孤高的鬥士彩豆！八爪武師的威脅！！】 小智和小豪為了尋找下個對戰對手，來到了金黃市的格鬥道場。小智本來打算挑戰道場的主人，但他已經在跟別的挑戰者對戰了。小智和小豪前去觀戰，卻看到空手道大王慘敗的樣子！比小智早到一步的挑戰者，原來是伽勒爾地區的格鬥屬性道館館主．彩豆，還有她的搭檔寶可夢．八爪武師。小智決定向彩豆發起勝負…！

第35集【我收服皮卡丘了！！】 看到小智和皮卡丘的互動，小豪突然也想收服一隻皮卡丘。這時，櫻木所長告訴他們某處有皮卡丘大量出現，兩人決定馬上前往那裡一探究竟。在那裡，他們遇見了一隻很愛照顧人的母皮卡丘和一大群皮卡丘。原來皮卡丘聚集到這裡是想挖雷之石，並用它的力量進化。這時，小智的皮卡丘也發出了進化的光芒…！？

第36集【小智和小豪、爬出流沙地獄！】 自從跟彩豆對戰後，小智在寶可夢世界錦標賽的官方對戰中就屢戰屢敗。就在這時，豐緣地區的紫菫市突然出現謎樣的巨大沙塵暴。而且沙塵暴中還傳出美妙的歌聲，誘使人們走進裡面。為了確認沙塵暴的成因，小智和小豪便前往豐緣地區調查。巨大沙塵暴的成因究竟跟什麼寶可夢有關呢…？

第37集【我回來了，初次見面阿羅拉！】 小智和小豪為了收服椰蛋樹（阿羅拉的樣子），來到了阿羅拉地區的美樂美樂島！小智和庫庫伊博士夫妻還有以前在寶可夢學校上學時的同學們再會了。眾人在寶可夢學校為小智和小豪舉辦了歡迎派對，就在這時，卡奇為了確認小豪是否有資格當小智的勁敵，向小豪發起了挑戰！而且小豪也接受了他的挑戰。

第38集【奇蹟的復原，化石寶可夢！】 深灰市的科學博物館正在舉辦「大化石寶可夢展」。小智和小豪還有小春也來到當地參觀。在那裡，三人參加了只要挖到狀況良好的化石就能幫你復原的「化石挖掘體驗」。為了收服化石寶可夢，拼命挖化石的小豪最後發現的是封有古代寶可夢基因的「秘密琥珀」。這塊琥珀究竟能復原成什麼樣的寶可夢呢？

第39集【小智VS彩豆！攻破蛸固！！】 小智為了挑戰之前在寶可夢世界錦標賽中打倒自己的彩豆，來到了她的修行地點之一．城都地區的湛藍道館。而彩豆也接受了小智的挑戰。在小豪以及湛藍道館的道館館主．阿四的見證下，兩人的對戰終於開始了！小智和利歐路要怎麼攻破上次令他們苦戰不已的八爪武師的蛸固呢？

第40集【VS閃電鳥！傳說團體戰！！】 在藍天白雲的好天氣下，小智一行人在櫻木研究所享受刨冰的樂趣。這時，突然出現巨大雷雲。櫻木所長告訴他們，研究所偵測到強大的生命能量，傳說的寶可夢．閃電鳥可能已經來到這附近！就在小智和小豪到處調查櫻木研究所附近的停電時，小豪突然提議前往某處！他們能順利見到閃電鳥嗎！？

第41集【皮卡丘配音大作戰！／半隻、沼躍魚。】 火箭隊的喵喵因為重感冒而倒下了。武藏和小次郎認為自己不能太依賴喵喵的翻譯，必須好好研究小智的皮卡丘在說什麼，因此決定藉由幫皮卡丘配音來推測皮卡丘的思考模式…！ 小智和小豪在森林裡發現了埋在土裡動彈不得的沼躍魚。就在他們想盡辦法想救沼躍魚時，突然出現了一隻樂天河童！？

第42集【劍&盾篇Ⅰ「微寐森林」】 某天晚上，小智從丹帝那邊收到的極巨腕帶突然發出光芒。同時，伽勒爾地區則是發生了寶可夢在曠野地帶和競技場以外的地方極巨化的現象…。為了解開極巨化的謎團，小智和小豪前往伽勒爾地區拜訪極巨化研究的權威．木蘭博士。在路上，兩人被神秘的濃霧包圍，還分別遇見了從未看過的寶可夢…

