警署警長方梓翹阻止少女梁敏詩在酒吧鬧事，被敏詩誤傷。敏詩與同學何欣遙起爭執，沙展高輝出面調停。高輝事業不順，獲扁瓦爐火鍋店老闆娘盧倩雯安慰。敏詩伏屍後巷，疑因過量吸毒致死。高輝被調派到梓翹所屬的重案組，二人往敏詩就讀的學校調查。欣遙在母親唐淑慧陪同下作供，道出敏詩做援交一事。敏詩的父母早已離異，梓翹指責她的父親未有依時給予贍養費。敏詩的父母在天台爭執，敏詩之母企圖跳樓，高輝、梓翹趕來阻止……

林偉倫見女友梓翹受傷，勸梓翹辭職，並帶同兒子何子俊隨他移居上海。高利貸到扁瓦爐追債，侍應程國彪阻止不果，向高輝求助。高輝、梓翹找到敏詩的援交客人張允賢，允賢道出案發當晚的經過。高輝發現敏詩的交友帳號被刪除，懷疑與欣遙有關。高利貸再次上門向倩雯追債，被收數公司老闆羅威阻嚇。倩雯的女兒盧小寶是KOL，她為拍片吸引網民，向高輝打聽敏詩一案。淑慧停用家中的無線網絡，欣遙匆匆離家，並聯絡毒品拆家食腦……

食腦駕車逃走，高輝舉槍阻止……欣遙向警方坦白與敏詩做援交一事，對其離世甚感自責，但淑慧仍有信心為欣遙洗脫罪名。高級督察湯玉蘭懷疑案件另有內情，梓翹向玉蘭投訴高輝的辦事手法有問題。老師發現子俊持有香煙，子俊拒絕透露香煙來源；在梓翹逼供下，子俊的同學承認違規，但事後責怪子俊出賣朋友。高輝到酒吧索取閉路電視片段，被負責人劉樂基拒絕。羅威找郭明生追債，樂基答允代手下明生承擔債務。羅威遇上小寶，尾隨在後……

小寶在街頭拍攝李文杰遛狗，被文杰要求刪除影片。羅威向倩雯提議讓小寶加入他的公司。高輝從小寶拍攝的影片找到線索，再次調查允賢。允賢道出事發經過，梓翹情緒激動。高輝帶梓翹找小寶，讓梓翹觀看涉案影片，小寶暗中直播梓翹工作的模樣。羅威與手下翻啄跟蹤食腦，打算要脅樂基。羅威向小寶打聽案情，卻被小寶看出他有所隱瞞。羅威拒向高輝透露食腦的下落，倩雯親自往找羅威……梓翹得悉曾被小寶偷拍，要她立即刪除影片。

食腦被捕，但他否認謀殺敏詩……偉倫來電提醒梓翹着手準備移居上海，梓翹藉詞迴避。高輝、梓翹探望敏詩的家人，敏詩的母親提供一段留言錄音，令案件出現新疑點……子俊見友人張明朗與小混混爭執後被毆打，即出手阻止。子俊、明朗到遊戲開發公司試玩新遊戲，老闆文杰欣賞子俊的態度，有意聘請他擔任遊戲試玩員。明朗遊說子俊別上班，還帶子俊等人喝酒，子俊拒絕並離開。小寶為拍片接近明朗，惟明朗接到一通電話後匆匆離去……

經明生介紹，樂基委派明朗擔任毒品拆家。梓翹擔心子俊學壞，兩母子許下承諾。子俊首天到遊戲開發公司上班，被梓翹發現；梓翹上門找子俊，文杰說服她讓子俊一試。小寶約見明朗，遇上梓翹；梓翹勸阻小寶不成，小寶反提出合作。梓翹擔心小寶，致電高輝求助。小寶險被明朗侵犯，幸得文杰解救……小寶送院後神智不清，高輝責怪梓翹讓小寶冒險。小寶於網上發佈明朗吸毒的片段，並登門答謝文杰相救。明朗找子俊求助，子俊替他引開警察……

