第1話【感覺和大家一起的話就能夠成為魔法少女】 在和「班長的魔女」的戰鬥之中，小圓和焰陷入了苦戰。小圓不斷遭受魔女手下的攻擊，焰為了幫助小圓使用了時間停止，並舉起了槍。但是此時在她們面前出現的是，謎一般的少女。因此而動搖的焰，不自覺的解除了時間停止。小圓也在魔女手下的攻擊中陷入了困境，此時從神濱回來的沙耶香趕到，解除了危機。戰鬥結束後，沙耶香和小圓她們說出了在神濱見到的麻美的事情，並告訴了她們關於「魔法少女的真相」…

第2話【她和妳一點也不像】 為了進入Magius的基地「Hotel Fenthope」，八千代正追趕著Magius的黑羽翼們。並在途中和「窺探古城的謠言」展開了戰鬥。為了尋找Hotel Fenthope的入口，八千代接著前往了謠言曾經出現過的已經衰退的商店街，在那裡遇見了寶崎市的魔法少女黑江還有小丘比，就在要追上倉皇逃走的黑江時，過去的好友梓美冬出現了。美冬告訴八千代Magius的計畫正是為了避免像彩羽這樣的犧牲者再次出現，但…

第3話【多到幾乎令人承受不住不是嗎】 在萬年櫻之謠的結界裡，八千代和黑江找到了彩羽。但她們卻突然被從彩羽身體裡出現的沉默的魔女化身給吞噬。醒過來的八千代，發現自己身在三日月莊，和鶴乃、菲莉西亞、紗奈還有彩羽一起，像平常一樣吃著早餐。還有本來不該在這裡的黑江也出現了。八千代和黑江對這個狀況感到困惑，並懷疑自己並不是身處於現實世界，而是在沉默的魔女化身讓她們看見的「夢的世界」裡。因為擔心著還在現實世界的彩羽，為了讓她甦醒過來，八千代和夢中的彩羽訴說了自己的心意。

第4話【妳能接受這種事嗎】 彩羽從黑江那裡聽到了羽衣的好朋友，Magius的柊音夢的事情。並得知了音夢仍記得自己一事。為了和要和音夢見面，彩羽請求黑江幫助她。在黑江的帶領下，彩羽、八千代、黑江前往了Magius的基地「Hotel Fenthope」。但就在三人抵達入口時，正巧遇見了剛從入口出來的天音姊妹。彩羽和黑江在八千代負責拖住天音姊妹時，進入了基地。就在兩人正在尋找音夢時，黑羽翼的水波玲奈和秋野楓出現了…

第5話【已經不會再原諒任何人了】 為了尋找三日月莊的同伴，原本打算一個人出發的彩羽，在黑江的堅持下，決定兩個人一起行動。黑江心中想著彩羽的事。另一方面，菲莉西亞和紗奈作為黑羽翼正在Magius工作著。「直到知道怎樣才不會變成魔女之前自己不會回去」這樣說著的菲莉西亞，和紗奈一邊看管著被謠言給抓住的人們，兩人都不禁對Magius的行為產生了疑問。 另一方面，作為白羽翼行動著的美冬，因為見到了意想不到的人而深感困惑。在各自錯綜複雜的想法中，燈花發表了為了拯救所有魔法少女的詳細作戰內容，那就是…

第6話【只有我能做到的事情】 讓彩羽先行離開的黑江，在和Magius的戰鬥中聽見了魔女化身的聲音。「妳忘了我是誰嗎？」黑江對這低聲的耳語感到無比顫慄。另一方面，先一步前進的彩羽則聽見了羽衣的聲音。而對Magius的作戰感到混亂的菲莉西亞和紗奈，對著似乎已經放棄了一切的美冬，紗奈提出了疑問，並表明了自己的想法。因為作戰執行的關係，大量的魔女們集中到了神濱市的街道上，此時找尋著彩羽的八千代， 和見瀧原的魔法少女們相遇了。