第43集【劍&盾篇Ⅱ「闇夜」】 小智和小豪在伽勒爾地區分頭行動。小智和丹帝一起阻止了暴動的超極巨化巨炭山，並遇見了來視察的馬洛科蒙集團社長．洛茲。小智在洛茲的邀約下，前往宮門市與洛茲共進晚餐。另一方面，小豪則與調查伽勒爾地區英雄傳說的索妮亞再會，一同前往木蘭博士的研究所。在那裡，木蘭博士告訴小豪極巨化的秘密…

第44集【劍&盾篇Ⅲ「無極汰那」】 為了解開英雄傳說之謎而前往溯傳鎮的小豪和索妮亞，突然被身分成謎的可疑男子襲擊。在進行極巨化對戰時，因受到衝擊而崩塌的壁畫後面，居然藏著神秘寶可夢的石像！小豪連忙打電話給小智，跟他說英雄傳說的新情報。就在這時，從拳關市射出一道紅色光芒！那道光芒的來源究竟是…！？

第45集【劍&盾篇Ⅳ「最強的劍與盾」】 小智和小豪雖然想趕往傳說的寶可夢．無極汰那身邊，但卻分別被洛茲和奧利薇阻擋，就這樣雙雙進入了對戰。就在小智和小豪陷入危機時，小智的利歐路和小豪的騰蹴小將身上突然產生了變化…！？另一方面，早一步和無極汰那對峙的丹帝，則是與無極汰那展開了一場激烈對戰！小智等人有辦法阻止無極汰那嗎！？

第46集【對戰&收服！超夢的復活】 櫻木研究所在絕海的孤島．賽羅島，偵測到了疑似夢幻散發出的精神能量！小智和小豪懷著滿腔期待，搭船前往調查。為了找出夢幻，小智和小豪與寶可夢們合作，在舉步維艱的原始島嶼上前進，但他們遇見的卻不是夢幻，而是超夢！小智和小豪賭上「夢想」的對戰，即將開始！

第47集【寶可夢冠軍！大胃王錦標賽！！】 小豪和貪心栗鼠決定參加枯葉市舉辦的寶可夢大胃王比賽。參賽者有上屆比賽的冠軍．卡比獸，還有享譽世界的大胃王界傳奇．凱撒火焰雞。面對這些強敵，小豪以驚人作戰打算拿下冠軍！可是，混在工作人員中的火箭隊似乎在打什麼壞主意！？

第48集【擬真皮卡丘千鈞一髮！！】 小智和小豪來到了合眾地區的飛雲市。火箭隊為了抓皮卡丘，居然搶先一步到飛雲市埋伏，還準備了和皮卡丘幾乎一模一樣的秘藏機器人「擬真皮卡丘」，打算將機器人和皮卡丘掉包。閃焰王牌和路卡利歐目擊了火箭隊將皮卡丘抓走的現場，牠們為了將皮卡丘奪回來，開始了一段奇妙的大冒險！？

第49集【小春與非常不可思議的伊布！】 位於枯葉市的「伊布進化研究所」是專門研究伊布與其進化形的研究機關。在那裡，有一隻「特殊的伊布」和其他伊布的進化形一起生活著。某天，伊布偶然遇見小春的來電汪，就那樣離開了研究所。而且伊布和來電汪來到的地方，居然是小春的學校…！

第50集【伽勒爾的化石！合體！！】 在科學博物館的館長請求之下，小智和小豪、小春出發去調查伽勒爾地區的稀有化石。他們在曠野地帶遇見了兩位在進行化石挖掘調查的研究員．粗魯的楚魯和冒失的茂詩。眾人合作挖出化石後，打算使用化石復原裝置讓化石變回原樣。化石會被復原成什麼樣的寶可夢呢…？

第51集【大蔥鴨的大考驗！】 小智和大蔥鴨為了在寶可夢世界錦標賽中獲勝，前往正大量出現小拳石的岩山隧道進行特訓。在那裡，他偶然遇見同為參賽訓練家的源場和鐵骨土人，因此和對方進行了一場官方對戰。大蔥鴨和鐵骨土人的精采對戰最後會由誰取勝呢…？

