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第1集 阿羅拉!最初的島嶼和最初的寶可夢們!! 小智跟皮卡丘來到阿羅拉地區旅行。自然資源豐富的阿羅拉地區，充滿許多未知的魅力。在這裡還有學得到寶可夢知識的殿堂──寶可夢學校。興奮不已的小智，當天夜裡被一個神秘的聲音吸引到了屋外……
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第2集 守護神卡璞．鳴鳴登場!挑戰我們的Z招式!! 小智和皮卡丘寄宿在同樣是寶可夢學校老師的庫庫伊博士家中，然後開始他的通學生活。某天，班上的同學說要幫小智辦一場充滿驚喜的歡迎會！在歡迎會氣氛嗨到最高點的時候，據說是島嶼守護神的寶可夢卡璞．鳴鳴突然出現了？
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第3集 請洛托指教 我是洛托姆圖鑑洛托! 小智從寶可夢學校的老師──庫庫伊博士那裡收到新的寶可夢圖鑑。沒想到這竟然是個會說人類語言的劃時代寶可夢圖鑑，名字就叫做「洛托姆圖鑑」！小智為了收服他在阿羅拉的第一隻寶可夢，就前往了森林。另一方面，火箭隊也來到了阿羅拉地區！
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第4集 木木梟登場!在阿羅拉收服寶可夢吧!! 有一天小智遇到一隻餓著肚子的草羽寶可夢──木木梟。小智為了收服木木梟前往森林，卻在森林裡發現啄木鳥寶可夢──小篤兒們的巢穴！原來這隻木木梟是跟小篤兒們一起生活的。可是，火箭隊這時卻突然出現了！？
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第5集 球球海獅 努力吹氣球! 小智今天也繼續到寶可夢學校上課。今天的課程是由班上熟悉大海裡的寶可夢的──水蓮同學擔任特別講師，她要教大家如何騎著寶可夢來釣魚。在每個人享受完釣魚的樂趣之後，時間也來到中午休息的時刻。小智下午也想繼續努力釣魚，可是寶可夢們卻被一道神秘黑影襲擊了！！
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第6集 麻麻刺刺的托戈德瑪爾! 小智今天一個人看家。雖然他很努力地想要準備午餐，卻怎麼也煮不出一道菜來，還把所有食材都用光了。小智到附近的購物中心去買東西時，遇見了同學馬瑪內和他的蜷縮寶可夢──托戈德瑪爾。在他們東西買到一半的時候，購物中心突然停電，小智和馬瑪內也和寶可夢們走散了！！
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第7集 市集的漫遊者火斑喵! 小智到寶可夢學校上課的途中，遇見一隻野生的火貓寶可夢──火斑喵，還被牠搶走了自己的便當！正當小智四處尋找火斑喵的時候，剛好看見牠跟暹羅貓寶可夢──貓老大搶東西時受傷了。小智把火斑喵帶回家裡替牠療傷，可是不習慣和人類親近的火斑喵卻逃走了……
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第8集 誰是蛋的照顧者? 寶可夢學校的大木校長出了一道作業，要小智等人觀察並培育在拉納基拉山發現的蛋。眾人決定夜裡讓不敢摸寶可夢的同學莉莉艾，把那顆蛋帶回家裡照顧。小智陪著莉莉艾回家，發現她家是一座好大的宅邸。小智還在那裡跟莉莉艾家的管家進行了一場對戰！
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第9集 霸主寶可夢是貓鼬探長! 島上出現農田被拉達和小拉達破壞的事件！而小智在這個時候，遇見了島嶼之王──哈拉。小智立刻向哈拉提出他要挑戰諸島巡禮的申請，可是哈拉卻表示，他必須先測試小智是否具有挑戰諸島巡禮的資格……
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第10集 Z招式會成功嗎?挑戰大考驗!! 終於來到小智和島嶼之王哈拉進行大考驗的日子了！哈拉是擅長使用格鬥屬性寶可夢的高手，讓小智陷入苦戰。而小智，也以皮卡丘和木木梟來迎戰！在對戰中途，哈拉和他的夥伴鐵掌力士一起使出了Z招式！因此小智也全力以赴，以Z招式與他對抗！最後將有什麼樣的結果呢？
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第11集 小智要去卡奇家! 在寶可夢學校放假的這一天，小智一早就和他的級任老師──庫庫伊博士針對Z招式進行特訓。結果小智的同學卡奇，騎著噴火龍經過他們的身邊。據說卡奇在幫家裡的牧場送貨。對牧場很感興趣的小智，後來跑到了卡奇家去玩。沒想到那裡有好多的寶可夢!!
