遲早是最強的鍊金術師？

年約40的上班族入間巧，被誤召喚進了異世界，無法回到原來的世界。女神諾綸要他以17歲少年的模樣，在奇幻世界米魯多嘉魯多重啟人生。得到女神諾綸豐厚的加護，巧在獲得魔法與技能的同時，突然被放進了異世界的原野。他救了被魔物襲擊的少女，並且在少女的村子生活下來，開始享受他的新人生......。

楓是巧在森林遇到的魔物蜘蛛，並且成為了巧的從魔。楓擁有製造超高級蜘蛛絲的技能！村民們對蜘蛛絲綢的評價很高，巧擅長的稀有技能也備受村民歡迎，越來越融入村裡的生活。然而日復一日的鍛鍊使得巧的技能等級突飛猛進，為了學習鍊金術，巧下定決心離開他在米魯多嘉魯多的故鄉伯多村，前往大城鎮。

在帕佩克的懇求下，巧答應製作100個馬桶，並且為了尋找人手前往慕蘭商會。巧提出「管理宅邸」、「護衛與有戰鬥能力」的條件，因而遇見人族美少女瑪莉亞以及精靈族美女蘇菲亞。蘇菲亞因為某個理由無法戰鬥，但巧依舊決定與她們締結契約。

巧對蘇菲亞和瑪莉亞說想要去旅行。蘇菲亞和瑪莉亞在公會完成註冊後，他們就組成了小隊。三人在冒險者公會被惡人找碴，雖然討回公道，卻被公會會長巴拉庫叫住。在說明完事情原委後，會長建議他們盡快提升級別，三人便出發去執行討伐哥布林的委託任務。

巧為了旅行打算將裝備升級，為了製作更上等的防具，巧需要秘銀與精金礦石。向冒險者公會詢問後，公會告訴巧只要接下討伐魔物與收集樹精木材的委託，就能順便採礦。三天後，巧一行人與鍛造師德岡波一起出發，然而他們即將路過的死亡之森周圍，魔物的活動十分活躍，可能出現上位物種的魔物。

淨化魔導具的傳聞流傳到希德尼亞神國，希德尼亞派人威脅巴奇拉國王交出巧，但遭到國王拒絕。巧為了謁見巴奇拉國王，準備前往王都巴奇拉托斯。就在此時諾綸女神告知巧被送往米魯多嘉魯多的時間是在希德尼亞召喚勇者的一年前。另一方面，巧準備建造馬車，從瑪莉亞口中得知龍馬的存在，於是他決定前往死亡之森。

麒麟龍馬山茶成為夥伴後，巧致力於打造馬車。看到巧不惜犧牲睡眠投入全部熱情在工作中，蘇菲亞十分擔心。馬車終於順利完成，一行人展開前往王都的旅程。只是途中戈德文藩侯在言語之中透露著不安。他說「必須保護入間先生免受亂七八糟的騷擾...尤其是希德尼亞神皇國的真實意圖難以捉摸」。

新夥伴蕾娃加入，獻給巴奇拉國王的馬車也完成了。與國王的會面順利結束。巧聽說魔導具馬桶將輸出給同盟國與貿易國的計畫，一行人對於希德尼亞神皇國的接近有所戒備。回到波魯頓後，冒險公會要求巧等人為自己的小隊取名。大家絞盡腦汁就是想不出好名字......。

發動奇襲神威部隊遭到巧等人擊退，終於確認巧已被希德尼亞神皇國與神光教會鎖定。遭襲的傳聞甚至被加油添醋成「巧的人頭被懸賞了高額賞金」。巧等人完成了結界魔導具，加強府邸周圍的警戒。另一方面，希德尼亞神皇國正積極進行著女神諾綸曾向巧提過的勇者召喚計畫。

巧等人前去挑戰地下城・獸王森林，更進一步加深了彼此的羈絆。探險回來後巧應戈德文藩侯的邀請前去商量事情。為了讓鄰近遭廢村之苦的村民們有家可歸，巧前往波魯頓領地南方的未開發區域，接下建造開拓村的委託。雖然是聽說當地有未發掘的礦脈，巧才積極接受委託，但是......。

瑪妮加入「諾綸之翼」，巧等人建設的城堡要塞都市威基弗特日益繁榮。然而希德尼亞神皇國發動勇者召喚術造成魔力震盪，使得城牆外圍的魔物力量增強。與此同時，被希德尼亞神皇國召喚的三名勇者出發前往巴奇拉王國。

威基弗特遭到大量魔物的襲擊，情況危急的消息傳進巧的耳朵。接下委託任務的「諾綸之翼」、「獅子之牙」、「深紅薔薇」三支隊伍趕往村子擊退魔物，此時一同戰鬥的騎士提出令人在意的報告。「魔物看似受到指揮般的行動一致」......這種情況在以往令人難以置信，但巧等人領悟到這次的魔物驅除任務並非易事。