第52集【農業體驗！地鼠在哪裡！？】 櫻木博士的學生遠藤寄了一箱新鮮蔬菜和一封信到櫻木研究所。他在信中表示，自己目前從事農業，但這陣子地鼠和三地鼠突然出現在田裡，讓他非常傷腦筋。為了調查三地鼠們突然出沒的原因，小智、小豪還有小春就這樣一起前往遠藤的農園…。

第53集【收服傳說！？尋找水之守護神水君！！】 傳說的寶可夢．水君在世界中旅行，到處淨化污水。櫻木研究所收到情報，聽說水君不知為何一直停留在某座湖邊。為了見水君一面，小智和小豪來到了湖畔。但映入他們眼簾的卻是邪惡的寶可夢獵人集團和即使受傷也要保護野生寶可夢的水君…！

第54集【不可能的淚眼蜥！】 小豪的淚眼蜥還是老樣子非常膽小。牠跟小智還有小豪一起去知名電影的拍攝現場時，遇見了一隻扮演間諜的千面避役。千面避役在火箭隊闖入攝影現場時，帥氣地將他們給擊退。淚眼蜥看到自己的最終進化形有這麼帥氣的表現，心境開始產生了變化…。

第55集【與你在迷光森林的故事】 小春在櫻木研究所找到了一本書，書名叫「與你在迷光森林的故事」。書中的插圖畫著伽勒爾的小火馬和烈焰馬。小春看了之後，開始好奇起有關這兩隻寶可夢的事，因此，小智、小豪和小春一起前往伽勒爾地區的迷光森林。小春在森林裡探索時，小火馬突然出現在小春和伊布面前…。

第56集【四天王雁鎧！騎士精神之館！！】 蓮司在小智幫大蔥鴨特訓時，提供了一個情報給他。卡洛斯地區的四天王雁鎧，設立了一間「騎士精神之館」專門鍛鍊真心想要變強的訓練家和寶可夢。因此，小智帶著大蔥鴨，小豪帶著飛天螳螂，兩人就這樣出發前往卡洛斯地區…。

第57集【戀愛是可達鴨】 小春和伊布在因緣際會下，到櫻木研究所的助手．菊菜家裡借住一晚。兩人買了晚餐和甜點回家，聊得非常開心。就在這時，小春發現菊菜家裡放著一張照片。那是菊菜和一位青年，還有圍著圍巾的可達鴨的合照。菊菜似乎對青年和可達鴨帶有特別的感情。於是小春為了實現菊菜的戀情，開始四處奔波！

第58集【溶食獸球大騷動！／來吧咬咬龜！龜龜競跑！】 趁火箭隊睡著的時候，大嘴鷗悄悄來到火箭隊的基地，從火箭扭蛋機中扭出了一大群溶食獸！溶食獸的特性「黏著」造成了大騷動！喵喵和果然翁睡醒後，發現咬咬龜和草苗龜處於一觸即發的狀態。兩隻外貌有點像的寶可夢，將展開一場熱血競跑！

第59集【迷路的敲音猴！訓練家是誰！？】 某天，小豪夢到雙親變成轟擂金剛猩，還叫他要好好照顧弟弟敲音猴。小豪一醒來，居然發現有隻敲音猴就像夢中看到的一樣抱著自己的手臂睡覺。正當小豪打算收服敲音猴時，卻發現敲音猴已經被人收服，有訓練家了。因此，小智和小豪決定去找出敲音猴的訓練家…。

第60集【目標是蔥大師！貫徹騎士精神！！】 為了讓因特訓而疲憊的大蔥鴨和巨鉗螳螂恢復精神，小智和小豪來到了寶可夢中心。就在這時，小智的手機洛托姆突然通知小智「已搜尋到官方對戰的對手」。仔細一看，居然是之前曾打敗小智和大蔥鴨的凜斗和艾路雷朵！小智和大蔥鴨這次有辦法贏過他們嗎！？

第61集【包在我們身上！正電拍拍負電拍拍便利屋！！】 正電拍拍負電拍拍便利屋的楚法澄法兄妹來到櫻木研究所幫忙修理水管。在招牌寶可夢正電拍拍和負電拍拍的聲援下，兩人一下就完成了工作。可是，回去的途中哥哥澄法卻不小心受傷住院了。看到澄法傷腦筋的樣子，小智和小豪主動說要幫忙便利屋的工作…。

