【第1集 紅豆杉研究所！展開新旅行！】 結束合眾聯盟挑戰的小智一行人，前往鹿子鎮拜訪紅豆杉博士。他們在半路上遇見新人訓練家諾諾美，她因為個性謹慎小心，所以很猶豫要不要過石橋，害怕地杵在路中央。小智等人鼓勵諾諾美前進後，就前往研究所。向紅豆杉博士報告完合眾聯盟成果的小智一行人，決定回到關都地方。這時諾諾美來到了研究所！想了又想的諾諾美，決定第一隻神奇寶貝要選"火豬神奇寶貝"的暖暖豬，而且要和小智合作進行與天桐&艾莉絲的雙打對戰！就在諾諾美開始享受對戰樂趣時，一台機器人突然從天而降！這感覺似曾相識的三人組，究竟是誰…

【第2集 朋友...他的名字是N】 搭船離開鹿子鎮的小智一行人，決定前往傳說中的神奇寶貝──雷希拉姆的聚集地「白色遺跡」。他們在船上遇見能夠聽見神奇寶貝內心的少年N。他稱呼神奇寶貝為「朋友」，並侃侃而談神奇寶貝與人類應該保有何種關係，認為人類不該控制住神奇寶貝，N還直言說人類不該讓神奇寶貝參與對戰。這個時候，火箭隊突然出現想要抓走皮卡丘。中了暴露菇的麻痺粉的皮卡丘，陷入了危險之中。於是N利用他的能力，呼喚出"看護神奇寶貝"保母曼波……

【第3集 新道館訓練家・黑連!】 小智一行人在紅豆杉博士的推薦下來到檜扇市，他們要到道館訓練家黑連那裡，沒想到卻來到了一間學校。這是兼營神奇寶貝道館的訓練家學校，在這裡當老師的黑連，才剛取得道館訓練家的資格，而道館也還在準備當中。另一方面，牙牙和皮卡丘跟小智他們走散，跑進廣播室玩耍，卻讓學校裡傳出巨響，害得神奇寶貝之家裡的神奇寶貝們嚇得四處奔逃。儘管大家分頭尋找，天桐和花椰猴還是被鴨寶寶耍得團團轉，陷入一片混亂中。而且小智的水水獺，還要和黑連的"忠犬神奇寶貝"哈約克展開對戰！這場比賽到底會由誰獲勝呢？

【第4集 阿克羅瑪vs帥哥!電漿團的陰謀】 來到算木鎮的小智等人，在路上被"蘑菇神奇寶貝"暴露菇們襲擊。聽說最近山上的神奇寶貝常常會攻擊人類，而且山頂的廢棄天文台還有一群奇怪的人出沒。原來是電漿團的科學家阿克羅瑪正在利用神奇寶貝，進行控制牠們的電波實驗，不只是電蜘蛛，就連凍原熊跟功夫鼬也是他的實驗對象。小智等人在前往天文台的途中，竟然遭到皮卡丘、牙牙和野生神奇寶貝們攻擊，在這危險之際，忽然有人出手救了小智他們……

【第5集 霧之算木牧場!電龍的燈光!】 小智等人來到算木牧場，在那裡遇見了少女艾莉與"燈神奇寶貝"電龍和"綿毛神奇寶貝"咩利羊。電龍平時在牧場是負責照顧咩利羊的，但聽說咩利羊們一直都不聽牠的話。艾莉心想要是電龍學會雷光掌這個招式，咩利羊們或許就會認同電龍了。於是艾莉絲派快龍去當教練，替電龍展開一連串的特訓。沒想到等到大家發現時，有一隻咩利羊不見了！不只如此，又有一隻消失了？此時艾莉的爺爺，也就是牧場的主人德三竟然說電龍不適合看守咩利羊！雖然艾莉表示電龍絕對辦得到，這時卻突然出現三個奇怪的身影……

【第6集 N再度登場!救出勇士鷹作戰!】 企圖征服世界的電漿團，正偷偷執行某個計畫。他們運送要拿來當有機素體的"勇猛神奇寶貝"勇士鷹的途中，N突然衝出來要救走勇士鷹。於是電漿團的團員派出"貓鼬神奇寶貝"貓鼬斬，以及"牙蛇神奇寶貝"飯匙蛇來攻擊N，結果使得N受傷了。又遇到N的小智等人，將N和勇士鷹送到神奇寶貝中心接受治療。這個時候，電漿團團員靠著勇士鷹身上的追蹤器找到他們，神奇寶貝中心也在他們的襲擊之下停電了！此時N向小智他們提出了一項提議……

