殺手旅店

一名受傷的男子逃進殺手專用的殺手旅店，他是名叫蕭，遭到僱主背叛，被人追殺的殺手。 殺手旅店的禮賓人員生朗和沙羅接下蕭的委託，幫他尋找失散的妹妹，蕭的僱主以他唯一的親人妹妹為人質，逼蕭成為殺手，交換條件是直到妹妹成年之前，都會保障她的安全。 為了迎戰前來追殺蕭的敵人，生朗和沙羅開始準備名為「戰鬥」的招待。

加瀨是殺手旅店的VIP，同時也是頂尖殺手，他追求的是「完美的謀殺」，就像準確無比的管弦樂團演出一樣，為了向完全不知情的妻子麻美，隱瞞自己的殺手身分，加瀨請生朗幫他準備證明自己去出差的假證據，生朗也因此發現，這個完美的殺手唯一無法招架的人，就是他的妻子麻美。加瀨順利完成任務，卻因為突發狀況生命垂危，要求生朗殺了自己，因此生朗宣布對加瀨執行死亡服務。

加瀨因為偽裝得太完美，反而招致殺身之禍，身受重傷。在意識逐漸模糊之際，他的腦中浮現10年前和妻子麻美初次相遇的回憶。加瀨最後的委託，是抹去自己身為殺手的證據，並保護摯愛麻美不受組織追殺。在加瀨的葬禮上，沙羅暗中守護意外被捲入風波的麻美。當麻美問起加瀨最後一天的情況時，生朗默默地遞給她一封信。

仁奈是被培育成殺人道具的少女，她接到的任務是讓當紅偶像團體「頭腦風暴」的主力露露，在華麗的舞台上迎接死亡。任務的10天前，仁奈和沙羅一起出現在殺手旅店的酒吧，仁奈把其中一邊的耳機遞給坐在身旁的沙羅，耳機裡傳來的，是「頭腦風暴」粉絲俱樂部會員才能搶先試聽的新歌。

生朗來到殺手旅店即將屆滿一年。某天，一對名叫伊織和梨果的年輕情侶，帶著空白邀請函來到旅店，生朗按照慣例想保管他們的武器，卻被沙羅制止，因為這兩位客人是一般人。伊織在6年前遇到車禍後，就失去了車禍之前的記憶，這次和梨果一起來到旅店，是想透過這封寄件人不明的邀請函，找回自己的記憶。

在法國長大的可愛殺手蘋果，來到旅店祕密渡假，她要求生朗和沙羅幫自己製作記憶中的味噌湯，就像以前師父煮給她的那樣。身患重病，時日無多的蘋果，選擇將師父做的味噌湯，當作自己人生最後的晚餐，但她並不知道那道湯的食譜，只知道師父給她的名字「蘋果」，是唯一的提示。為了做出味噌湯，生朗和沙羅開始奮鬥。

沙羅迎擊一批闖入旅店襲擊蘋果的殺手，一一擊退敵人。最後擋在她面前的，是以使用雙刀聞名的殺手雙牙。與此同時，解開食譜的提示「蘋果」之謎的生朗，急忙奔向廚房，準備蘋果師父做過的味噌湯。為了珍貴的客人蘋果，沙羅和生朗各自奮戰，蘋果在等待最後的晚餐時，病情逐漸惡化。

擅長發掘醜聞的記者門脇，和部下中田尾隨一名外遇的前女演員時，意外目擊殺人案。門脇和中田跟蹤逃跑男子的車，因為有獨家頭條上門，門脇暗自竊喜。男子的車最後駛入一棟地圖上沒有記載的大宅，有人若無其事出來迎接持槍的男子，讓門脇很吃驚。這時他想起中田曾經提過的傳聞，殺手專用的旅店——殺手旅店。

某天，生朗正在殺手旅店整理客戶名單時，一位自稱是常客的老人走進來。老人名叫鈴村篤彦，他最後一次住宿，已經是約20年前的事。生朗覺得很困惑，從收到的行李中發現篤彦疑似患有失智症。生朗和沙羅一起把篤彦帶回女兒葉月的身邊。路途上，篤彦開始述說自己作為殺手的過去，還有和女兒的往事。