第62集【悶悶不樂變澀蜥】 為了進化成崇拜的千面避役，小豪的淚眼蜥不斷特訓。牠在櫻木公園救了走路草之後，居然進化成變澀蜥了！可是，牠一直以為自己能直接進化成千面避役，當牠看到自己在水面的倒影時，忍不住大失所望。就這樣躲進了洞窟裡…。

第63集【挑戰！寶可夢海上樂園！！】 小智和小豪看了以大海為舞台進行的寶可夢障礙賽「寶可夢海上樂園競賽」的轉播後，對這個競賽產生了興趣。在比賽中奪冠的水伊布的訓練家 - 海里，剛好是菊菜學生時代的朋友。小春為了更瞭解伊布的進化形的事，在菊菜的介紹下，三人來到了水靜市拜訪海里和水伊布…。

第64集【被討厭的阿勃梭魯】 以前曾在豐緣地區對戰過的芳士，突然委託小智和小豪幫他調查事情。一詢問才發現，原來是芳士的叔叔經營的溫泉旅館突然流不出溫泉水了。鎮上的人都認為是災禍寶可夢阿勃梭魯導致的。為了查出真正的原因，小智和小豪決定前往豐緣地區的釜炎鎮！

第65集【龍之對戰！小智VS艾莉絲！！】 小智突然收到了一封信。原來是艾莉絲從合眾地區寄來的信，信中寫著想邀請小智跟她對戰。於是，小智和小豪來到了合眾地區的雙龍市。能知道龍屬性寶可夢在想什麼的艾莉絲，在對戰中察覺了小智的快龍的心情…。

第66集【花蓓蓓的白花】 某天，小豪的花蓓蓓們一起進化成花葉蒂了！可是仔細一看，卻發現獨缺白色花蓓蓓的身影…。小豪找到白色花蓓蓓時，發現牠的白花花瓣居然少了一片，所以飛不起來。小智和小豪見狀，決定到卡洛斯地區幫牠找一朵新的白花…。

第67集【嫌犯是皮卡丘！？】 君莎和德克刑警突然來到櫻木研究所。他們說枯葉市內的民宅在這一陣子接二連三發生大量偷電事件，為了尋找犯人，他們才來到櫻木研究所，而且德克刑警還請纓木博士將櫻木公園的電屬性寶可夢都聚集在一起。經過一一比對後，德克刑警居然說皮卡丘就是犯人…！？

第68集【小豪的勁敵！？追尋夢幻之路！！】 小智和小豪久違地拜訪了大木研究所，在那裡，大木博士告訴他們，專門尋找夢幻的“夢幻計畫”正在募集成員。另一方面，小智得知寄放在大木研究所的烈焰猴已經不見蹤影好幾天後，立刻出發去找牠。在途中，他們遇見了小智的童年玩伴兼勁敵．小茂！

第69集【令人緊張的首次跑腿！】 小智、小豪還有小春來到了寶可夢中心。敲音猴和伊布實在太調皮了，讓三人捏了一把冷汗！小豪和小春都主張自己的寶可夢其實是很乖巧的。小智見狀便提議讓敲音猴和伊布一起去跑腿…。

第70集【拜託了！收服莫魯貝可吧！！】 莫魯貝可一直借住在火箭隊的基地。牠還是老樣子很貪吃，將火箭隊一行人藏起來的零食全都吃光了。而且牠最近吃的量越來越誇張，超出了火箭隊的負擔能力。因此，火箭隊決定要將牠放生到野外，可是…？

第71集【Let's GO!夢幻計畫！！】 某天，小豪收到了夢幻計畫寄來的郵件。信上寫著要小豪到位於神奧地區天冠山山麓的研究所。小智跟小豪收到信後馬上趕往信上說的地點，在那裡，小豪終於接到了第一個入隊測驗…。

第72集【地底迷宮洗牌騷動！？】 小智和小豪還有小春聽說有人發現了齒輪兒的新進化型，因此特地前來合眾地區的帆巴市調查。在那裡，他們發現了一個很深的地洞，而且好奇心旺盛的敲音猴和伊布還很興奮地跳了進去！小智他們也急忙跟著跳進去，卻發現裡面就像是一座巨大迷宮…！？