【第7集 緊急出動!神奇寶貝海岸救援隊!】 小智一行人抵達了立湧市。他們看到遠方冒出了濃煙，仔細一看是"修行神奇寶貝"雙刃丸、"漂浮神奇寶貝"輕飄飄、"警戒神奇寶貝"步哨鼠與救援隊的隊長弘人在進行救火訓練。可是其中負責戒護工作的步哨鼠，似乎也想加入救火的行列。就在他們特訓的時候，工業區發生了火災。弘人一行人趕往現場救災，可是卻被困在地下室了。雖然N說他不喜歡讓神奇寶貝參加危險的救援行動，但還是對負責監視的步哨鼠表示想借助牠的某項能力……

【第8集 燃燒吧噴火龍!VS快龍!】 小智一行人來到專門介紹關都地方各處特色的「關都博覽會」。"蜥蜴神奇寶貝"小火龍在這裡的舞台上，很開心地和大家見面，可是牠卻因為太熱情，不小心撞到東西受傷了。把牠送到神奇寶貝中心之後，小智也想起了自己的"火焰神奇寶貝"噴火龍，於是拜託大木博士將噴火龍傳送過來。就在小智介紹噴火龍給大家認識的時候，有一隻神奇寶貝正虎視眈眈地看著牠。原來是艾莉絲的快龍覺得小智的噴火龍很厲害，噴火龍這時也不甘示弱地看回去，因此眾人很臨時地展開一場對戰，結果究竟會如何呢？

【第9集 電漿團的野心!被操縱的神奇寶貝們!】 小智一行人與N來到了下一個城市。這時電漿團與科學家阿克羅瑪正在利用一台奇怪的機器，進行控制神奇寶貝的實驗。某位訓練家的"顎斧神奇寶貝"雙斧戰龍，因為實驗的影響而到處破壞城市。認為龍系神奇寶貝之中沒有壞孩子的艾莉絲，為了了解雙斧戰龍胡亂攻擊的原因，與小智他們進入了城市。雖然艾莉絲的快龍企圖阻止雙斧戰龍，但沒想到連快龍也跟著開始大吵大鬧？不僅如此，N還說他聽不到「朋友」的聲音了！N擔心牠們繼續胡鬧下去會傷到自己，於是擋在雙斧戰龍和快龍的面前，沒想到牠們卻變得越來越兇暴！

【第10集 N的秘密......在霧的遠方!】 在霧散去之後，出現兩位分別帶著"包容神奇寶貝"沙奈朵和"天體神奇寶貝"哥德小姐，名叫荷蓮娜與巴貝娜的女性。她們把N帶到一個神秘的地方治療，N在泡過泉水之後，身上的傷就痊癒了，只是荷蓮娜與巴貝娜依然對小智等人類懷有戒心。原來這個地方是N與她們隱蔽的居所，N等人將被人類傷害的神奇寶貝帶到這裡治療，過著與世無爭的生活，此時N也向小智他們透露自己與電漿團的關係。就在這時候，電漿團突然襲擊，荷蓮娜等人以為小智一行人和電漿團是一夥的！龍頭地鼠和皮卡丘努力想保護N他們，但結果將會如何呢？

【第11集 火箭隊vs電漿團!喵喵和阿克羅瑪】 火箭隊潛入了電漿團實驗基地，在小次郎他們把電漿團其他成員引走之後，喵喵出現並單獨與科學家阿克羅瑪進行談判。牠以讓自己成為實驗對象的這個條件，遊說阿克羅瑪加入火箭隊。一拍即合的他們，開始著手進行實驗。喵喵原本以為自己長年以來的訓練，可以讓牠抵擋住阿克羅瑪的實驗，但沒想到喵喵失算了，反而被對方給控制住，而且還用瘋狂亂抓製造出真空狀態！接到命令的喵喵，將會對誰發動牠的攻擊呢！？

【第12集 白色遺跡!小智對N】 小智一行人抵達了遺跡附近的龍螺旋之塔，並且與紅豆杉博士父親再度相遇。進入白之遺跡之後終於發現了由傳說中的神奇寶貝雷希拉姆化身而成的「光芒石」。在博士解開封印的瞬間，光芒石突然發出了強烈的光芒。這時N出現，詢問博士想對光芒石做什麼，聽完博士的話的N，表示不想多說什麼之後就搶走了石頭。這時電漿團也發動攻擊……這到底是怎麼一回事呢！？