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第12集 遇到好壞星的戶外教學!? 火箭隊來到阿羅拉之後，每天都過著倦怠又懶散的日子。而這時，總部來了聯絡，想確認武藏他們在阿羅拉進行的活動是否順利。雖然火箭隊想辦法掩飾過去了，可是這樣下去不是辦法，於是他們決定要捕捉新的寶可夢。火箭隊來到海邊，剛好也遇到小智他們在附近進行戶外教學……。
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第13集 阿羅拉鬆餅競跑大賽! 小智從同學瑪奧那裡聽說，最近要舉辦一場鬆餅競跑大賽。這是要訓練家和寶可夢齊心協力，看誰能端好疊在盤子上的鬆餅，第一個跑回終點的比賽。對這場大賽產生興趣的小智，決定要和皮卡丘一起參賽。驚險萬分的鬆餅競跑，究竟會由哪一隊獲勝呢!?
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第14集 勇氣的結晶 莉莉艾與六尾! 大家一起悉心照料的蛋終於孵化了，小智等人都好高興！負責照顧蛋的莉莉艾，更是感動到不得了。可是，莉莉艾到現在還是不敢摸寶可夢。小智他們都鼓勵著莉莉艾，告訴她總有一天就敢摸了。這天放學時，莉莉艾在回家的路上看見一道奇怪的身影……
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第15集 爪印之丘 岩狗狗與鬃岩狼人!! 小智某天晚上回家後，發現負責看家的岩狗狗受傷了！嚇了一跳的小智與庫庫伊博士，為了確認岩狗狗在他們不在家的時候做了些什麼，裝了監視攝影機來觀察牠。當他們在觀察時，想不到牠竟然跑出門，不曉得要去什麼地方，趕緊追上去的小智等人，究竟會看見什麼呢!?
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第16集 小小的三隻 大大的冒險! 小智一群人跑到了海邊玩耍。想不到這時忽然刮起一陣大風，把裝了木木梟和球球海獅的氣球吹到別的地方去了！這時候，野生寶可夢火斑喵，出現在迷路的木木梟和球球海獅面前。雖然火斑喵想送牠們倆回去，可是火箭隊卻突然出現了…!?
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第17集 阿羅拉偵探洛托姆!消失的純晶之謎!! 某天，小智到寶可夢學校上學時，發現了一件很嚴重的事！那就是卡璞・鳴鳴送給他的重要電Z不見了！雖然小智非常著急，不過洛托姆自告奮勇說要幫他找出來。最近洛托姆迷上了偵探劇，因此想像名偵探那樣解謎。立即展開調查的洛托姆會遇上什麼事呢？
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第18集 不會吧!?瑪奧的烹飪大作戰!! 小智等人在同學瑪奧的邀請下，要試吃她家經營的艾納餐館的新菜色──幻之阿羅拉奶油燉菜。不過瑪奧這時卻面有難色，原來是要完成這道幻之阿羅拉奶油燉菜，就必須用到金黃色花蜜。可是這個季節，好像幾乎採不到這個花蜜。不死心的小智，隔天就和瑪奧一起出門去找花蜜……
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第19集 猛烈的電擊特訓!再次挑戰卡璞・鳴鳴!! 放學後，小智順道去了同學馬瑪內的家裡。為了在之前對戰過的傳說的寶可夢──卡璞・鳴鳴面前扳回一城，小智決定向熟悉電屬性寶可夢的馬瑪內尋求幫助。在馬瑪內家裡進行特訓的小智和皮卡丘，信心也跟著提升了，但沒想到卡璞・鳴鳴卻在這個時候出現了！
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第20集 小智與皮卡丘 二人的約定 某天，與班上的同學一起去買東西的小智，聽說了這附近有一座被稱為寶物島的小島。立即跑到那座島嶼冒險的小智，和皮卡丘一起獨處的時候，心裡對皮卡丘的喜愛變得更強烈了。就在太陽西沉之後，天空突然出現一道光芒，一隻神秘的寶可夢突然從天而降!?