第73集【皮卡丘隊長！前進吧列陣兵！！】 小智和小豪為了調查列陣兵來到了伽勒爾地區。在那裡，他們遇見了一隻團隊默契非常差的列陣兵。就在這時，發生了一點小插曲，使得那隻列陣兵的成員飛散到各處。因此，小豪決定去找列陣兵的頭頭，而小智則是去找列陣兵的跟班們…。

第74集【達克萊伊 仲夏夜之夢】 神奧地區各地接連發生民眾由於做惡夢的緣故睡不好的事件。得知這個消息後，小智和小豪決定前往當地調查。事件的起因是否為能讓人做惡夢的達克萊伊呢？另一方面，小春也到神奧地區獨自一人旅行，在那裡，她偶然遇見了小光和波加曼…。

第75集【克雷色利亞 仲夏夜之光】 小春跟小光一起在神奧地區旅行。她們來到一座森林時，卻遇見了全身是傷的克雷色利亞！幫克雷色利亞療完傷後，睡著的兩人夢見了跟達克萊伊還有克雷色利亞有關的奇妙的夢…。克雷色利亞為什麼會受傷呢？牠跟達克萊伊又是什麼關係呢？

第76集【全力！阿羅拉無人島競跑！！】 小智跟小豪得知了阿羅拉地區要舉辦一邊收服寶可夢一邊越過山路朝著終點前進的寶可夢收服冒險競跑。因此兩人決定報名參加。崇拜小智且自稱會使用Ｚ招式的全力兄弟也參加了這場比賽。可是小智看到他們使出的Z招式後，決定給全力兄弟某個建議…。

第77集【超電磁高級級對戰！】 小智升上了寶可夢世界錦標賽的高級級。而他第一場比賽的對戰對手居然是以前曾對戰過的神奧地區濱海道館的道館館主．電次。面對實力堅強的電次，小智決定戴著Z手環應戰。

第78集【被盯上的櫻木研究所！】 小智跟小豪以特別研究員身分從各地收集回來的寶可夢的資料居然從研究所的電腦中消失了！似乎有人入侵了研究所的主資料庫並刪除了那些資料。晚上在外面獨自特訓的變澀蜥，似乎察覺了研究所的園區內有可疑的身影…。

第79集【月亮與太陽、小春與春日】 為了見太陽伊布跟月亮伊布，小智跟小豪還有小春來到了日蝕城。在那裡，他們遇見了一位名叫春日、跟小春長得一模一樣的少女。春日告訴小智一行人，要是日蝕城的日蝕祭典能順利舉辦，自己就能繼承城主的位子。正當眾人忙著準備祭典的相關事宜時，有位可疑的少年正觀察著城內的樣子…。

第80集【入隊測驗！火神蛾的黃金鱗粉！！】 小豪終於收到夢幻計畫發來的第一個入隊測驗。測驗的內容是「採集火神蛾的黃金鱗粉」。為了尋找火神蛾，小智跟小豪再次來到合眾地區的荒野名勝區。小豪有辦法順利通過測驗嗎？

第81集【激烈衝突！？藍色寶可狂熱迷！】 小智和小豪還有小春遇見了一位自稱是藍色寶可狂熱迷的青年 - 阿貝爾。他說他來自卡洛斯地區，為了享受藍色寶可夢的美好，才會千里迢迢來到關都地區。而且他還邀請小智一行人跟他一起進行所謂的「藍活」！？

第82集【霜奶仙的甜蜜對戰！？】 舞姿鎮的道館館主．波普菈突然打電話給小智，還邀請小智到舞姿鎮參加奇巴納和丹帝都會參加的特別大賽。為了跟丹帝對戰，小智滿心期待的來到了伽勒爾地區的舞姿鎮！可是，波普菈舉辦的卻是一種出乎意料之外的特別大賽…。

第83集【變成星星的皮寶寶】 城都地區有座城鎮突然變成永夜狀態，已經好幾天沒有迎來白天了。小智跟小豪得知了這個消息後，決定前往當地調查！在調查途中，他們在公園遇見了一位叫星彩的小女孩。小女孩說自己一星期前遇到不可思議的寶可夢後，這座小鎮就一直是黑夜的狀態。小智跟小豪能查出城鎮變成永夜狀態的原因嗎？