【第13集 電漿團襲擊!復活的儀式!】 N和小智兩人終於理解彼此對神奇寶貝的心都是一樣的，可是這時，N突然著急地說他聽不到原本在遺跡外的神奇寶貝的聲音了！於是他和小智，以及遺跡裡的神奇寶貝們合力尋找出口，想要逃出遺跡。另一方面，艾莉絲的快龍與天桐的岩殿居蟹奮力對抗電漿團，可是阿克羅瑪用控制神奇寶貝的機器阻止牠們進行攻擊。博士、艾莉絲和天桐都被電漿團抓住了！火箭隊也只能緊張地在一旁看著。雖然N和小智成功逃出遺跡，可是皮卡丘卻被控制住了！之後，電漿團的首領魁奇思抵達，他將開始舉行復活雷希拉姆的儀式……

【第14集 雷希拉姆對N!理想和真實的那一方】 荷蓮娜等人因為擔心N的安危也跟了過來，沙奈朵和哥德小姐則是試圖封住電漿團的攻擊……被稱為傳說的神奇寶貝雷希拉姆復活，牠的表情充滿了憤怒。不僅如此，魁奇思還馬上對阿克羅瑪下令，成功控制住雷希拉姆。成為電漿團兵器的雷希拉姆到處出招進行破壞。在這場混亂之中，阿克羅瑪又想用機器控制皮卡丘，沒想到火箭隊的喵喵竟然挺身而出！國際刑警帥哥和火箭隊到底有什麼計畫？神奇寶貝與人類齊心協力時又會產生什麼樣的奇蹟呢！？

【第15集 再見了合眾!新的乘船之旅!】 在結束電漿團事件之後，小智一行人暫時回到紅豆杉博士的研究所，不過小智決定要回去關都地方。艾莉絲為了想看看更多的龍系神奇寶貝，還有身為神奇寶貝酒侍的天桐為了要增廣見聞，他們決定繼續跟著小智旅行！博士建議他們坐船，經由杰可羅拉群島回到關都地方。雖然他們搭到一艘比想像中還要老舊的船，不過裡頭有神奇寶貝們的遊戲設備，皮卡丘牠們似乎都很開心。可是，小智等人的房門忽然打不開了！？這時駕駛室裡有三個人正在竊笑……事情究竟會如何發展呢！？

【第16集 香甜的三蜂蜜總是帶著危險!】 小智一行人在杰可羅拉群島之間的旅行，來到了三蜂蜜島。這裡以"蜂蛹神奇寶貝"三蜜蜂所採集的「三蜂蜜」而聞名。小智他們一上岸就抽到了可以吃各項由三蜂蜜製成的甜品大獎，還跟著觀光局的三位導遊到三蜂蜜的點心工廠參觀，不過這其實是火箭隊設下的陷阱！皮卡丘以十萬伏特迎戰滾滾蝙蝠們的攻擊，可是卻擊偏了，還讓大量的"蛹神奇寶貝"鐵殼昆進化成"毒蜂神奇寶貝"大針蜂！在過程中皮卡丘、牙牙跟水水獺和小智他們走散了，而且還遇上了不懷好意的喵喵……

【第17集 酒侍偵探天桐!大海上的密室!】 小智一行人在船上剛好遇到了「海洋杯錦標賽」的活動。據說活動結束後，還有一場展示有名的寶石收藏家莉普兒收藏品的寶石展覽會。可是天桐卻對她的扒手貓感到非常害怕！？聽說那隻扒手貓，正因為莉普兒的「酷豹之瞳」而心情不太好。另一方面，堅持自己收藏的寶石絕對不讓其他人觀賞的寶石收藏家秀爾，死纏爛打希望莉普兒將寶石讓給自己，但他又被拒絕了。在大會結束之後，「酷豹之瞳」竟然憑空消失！明明有步哨鼠留守，到底是誰偷走它的呢？酒侍偵探天桐，你快出來幫幫忙吧！