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第21集 火斑喵 啟程之時! 小智在路上買東西的時候，忽然看見以前遇到的那隻火斑喵。他跟著火斑喵一起走，接著又看見那隻會指導火斑喵的年老長毛狗。後來沒過多久，火斑喵竟來跑來向小智求助！想不到那隻長毛狗的身體狀況非常糟糕……
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第22集 小心鏟子!! 小智和同學卡奇在海邊進行對戰特訓的時候，看見一個會在沙子上跑來跑去的神奇鏟子！卡奇告訴小智那是一隻名叫沙丘娃的寶可夢，要是去碰牠頭上的鏟子會出大事。可是，沙丘娃頭上的鏟子突然被打飛了，這也對小智帶來了麻煩……
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第23集 太震撼了!三地鼠要拆夥!? 小智他們和同學，以及庫庫伊博士等人一起去聽演唱會，他們要看的就是由三地鼠和訓練家DJ雷歐所組成的團體，人稱「三地鼠雷歐」的表演。小智一行人結識了DJ雷歐，並在那裡遇見一隻崇拜三地鼠的地鼠。翌日，新聞報導了一則震撼眾人的消息，那就是「三地鼠雷歐」要拆夥了!?
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第24集 阿羅拉!第一次的教學觀摩!! 小智在休假的某一天感到煩惱不已。原來是寶可夢學校最近要進行教學觀摩，邀請家長和當地的民眾來參觀，小智還要上台進行心得分享！這時出現一位意外的訪客，那就是小智的媽媽花子。為了看小智上台，她特地從關都地區飛到了阿羅拉！小智最後能順利完成他的心得分享嗎？
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第25集 純晶爭奪戰!火箭隊對骷髏隊!! 盯上小智的皮卡丘的火箭隊，某天在偷偷觀察寶可夢學校上課的情形時，對Z招式的威力感到震驚。他們想早點學會Z招式，於是開始四處尋找Z純晶。可是這個時候，在阿羅拉為非作歹的骷髏團卻突然出現了…火箭隊對骷髏團，這兩隊的壞蛋組合即將展開對決!!
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第26集 再見了馬瑪內! 小智聽說同學馬瑪內的爸爸媽媽，和他商量了有關搬家的事。馬瑪內必須和寶可夢學校的大家說再見了！雖然馬瑪內很想故作堅強，可是他的內心感到非常沮喪，根本就聽不下學校上的課。於是擔心馬瑪內的小智等人，決定展開一場行動…
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第27集 出來吧!目光火紅的鬃岩狼人!! 小智在寶可夢學校的休息時間時，聽說街坊上有一位非常厲害、使用鬃岩狼人的訓練家。小智為了和那位訓練家進行對戰，於是跑到了大街上找對方，想不到他竟然遇到了那位訓練家！雖然小智馬上向他提出對戰申請，可是莉莉艾卻在這個時候出現了…
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第28集 熱烈的寶可棒球賽!目標是敲出逆轉全壘打!! 阿羅拉地區有一項非常受到當地民眾歡迎，名為寶可棒球的運動。小智和皮卡丘看見電視轉播的寶可棒球賽，也跟著激動不已！隔天小智到寶可夢學校上課時，庫庫伊博士說有個驚喜！那就是今天的課程，竟然要舉辦一場寶可棒球賽。
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第29集 你也來睡睡菇森林睡覺吧? 小智和寶可夢學校的同學們，利用假日到森林裡露營。大家一起煮飯吃，還到河裡玩水，盡情享受露營的樂趣。可是，小智一行人卻開始一個接著一個倒地…據說這座森林有個會襲擊人的存在，不僅會奪走誤闖此處的人的記憶，甚至還會吸取人們的能量…
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第30集 莉莉艾 要好好疼愛皮卡丘哦 小智等人像平常那樣到寶可夢學校上課時，庫庫伊博士又有了驚人之語，那就是他希望大家互相交換夥伴寶可夢。其實這是課程中的一個環節，目的是為了讓訓練家們更了解不是自己夥伴的寶可夢。雖然皮卡丘要去莉莉艾家裡過夜，可是莉莉艾一直不敢觸摸皮卡丘…