神射手達妮卡和超強觀測手切塔娜，是殺手搭檔。兩人是在達妮卡被派去暗殺目標時相遇的，當時切塔娜被迫在那裡擔任女僕，她救了遭到組織背叛，陷入危機的達妮卡。兩人逃離後，迅速在殺手界聲名大噪。達妮卡每殺掉一個目標，背上的射手座刺青就會多一顆星星，還差一個目標就能完成射手座的圖案。

出去商談的切塔娜失去消息，旅店收到一封殺人委託書，以及切塔娜的耳環。察覺切塔娜已身陷險境的達妮卡，下定決心違背和切塔娜的約定，拿起了步槍。生朗和沙羅察覺到達妮卡對切塔娜的深厚情感，為了設法救出她，前往匯集古今中外知識的圖書館。殺手旅店的知識源頭，圖書館管理員詩雨司書長，找出了切塔娜被囚禁的地點。

切塔娜被敵人囚禁在據點，生朗靠著詩雨司書長的平面圖潛入其中，將她救出。切塔娜得知達妮卡接下暗殺王子的任務後，和生朗火速趕往狙擊場所。此時夕陽西下，載著王子的渡輪正慢慢抵達狙擊地點，達妮卡和帕蘭被迫準備行動。一個黑色的身影俯瞰兩人被囚禁的大樓，那個身影正是在找機會衝進去救達妮卡的沙羅。

生朗和沙羅成功完成營救達妮卡和切塔娜的任務，達妮卡和切塔娜卻因為殺了幕後黑手阿茲蘭大臣，遭到國際通緝，從此成為通緝犯。兩人為了去看約好的流星雨，離開了日本，在廣闊的山巒和夜空下，以英仙座流星雨為背景，確認了彼此的心意。另一邊，生朗獨自一人淋雨，祈求達妮卡和切塔娜那邊的天空放晴，沙羅也加入，兩人一起被雨淋溼。

奏史是一名高中生，也是一位天才鋼琴家。轉學生昴突然加入只有奏史一人的鋼琴同好社，並表示自己想彈鋼琴，奏史因而被他纏上，開始指導他合奏。性格相似的兩人很快就熟稔起來。在放學回家的路上，奏史向昴坦白，因為挪用公款而遭到世人指責的父親，也會來看自己一個月後舉辦的獨奏會，但昴完全不在意，反而鼓勵奏史。獨自離開街上的昴，消失在殺手專用的殺手旅店之中。

來跟天才鋼琴家奏史學鋼琴的轉學生昴，其實是來暗殺奏史父親洋史的殺手。住在殺手旅店的昴，與生朗、沙羅一起逐步準備暗殺洋史的計劃。動手的日子越來越近，昴卻沉浸在與奏史一起彈琴的樂趣中。鋼琴原本只是用來接近目標的工具，但隨著昴和奏史一次又一次的合奏，在不知不覺間漸漸變成對昴來說無可取代的事物。

生朗回想起至今為止與自己有所牽連的那些殺手，對自己身為禮賓人員卻總是心軟而感到苦惱。就在這時，殺手旅店來了一名新禮賓人員。 她是從倫敦分公司調過來，名叫小柴的桐原柴。才剛與生朗見面，小柴便將刀抵在他面前，跟他說如果只會做天真的工作，那就別當禮賓人員。千鈞一髮之際，在沙羅的調停下，事情才得以平息，在劍拔弩張的氣氛中，三人收到一位新客人的委託。

生朗和小柴徹夜尋找休斯的愛犬艾德爾，但他們找遍整個鎮上都找不到，小柴要生朗做好放棄的準備，生朗依然不死心追問，最後被小柴訓了一頓。生朗問她為什麼能這麼輕易就看開，這時小柴點燃一支菸，靜靜開始講述自己的過去。 某位殺手打來預訂住宿，儘管他的願望不是十分明確，但小柴他們還是提供初次入住的客人頂級的服務。

國小四年級的枝里子，每天為了準備國中入學考往返補習班。某天，她匆忙衝進電車，趕著前往補習班時，心裡卻一直有股說不出的鬱悶。枝里子一直在想心事，沒注意到腳下的高低差而摔了一跤，幸好被一位名叫關谷、身材高挑的女性扶住。由於事出突然，枝里子來不及向對方道謝，心裡一直過意不去，覺得自己是連道謝都做不好，讓人覺得可惜的孩子。某天，枝里子在天色昏暗的補習班返家路上，一邊走路一邊傳訊息給媽媽，結果又絆倒。就在這時，一道形跡可疑的黑影逐漸逼近她。