【第18集 再見了水水獺!?邁向扇貝貝王之路!】 小智一行人來到了扇貝貝島，這裡正在舉行爭奪「扇貝貝王」頭銜的活動。小智等人立刻前往會場一看，沒想到那裡有好多的水水獺和雙刃丸！獲得扇貝貝王頭銜的神奇寶貝，除了可以得到金塊做的扇貝貝獎品外，還能和扇貝貝女王成為情侶！小智的水水瀨見到女王一見鐘情，誓言一定要獲得勝利。比賽內容有比扇貝貝的形狀與顏色、打碎瓦片等……但是水水瀨不會輸給牠的強敵雙刃丸「凱薩」的！不只如此，這時又出現一隻拿著超強扇貝貝，名為雙刃喵丸的雙刃丸！奇怪，這隻雙刃丸長得好像誰……賭上扇貝貝王寶座的男子漢對決，到底會由誰取得優勝呢！？

【第19集 幻影之島!濃霧之中的索羅亞克!】 小智一行人在前往位於濃霧海域的馬赫拉本島途中，在一片濃霧中看到一個巨大的神奇寶貝影子。在登上馬赫拉本島之後，小智他們聽到十幾年前隔壁的小島出現過巨大神奇寶貝的傳聞，於是決定前往那座小島進行調查。當大家走在森林裡的時候，一隻巨大的"食蟻獸神奇寶貝"食蟻爐出現在眾人眼前，而且不管皮卡丘怎麼攻擊牠都沒用！不僅如此，森林也在食蟻爐的攻擊下著火，森林裡的神奇寶貝們紛紛竄逃而出。在這過程中，牙牙被被"蘑菇神奇寶貝"寶貝球菇的蘑菇孢子擊中，陷入了危險之中。眾人在慌亂之中找到一間古老的神奇寶貝中心幫牙牙治療，可是那裡竟然是違法營業的神奇寶貝中心！？

【第20集 洛托姆VS大木博士!!】 小智一行人為了和神奇寶貝研究中的【第一佼佼者大木博士會合，來到隨處都能見到"電離子神奇寶貝"洛托姆的洛托姆島。原來博士為了寫一篇關於洛托姆改變型態的相關論文，才會造訪這座島嶼。大木博士用電吸引牠們出現，洛托姆們似乎也很喜歡吃皮卡丘放出的電。因為天桐想知道洛托姆對電有沒有偏好，於是派了泥巴魚使出電擊，電擊的味道究竟如何？不僅如此，艾莉絲和導電飛鼠也來幫忙，不久之後洛托姆竟然改變型態了！不為人知的洛托姆祕密即將曝光，大木博士的研究會得到什麼樣的成果呢！？

【第21集 杰可羅拉群島的海賊王!】 火箭隊原本想從杰可羅拉群島的船上偷取高級食材，卻被突然出現的"大顎神奇寶貝"藍鱷、"噴射神奇寶貝"章魚桶，以及"水兔子神奇寶貝"瑪力露麗等神奇寶貝從中攔截，一群神奇寶貝就這麼在船上拔腿狂奔！聽到警報聲的小智等人雖然想阻擋，但牠們瞬間就被在海裡接應的同伴"水鳥神奇寶貝"鴨寶寶用木筏接走了，君莎小姐也對這到處鬧事的海賊團感到很傷腦筋。小智派出噴火龍跟在後頭，試圖找出牠們的基地。努力勸大家不要再當海賊的藤藤蛇跟炒炒豬，是否能將自己的心意傳達給牠們？喵喵能否一掃牠對食物的怨恨呢？

【第22集 小智和巴大蝴!總有一天再見面!!】 小智一行人在島嶼之間的旅行來到了遷徙島，他們看到一群"蛹神奇寶貝"鐵甲蛹進化成"蝴蝶神奇寶貝"巴大蝴的那個瞬間。據說這裡還是首席天鵝等具有「遷徙習慣」的神奇寶貝們會暫時駐足的地方。對此感動不已的小智等人面前，出現一隻趕不上進化的"芋蟲神奇寶貝"綠毛蟲。小智想起以前和他一起旅行的那隻綠毛蟲，於是決定幫牠加強訓練，好讓牠趕快進化跟上同伴。雖然訓練過程中綠毛蟲一直會睡覺，但小智依然不放棄，他們在一次的訓練中不小心闖入"冬眠神奇寶貝"圈圈熊的地盤。不過，綠毛蟲卻用牠小小的身軀面對巨大的圈圈熊，結果究竟會如何呢！？