梓翹為了移居及子俊之事而苦惱，獲玉蘭鼓勵。明朗向子俊借錢，梓翹察覺子俊有不妥，遂暗中尾隨。明朗懷疑子俊出賣他，怒打子俊。梓翹與子俊爭吵，一氣之下掌摑了他。子俊逃學，高輝陪梓翹四出尋找。子俊為逃避高輝，不惜跳海……高輝帶子俊到扁瓦爐，子俊喜跟小寶結交。掃毒組將小寶的網片下架，並警告她不要阻礙案件調查；小寶感不滿，反被高輝、梓翹指責。羅威擔心小寶的安危，倩雯勸羅威別生事。小寶外出，發現被人跟蹤……

小寶逃跑，高輝捉拿跟蹤她的人……小寶尋找明朗早前遺留的毒品，不慎跌倒並撞倒文杰。小寶用文杰的手機，連結自己的手機作定位，要求文杰保護她。小寶開直播公開毒品的成分，玉蘭得悉後震怒，高輝與梓翹為此意見不一。樂基的生意受到影響，怒打明朗。羅威找樂基追債，遇上高輝、梓翹到酒吧查牌。高輝、梓翹勸小寶收手，再遇羅威，雙方起爭執……國彪與江湖中人江成泰重聚，得悉成泰拒絕為樂基供應毒品，國彪向樂基提出可幫助他……

國彪帶明生找成泰取貨，並向明生索取佣金。明朗被明生禁錮，明朗趁機偷車逃去，急找子俊借錢。明朗發現車尾箱藏有毒品，藉此要脅明生。明朗駕車撞向小寶與文杰，文杰墮下山坡……明朗擄走小寶，還意圖侵犯她；子俊奮力阻止，情急下致電高輝求助……高輝、梓翹發現明朗的屍體，而子俊不知所蹤。小寶的供詞對子俊不利，玉蘭拒讓梓翹參與調查。子俊拒絕接聽梓翹的來電，梓翹只好託高輝幫忙聯絡子俊。梓翹大受打擊，在街頭痛哭……

梓翹堅持要陪子俊作供，玉蘭勒令梓翹休假，子俊向高輝道出事件始末。小寶留院，羅威徹夜看守。文杰對小寶與羅威的關係感好奇，反被小寶問及其成長背景。梓翹為不懂管教子俊而自責，高輝安慰。閉路電視片段拍到涉案車輛的位置，高輝帶隊行動，將羅威人贓並獲。羅威指車輛屬於明生，高輝相信其供詞，加上現場證據，推斷有身分不明人士曾在案發現場出現。梓翹探望子俊，母子互訴心聲。玉蘭召開記招，宣佈命案兇手是一名中三學生……

梓翹看到警方記招後情緒激動，憤然辭職。羅威以貨物作要脅，要明生還債。明生擔心被警方發現曾與明朗接觸，不願露面，惟被樂基勒令取回貨物。梓翹從小寶口中得悉明朗一案的線索，往酒吧質問樂基。明生與羅威見面期間，接到來電後面色大變，隨即挾持羅威試圖逃走……子俊獲洗脫嫌疑，高輝卻認為案件仍有可疑之處……羅威受傷送院，喜獲倩雯、小寶關心。偉倫關心子俊，再向梓翹提出移居之事。國彪向樂基索取佣金，樂基提出與國彪合作。

梓翹對前路感迷惘，向高輝尋求意見。偉倫追問梓翹的想法，梓翹坦白心底話。子俊被同學排擠，主動向大家澄清。子俊願隨梓翹移居，偉倫大表高興。小寶自薦擔任遊戲試玩員，還擅自直播試玩未推出的遊戲，被文杰責罵，小寶反提出合作。國彪帶貨給樂基，剛巧梓翹帶隊到酒吧搜查，高輝發現有人從後門逃走……國彪的好友莊啟昇急需用錢，國彪出手相助。為慶祝與文杰合作，小寶邀眾人到扁瓦爐聚餐，此時軍裝警察前來尋找一名可疑男子……