第84集【路卡利歐進化石！超級島大冒險！！】 為了在寶可夢世界錦標賽中繼續取勝，小智決定讓路卡利歐學會超級進化。他們來到卡洛斯地區拜訪娑羅道館的道館館主可爾妮。小智從可爾妮那邊得到鑰石後，為了尋找路卡利歐進化石來到了一座叫「超級島」的島嶼。小智的路卡利歐能順利學會超級進化嗎！？

第85集【勁敵對決！小智VS彩豆！！】 小智在寶可夢世界錦標賽的下一場對戰對手終於出爐了。這次的對手是伽勒爾的道館館主彩豆，小智跟彩豆之前曾在超級級的時候對戰過兩次，一次是小智輸了、一次打成平手，這是他們的第三次對決。小智這次有辦法戰勝彩豆嗎？

第86集【超級進化VS超極巨化】 小智和彩豆依舊持續進行著一進一退的攻防戰！雙方誰也不讓誰，最後終於各剩下最後一隻寶可夢，也就是路卡利歐和怪力。面對超極巨化的怪力，小智則是讓路卡利歐超級進化來應戰！最後贏的究竟會是哪一邊呢！？

第87集【冰之女王與冰伊布】 由於小豪要上台報告，小智今天跟小豪和小春一起來到了學校。剛好今天有位名叫蕾吉娜，帶著冰伊布的女孩子轉入了小豪跟小春的班上。小春和伊布第一次看到冰伊布，對冰伊布很感興趣。可是，戒心很強的冰伊布為了保護蕾吉娜，居對班上同學使出了暴風雪…！？

第88集【入隊測驗！深海潛水調查團！！】. 小豪又收到了夢幻計畫的入隊測驗！這次的測驗是「收服野生的刺龍王」。小豪根據野生海刺龍的目擊情報，來到了豐緣地區的某片海域。正當他們在海中調查時，偶然遇見了豐緣地區的四天王之一．源治。小豪有辦法順利通過測驗嗎！？

第89集【帝牙盧卡＆帕路奇亞！時空大異變！！】 小智突然接到小光打來的電話！沒想到，小光的搭檔波加曼居然被人帶走了！神奧地區最近似乎頻繁發生寶可夢被抓走的事件，因此小智、小豪還有小春為了調查真相，來到了神奧地區找小光。結果小光卻說，帶走波加曼的人跟她長得一模一樣…。

第90集【帝牙盧卡＆帕路奇亞！時空大決戰！！】 小智一行人來到了跟原本的世界很相似的另一個世界。在那裡，小豪跟小光遇見了另一個小光，得知了這個世界正發生寶可夢會退化甚至變成蛋的詭異事件。他們認為神奧地區發生的奇妙現象應該跟掌管時間與空間的帝牙盧卡還有帕路奇亞有關。小智一行人能否解救神奧地區脫離這次的危機呢！？

第91集【幽靈列車，要出發了…】 為了前往溯傳鎮，小智跟小豪來到了宮門市車站。在那裡，他們湊巧撿到一位少年掉的車票。為了物歸原主，小智跟小豪誤打誤撞地搭上了一班詭異的幽靈列車…。他們在車廂內尋找少年時，小智不小心撞上了一顆謎樣的石頭，從那之後，小智就變得怪怪的…。

第92集【耿鬼加油！邁向超極巨化之道！！】 為了讓耿鬼超極巨化，小智跟小豪前去拜訪伽勒爾地區溯傳鎮幽靈道館的道館館主歐尼奧。歐尼奧說，若要讓耿鬼超極巨化，必須讓牠喝下用極巨菇菇煮成的極巨湯才行。小智一行人有辦法從住滿了幽靈屬性寶可夢的森林中，順利採回極巨菇菇，讓耿鬼超極巨化嗎？

第93集【你的名字是法蘭絲瓦】 櫻木研究所的助手．蓮司有一隻名叫法蘭絲瓦的小磁怪。法蘭絲瓦對食物很講究，只願意從復古的電器食用電力。看到這樣的法蘭絲瓦，蓮司不禁回想起他跟法蘭絲瓦相遇的那天。就在這時，枯葉市發生了小磁怪們紛紛失控的詭異事件！連法蘭絲瓦都受到了影響！小智、小豪跟蓮司能守護法蘭絲瓦嗎！？