【第23集 小智和艾莉絲絕交!?走向離別之路!!】 小智一行人來到了杰可羅拉群島中最大的大島。當他們決定要橫越島嶼，前往大島的另一端時，碰見罕見的"地蛇神奇寶貝"土龍弟弟！小智興奮得馬上向牠發起對戰，受到驚嚇的土龍弟弟，使出噪音來攻擊小智他們。結果小智弄壞了艾莉絲的花，而牙牙也不小心防礙了皮卡丘使出招式讓土龍弟弟逃走了。艾莉絲因為小智怪罪牙牙讓他沒有收服到土龍弟弟而大發雷霆！小智想要和好的舉動又帶來了反效果，最後氣得艾莉絲說要跟他絕交，然後就自己先走了！夾在中間的天桐則是不知該如何是好……

【第24集 向基拉祈許願!七天內的奇蹟!!】 小智一行人持續在大島進行他們的旅程。他們在一個夜晚裡，遇見了傳說千年只會醒來七天的"祈願神奇寶貝"基拉祈。因為小智在基拉祈和皮卡丘牠們玩耍時衝過去，結果把牠給嚇跑了。這個時候，一位名叫小聖的少女也衝了出來，表示自己有無論如何都想請基拉祈實現的願望。她的願望就是取回綠地和水，雖然小智他們也幫忙小聖尋找基拉祈，可是遲遲沒有斬獲。最後，感受到小聖心意的基拉祈終於現身了，但沒想到火箭隊這時出現，而基拉祈也在與他們的戰鬥中耗損了體力……

【第25集 發光的圓盤!大宇怪的城市!!】 小智一行人在神奇寶貝中心度過他們在大島上的最後一夜，醒來的小智發現皮卡丘、天桐、艾莉絲跟牙牙他們的臉，全都變成"腦神奇寶貝"大宇怪的樣子了！奪門而出的小智，向喬伊小姐和差不多娃娃求救，可是她們也是一樣的狀況。連在外面遇到的君莎小姐還有路上的所有居民，大家的臉都變成了大宇怪！小智躲進了巷子，想要避開大家，這時卻聽見腳下有人在叫自己！原來是藏身在下水道的武藏和小次郎，他們也說自己正在尋找喵喵當中……大宇怪的恐怖計畫，到底是什麼呢！？

【第26集 三色堇登場!傘電蜥和坐騎山羊】 小智一行人來到了果實島，他們在途中遇到神奇寶貝記者三色堇。三色堇和"坐騎神奇寶貝"坐騎山羊，以及"發電神奇寶貝"傘電蜥一起從卡洛斯地方到這裡進行採訪。果實島有個古老的傳說，為了讓大家不要忘記過去曾犯下的錯誤，並且感謝每年的收成才會舉辦這場祭典。主要的活動神奇寶貝相撲大會，優勝獎品是「振奮精神的頭布」，還有果實島特產的樹果。小智與炒炒豬、天桐與花椰猴、艾莉絲與快龍都決定參加這場比賽了，最後將會由誰獲勝呢？

【第27集 寶藏之謎!無人島歷險!!】 抵達椰子島的小智一行人，聽三色堇說附近的無人島有與神奇寶貝有關的「傳說中的寶藏」。小智他們為了解開寶藏之謎，就照著神奇寶貝記者三色堇以前去海盜博物館取材時看到的「寶藏暗號」，到無人島去尋寶了。得知這件事的火箭隊也想要搶走寶藏，於是就一起跟到了無人島。只是小智等人一路上遇到許多的陷阱，還有神奇寶貝們的攻擊！他們最後是否能夠成功發現寶藏呢？

【第28集 小椿和艾莉絲!不同顏色的赤面龍!!】 小智一行人為了見到住在洞窟裡的神奇寶貝們，來到了洞窟島。他們在那裡與煙墨道館的道館訓練家小椿再次相遇。小椿來到島上是為了收服「不同顏色的赤面龍」，可是她在半路上與自己的快龍走散了。聽到這件事的小智等人，決定一起幫她尋找快龍。雖然大家成功找到小椿的快龍，可是牠卻跟艾莉絲的快龍吵了起來。之後小智等人繼續和尋找赤面龍的小椿，往森林深處的洞穴前進。

【第29集 音波龍登場!彗星與勇者的傳說!!】 小智一行人抵達杰可羅拉群島裡的一座島嶼，他們為了觀察每隔十幾年才能觀測到一次的「烏戴特彗星」，與三色堇一起前往山頂。據說當彗星出現之時，神奇寶貝們會聚集在山頂，做出非常不可思議的舉動。小智一行抵達山頂後，發現被稱為勇者的烏戴特，過去展開無數戰鬥的對戰場地遺跡。在小智等人摸黑前進的時候，鎖定皮卡丘的火箭隊一行人正悄悄來到他們的身邊……

