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太陽系被無法對話的異形．奇居子破壞已逾千年。
一部份倖存的人類搭乘播種船希德尼婭，一邊繁衍後代，一邊旅行。
自出生便在地下生活的少年谷風長道，也成為歷史名機繼衛的操縱士。事隔百年再次遭遇威脅，人類跟長道會做出何種選擇？
賭上人類存亡的一戰，即將開始——
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25分
第1集【初次上陣】 一直生活在希德尼婭地下的谷風長道，在將自己拉拔長大的爺爺死後因糧食耗盡來到地上，卻被當成偷米賊逮捕。因緣際會之下，他成為衛人訓練生，第一次交到了人類朋友。與此同時，奇居子也再度於人類面前現身……
25分
第2集【星空】 長道與其他訓練生收到出擊命令，前往小行星執行採集資源的任務。沒想到在採集地點卻碰上了奇居子，沒有攜帶對抗奇居子唯一的武器．刺芽槍的訓練生也因此陷入危機。
25分
第3集【榮耀】 希德尼婭迎來年度祭典「重力節」，在上一次戰鬥中英勇退敵的長道，在衛人訓練生之間也成了話題人物。然而暫時遭到擊退的奇居子又再度威脅希德尼婭，身為最強衛人操縱士，人稱四天王的赤井班成員也被選為討伐隊。
25分
第4集【選擇】 赤井班全滅的消息在希德尼婭傳開，造成人心惶惶。認為首要避開奇居子入侵艦內，即使預估船內將出現慘重傷亡，小林艦長依舊下令本艦進行斜向加速，緊急迴避直朝而來的奇居子。
25分
第5集【漂流】 遭受奇居子攻擊造成機體失控，緊急脫離駕駛艙的星白。違背司令部命令執意尋找她的長道，也因繼衛的能量耗盡無法返回希德尼婭，與星白兩人靠著僅存的糧食與水在宇宙中漂流，也逐漸拉近了彼此的距離。
25分
第6集【敬禮】 因防衛隊集體違反規定前來迎接而獲救的長道與星白，經歷十幾天的漂流終於回到希德尼婭。因前次戰鬥中的活躍表現，兩人與岐神、仄焰也相繼升格為正規操縱士。
25分
第7集【覺悟】 為了保護受連結型奇居子威脅的希德尼婭，長道等人受命執行尾部的爆破任務。然而對長道心懷不滿的岐神卻利用隊長職務讓他在任務中失誤，導致尾部切斷失敗，長道也因此受襲——
25分
第8集【不死】 小林艦長下令使用對行星引導飛翔體破壞可能潛伏奇居子的行星，然而出現所有人眼前的卻是完美模仿了衛人性能的奇居子，甚至以胞衣形成了星白生前的樣子……
25分
第9集【眼神】 為了確認胞衣星白是否擁有人類的知性，外宇宙生命研究所的研究員田寬要因此找來長道協助自己的實驗。沒想到本來靜靜地漂浮在實驗槽裡的胞衣星白一見到長道便產生反應，甚至伸出胞手作勢攻擊。
25分
第10集【決心】 不知不覺被兩人牽著鼻子走的長道與伊札那和纈前往基底湖散心，本來是為了讓他放鬆心情的旅行，卻因纈帶來的鑰匙在湖底下找到了疑似為科學家落合遺留下來的研究設施。
25分
第11集【撞擊】 在希德尼婭的航路上出現了以胞衣包覆住整個小行星的奇居子，為了迴避撞擊而加速偏離軌道的希德尼婭，卻再次被同樣轉換軌道的奇居子威脅。纈因此下令發射對行星引導飛翔體，並派出衛人隊殲滅周圍的奇居子。
33分
第12集【返艦】 為了讓衛人隊順利進入奇居子體內破壞主本體，希德尼婭發射了超高輸出的愛克斯粒子砲。另一方面，長道也受命擊落至今已殺害多名同伴的智慧型奇居子紅天蛾。