第94集【戀慕赫拉克羅斯，戀愛的凱羅斯】 赫拉克羅斯被剛來到櫻木公園的裙兒小姐迷得團團轉。使得喜歡赫拉克羅斯的凱羅斯深受打擊。凱羅斯不禁想，要是自己身上也有美麗的花朵該有多好…。為了讓凱羅斯振作起來，小智一行人和凱羅斯來到玉虹道館的道館館主莉佳舉辦的「寶可夢插花教室」。凱羅斯能讓赫拉克羅斯回心轉意嗎？

第95集【再見了！流浪的火箭隊！】 為了賺經費，火箭隊每天努力打工，而且任務連續失敗，又面臨寫悔過書的命運。火箭隊開始厭煩現在的生活。他們認為任務失敗是因為火箭扭蛋機給的寶可夢都太弱，決定去向負責人抗議。在路上，他們遇見曾是火箭隊隊員的亞馬多和小三郎。發現兩人退出火箭隊追尋新人生後，武藏他們感到猶豫…。

第96集【傳遞至宇宙吧！電龍之光！！】 在馬瑪內的邀請下，小智跟小豪來到了位於豐緣地區的綠嶺宇宙中心。馬瑪內跟電龍一起參加了小行星探測機「烈箭鷹2號」的返航計畫。計畫內容是用電龍的光芒引導探測機回到地球上。可是，電龍在點燈的過程中不小心失敗了，因此失去了信心。馬瑪內跟電龍能順利讓返航計畫成功嗎！？

第97集【呆呆王！遇上咖哩！！】 小智跟小豪再次來到了棲息著眾多呆呆獸的「呆呆獸之島」。就在這時，「棲息著伽勒爾呆呆獸的漂流島」突然撞上了呆呆獸之島，由伽勒爾呆呆王率領的伽勒爾呆呆獸群就這樣登陸了呆呆獸之島。為了讓伽勒爾呆呆獸跟呆呆獸們好好相處，小智跟小豪決定協助牠們，但是，兩人的身體卻再次發生了奇妙的變化…！？

第98集【寶可夢馬戲團！火伊布與雷伊布！！】 小智、小豪跟小春來到了寶可夢馬戲團，遇見了喜歡火屬性寶可夢的馬戲團團員炎夏還有喜歡電屬性寶可夢的比利。他們兩個原本打算讓自己的伊布進化成自己喜歡的屬性再參與表演，結果卻在陰錯陽差之下不小心讓伊布進化成相反的屬性了…。離馬戲團正式開演只剩下一點時間，他們能讓表演成功嗎！？

第99集【尖釘鎮的瑪俐！】 寶可夢世界錦標賽，小智下一場比賽的對手是伽勒爾地區的瑪俐。可是，吶喊隊為了讓瑪俐不戰而勝，故意騙小智比賽的會場臨時從宮門競技場變更成尖釘鎮。小智來到尖釘鎮後驚覺受騙，在那裡遇見了瑪俐的哥哥．尖釘鎮的道館館主聶梓。聶梓知情後決定騎車送小智到比賽會場…。

第100集【貼身採訪！丹帝的特別訓練！！】 小智本來打算跟小豪一起去尋找伽勒爾地區的寶可夢，但因緣際會之下，他遇見了丹帝，便決定跟丹帝一起去特訓！透過特訓跟丹帝相處後，小智對喜歡跟寶可夢玩的丹帝產生了一股親近感。另一方面，正在尋找寶可夢的小豪則是遇見了索妮亞，而且他還從索妮亞口中聽到了丹帝令人意外的一面…！？

第101集【一根木棒，啪咚猴！】 小智跟小豪來到了伽勒爾地區的曠野地帶，他們在那裡遇見了一隻啪咚猴。啪咚猴是敲音猴的進化形，所以敲音猴對牠懷抱著憧憬的心情。可是，小智一行人注意到這隻啪咚猴不知為何只有一根木棒，不像普通的啪咚猴都拿著兩根…