【第30集 前進吧!坐騎山羊!】 小智一行人隨著神奇寶貝記者三色堇，來到某個島上的神奇寶貝中心。三色堇因為要整理採訪的資料，所以請小智幫忙看著她的坐騎山羊。就在此時，有個叫湯尼的小男孩來到坐騎山羊身旁，他在無意間碰觸到牠的角，坐騎山羊則在感應到湯尼心中的願望之後，就戴著他跑掉了。小智他們一回來發現三色堇小姐的坐騎山羊不見了，坐騎山羊到底去哪裡去了？小智在找尋坐騎山羊的時候遇見君莎小姐以及湯尼的母親，才知道湯尼可能跑到在天文台工作的父親那裡去了……

【第31集 導電飛鼠加入火箭隊!】 小智一行人為了等傍晚才出發的船班，途中在一座島上的草原進行野餐。可是，艾莉絲因為一些事情誤會了導電飛鼠，對牠發了好大一頓脾氣。不滿自己被冤枉的導電飛鼠獨自飛走，卻因為失去平衡而摔了下來，還遇見了火箭隊！導電飛鼠和武藏跟小次郎的神奇寶貝對戰，並且靠自己的力量打敗了牠們。看見導電飛鼠這麼厲害，火箭隊開始遊說導電飛鼠加入火箭隊。覺得這項提議還不錯的導電飛鼠，竟然真的選擇與他們合作！？

【第32集 天桐vs冰之挑戰者!三曜道館的危機!!】 小智等人來到了岩流島，原來天桐與他的兄弟伯特和寇恩約好要在這裡見面。正當小智一行人等著他們到來的時候，忽然出現了一隻暴雪王。花椰猴想把牠跟天桐一起找到的樹果分給暴雪王，可是暴雪王卻突然打了牠。剛好在這個時候，伯特與寇恩也來了。原來這隻暴雪王，是一位名叫多拉革的訓練家的。這個訓練家先前去三曜道館挑戰時，不客氣地想拆了三曜道館的招牌，而且伯特和寇恩都被打敗了。唯一還沒有輸給多拉革的天桐，則負起了保護三曜道館招牌的使命……

【第33集 Best Wish!直到再見面的那一天!】 小智一行人搭著船，前往關都地方的港口城市「枯葉市」，他們在島嶼之間的旅行也終於要結束了。可是火箭隊依然緊緊跟著他們不放，想要在小智等人抵達關都之前抓走皮卡丘牠們。這時火箭隊竟然用一個巨大的氣球，讓在海上航行的船飛上了天，船上也頓時陷入一片混亂。小次郎還偽裝成帕卡先生，跟火箭隊一起到處抓神奇寶貝，不過這個時候，小智他們發現竟然有兩位帕卡先生……

【第34集 我的夢想,神奇寶貝大師!!】 繞著杰可羅拉群島進行的旅程，終於來到關都地方。小智與艾莉絲、天桐告別之後，眾人就朝著各自己的夢想出發。小智與三色菫一起回到了真新鎮，雖然小智想直接前往大木博士的研究所看看許久不見的同伴們，不過在三色菫的勸說下，他還是先回家和母親見面。可是回到家的小智實在坐不住，所以又跑到大木博士那裡了！看著許久不見的同伴們，小智回顧起他在合眾地方的冒險，並再次發誓一定要成為「神奇寶貝大師」。當小智決定前往三色菫的故鄉「卡洛斯地方」旅行時，火箭隊又襲擊研究所，想抓走皮卡丘和其他的神奇寶貝們。

【第35集 天桐與小剛!暴鯉龍的龍鱗之怒!!】 與小智和艾莉絲分道揚鑣的天桐，跟花椰猴一起在城都地方的某座湖泊釣魚。沒多久，一隻暴鯉龍上鉤了！雖然天桐試著收服牠，可是卻在對戰中輸掉了。為了治療花椰猴被暴鯉龍的噴射火焰擊中所受到的傷害，天桐帶著牠前往神奇寶貝中心，並且在那裡遇到小剛。

【第36集 艾莉絲VS小椿!通往龍之大師的道路!!】 這是敘述與小智分開後的艾莉絲，和牙牙一起進行的特別冒險故事！艾莉絲挑戰了龍系的道館，除了與快龍和不同顏色的赤面龍的對戰外，傳說中的神奇寶貝烈空坐也會登場！！