第7話【妳什麼都不知道】 潛入Magius基地的魔法少女們。擋在剛與彩羽再會的八千代還有小圓她們面前的，是已經變成Magius戰士的由比鶴乃和巴麻美。兩人都失去了自我，並向同為夥伴的魔法少女們展開了攻擊。而彩羽和小圓也因此而綁手綁腳，陷入了苦戰。這時橫濱市也因為Magius的作戰，魔女一個一個的被呼喚而來。除此之外，有史以來最大的超級颱風也正在接近，並預計於6小時候著陸。而那颱風的真實身分，就是最凶最惡的魔女，魔女之夜。

第7.5集【最終回播出前特別篇】 所謂的魔法少女，就是以自己的願望作為交換，背負起必須一直和魔女戰鬥下去的宿命的存在。為了成功執行能將魔法少女從這樣的宿命拯救出來的計劃，「Embryo　eve覺醒作戰」，Magius將大量的魔女聚集到神濱市來，並讓街道陷入了混亂。為了阻止計劃、拯救夥伴、以及各自的願望…所有人的想法於此刻交錯著。

第8話【妳根本一點也不強好嗎】 因為打倒了和謠言融合的鶴乃，Magius的燈花對彩羽她們氣憤不已，決定派出兵熊之謠大軍。但看著燈花的樣子，音夢卻感覺到了困惑。因為看來實際的情況，正和音夢所想像的漸行漸遠。同時，彩羽在回過神後，發現自己正身處在一個從沒見過的世界。此時在劇場裡的觀眾席上，名為梅露的魔法少女進行了占卜。梅露的彩羽，想起了之前燈花在記憶博物館給中自己看的過去。

第9話【我們失敗了】 那是，已不會再回來的日子。彩羽每日都到醫院探望住院的羽衣、燈花與音夢。 三人都非常仰慕彩羽，並親密的一起度過那段時光。 某天，三人在玩耍時開始製作起了樣都市傳說一般的謠言。 她們想著就算自己死了，只要聽到這些謠言，彩羽就會想起自己。 面對這樣的三人，彩羽告訴她們，希望可以製作一個包含大家都能平安出院的願望的「萬年櫻之謠」。 就在那一天，丘比出現在了彩羽的面前。

第10話【終將消失的少女們】 急忙趕到彩羽身邊的魔法少女們，遇上了難以擺脫的熊熊軍隊之謠。 天音姊妹上前阻擋，美冬也盡可能將其壓制。 告訴她們「magius的作戰計劃失敗了」 另一方面，燈花因為音夢的力量而找回了至今都被削除的記憶。 燈花對於和彩羽的重逢感到喜悅，但卻因至今都和彩羽作為敵人一事而感到混亂。 燈花詢問為什麼音夢要一直隱藏真相。 然後，兩人便重新確認了對於彼此的心意，以及和羽衣曾做過的約定。

第11話【還要當魔法少女到什麼時候】 燈花與音夢為了要實現和羽衣的約定，決定再次和魔女之夜展開戰鬥。 八千代為了阻止這件事不斷追擊。 還有作壁上觀的阿莉娜、獨自一人迷惘的黑江、以及丘比。 另一方面，回過神來，彩羽已經身在自己的房間內。 房間內呈現的是，羽衣仍存在時的風景。 彩羽以及羽衣終於再次相遇了。

第12話【無人知曉的，我們的紀錄】 彩羽悲嘆著至今為止的戰鬥。認為沒有人因此而獲救過。 但丘比卻說，多虧了彩羽。 正因為彩羽讓大家看見希望，才會使所有人墜入絕望。 丘比他，希望所有魔法少女都跌入絕望的深淵。 彩羽的魔女化身也同時追擊著彩羽，告訴她就是因為彩羽阻止了magius，才會促成更多魔女的誕生。 正當彩羽陷入絕望時，有一個聲音呼喚了她的名字。