第102集【入隊測驗！冰凍的團體戰！！】 夢幻計畫的下一個入隊測驗是「跟急凍鳥進行團體戰」。小智跟小豪在尋找急凍鳥的路上，遇見了小豪的朋友時央，還有小智的童年玩伴小茂。小智他們四人將跟急凍鳥展開一場激烈的團體戰！

第103集【小智與希特隆！友情大特訓！！】 「寶可夢世界錦標賽」，小智下個對戰對手是目前位居高級級第12名的卡洛斯地區的四天王．朵拉塞娜！來到比賽會場的小智和以前一同旅行過的希特隆還有柚麗嘉重逢。希特隆會如何協助小智特訓寶可夢呢？

第104集【高級級！VS四天王朵拉塞娜！！】 小智跟卡洛斯四天王．朵拉塞娜的對戰終於開始了！面對擅長使用龍屬性寶可夢的朵拉塞娜，小智派出了蔥遊兵跟鰓魚龍應戰！小智有辦法戰勝這個強敵嗎？

第105集【伊布與仙子伊布！邂逅與重逢！！】 小春聽說豐緣地區的水靜市有隻在華麗大賽上大受矚目的仙子伊布。因此，她跟伊布一起前往水靜市。可是，在因緣際會下，居然變成小春跟伊布也要參加華麗大賽…！另一方面，小智跟小豪為了與小春會合，正打算前往華麗大賽的會場，不過，他們在路上居然遇見了道館館主．米可利…！？

第106集【新節目！火箭隊秘密王國電台！！ 】 「在世界各地招募火箭隊的新隊員吧」。武藏、小次郎、喵喵接到了來自坂木老大的命令，為了招募新隊員，決定開始製作廣播節目。雖然他們努力向世人傳達火箭隊的美好，但收聽人數居然掛零…。受到打擊的火箭隊三人組忘記當初的目的，一心只想著要製作出好的節目，沒想到…。

第107集【幫幫我們，來電汪大哥！】 來電汪是櫻木公園的寶可夢們最可靠的大哥！牠華麗地解決了櫻木公園內發生的種種危機和紛爭。可是某天，不知為何櫻木公園的河川居然被汙染了！為了生活在公園裡的寶可夢，小智、小豪和小春還有來電汪，決定找出汙染的源頭…。

第108集【路卡利歐與甲賀忍蛙！命運的波導！！】 以戰勝奇巴納成為八大師為目標，小智為了讓路卡利歐變得更強，決定帶牠到卡洛斯地區見甲賀忍蛙。雖然路卡利歐跟甲賀忍蛙打了一場，但牠完全不是甲賀忍蛙的對手…。甲賀忍蛙想教會路卡利歐的是什麼事呢…？路卡利歐跟甲賀忍蛙，兩者的波導將在此重疊……！

第109集【VS奇巴納！八大師爭奪戰！！】 為了參加大師淘汰賽，小智將和目前排名第8的伽勒爾地區道館館主奇巴納進行換位戰。有著馭龍至尊稱號的奇巴納，在對戰中巧妙地操控天氣，讓小智陷入了苦戰！

為了參加夢幻計畫新的入隊測驗，小智跟小豪來到了豐緣地區的海洋設施海紫堇。這次的測驗內容是生存戰！必須跟設施內其他的挑戰者對戰，留到最後的人就是勝者。

在伽勒爾地區的王冠雪原，有人目擊了「不可思議的寶可夢」。小智、小豪還有小春收到情報後，便前往王冠雪原進行調查。同一時刻，小智在阿羅拉地區交到的朋友莉莉艾，也跟哥哥格拉吉歐還有母親露莎米奈一起，為了尋找長年下落不明的父親莫恩而來到了王冠雪原…。

小智、小豪跟小春與莫恩一家一起來到了阿羅拉地區，久違地跟寶可夢學校的同學們重逢了。然後，在當地人的安排下，小智將參加四組選手同時上場進行激烈對決的皇家對戰！

小豪收到了夢幻計畫最終測驗的通知，測驗內容為「收服雷吉艾勒奇跟雷吉鐸拉戈」。為了通過測驗，小豪決定獨自一人前往位於伽勒爾地區王冠雪原的抉擇遺跡。最後能通過測驗加入追跡者小隊的究竟是哪些人呢…？