小寶的打機片段刷新瀏覽量紀錄，文杰與小寶定下目標。偉倫因錢財糾紛被客人纏繞，還遭警告或有進一步行動。樂基對國彪的要求越來越多，還着國彪找人幫手。毒品市場活躍，梓翹多次帶隊到樂基的酒吧搜查，都未有所獲。有神智不清的女途人騷擾子俊，卻突然昏倒，疑與吸食毒品有關。子俊買外賣給梓翹，梓翹與偉倫樂見他成長不少。梓翹遇上涉嫌吸毒女子，從毒品的包裝有所發現……倩雯撞破國彪的秘密，勸他自首，國彪求倩雯幫忙……

梓翹審問倩雯，懷疑倩雯有所隱瞞，高輝驚悉自己被蒙在鼓裡。倩雯被拘留，並向高輝提起二人初次見面之事……小寶擔心倩雯，獲文杰安慰，二人感情升溫。國彪向樂基求助，反被羞辱。玉蘭拒讓高輝參與調查，梓翹明白高輝處境，給予體諒。玉蘭準備將倩雯一案轉交毒品調查科，梓翹說服玉蘭，爭取兩日時限進行調查。扁瓦爐暫停營業，員工馮志銓被追債，急忙聯絡國彪。梓翹查到國彪的下落，正要行動之際，卻被同來找國彪的羅威打亂計劃……

梓翹審問羅威，羅威拒絕透露消息來源。羅威力斥高輝，揚言為了倩雯可以不惜一切。神秘毒販「挪亞方舟」發訊息，要脅樂基。國彪被刀手追斬，啟昇為救國彪而受傷，高輝趕到……國彪買醉鬧事，被途人拍下。小寶經網友得知國彪消息，急忙通知高輝。國彪企圖跳樓，高輝勸阻……倩雯、羅威獲釋，小寶感謝高輝與羅威的付出。子俊對將要移居感不安，梓翹給予鼓勵。高輝與倩雯喝酒，感慨舊友不在。小寶翻看國彪站在天台的影片，有所發現……

小寶發現國彪之事有可疑，找文杰幫忙修復影片。梓翹為求破案，申請延遲離職。偉倫不滿梓翹的決定，二人起爭執。偉倫被淋紅油，梓翹當場拘捕翻啄。偉倫向梓翹解釋因由，梓翹有感彼此的價值觀不同。梓翹找上向偉倫追債的鄺氏夫婦，鄺氏夫婦稱被偉倫欺騙。小寶偷錄高輝與羅威的對話後，要求羅威幫忙查出真相。小寶在酒吧偷拍，被樂基的手下發現，高輝、梓翹及時趕到。小寶趁機設置針孔攝錄機，得悉樂基被「挪亞方舟」威脅……

偉倫約見鄺氏夫婦商討和解，對話被梓翹聽到。梓翹難以接受偉倫的處事手法，拒絕隨偉倫移居。梓翹向高輝傾訴後，正式向偉倫提出分手。樂基設法逼「挪亞方舟」現身；小寶銳意找出疑兇，文杰勸小寶不要冒險。梓翹取消離職申請，有感鬆一口氣。偉倫要求取回放在梓翹家中的物品，還將分手一事遷怒於子俊。小寶找羅威替子俊出頭，眾人合謀作弄偉倫，小寶更將影片上載到網絡。偉倫與子俊為舊照片起爭執，偉倫掌摑子俊，被高輝當場拘捕……

子俊向小寶透露梓翹有新戀情，小寶卻持相反立場。小寶欲再次到樂基的酒吧放置針孔攝錄機，被文杰勸阻。小寶陪羅威買禮物送給倩雯，此時小寶得悉樂基約見「挪亞方舟」，急忙離去。高輝與梓翹跟蹤樂基不成，從小寶口中得知樂基消息。小寶被困升降機，得羅威解救。樂基持刀追斬小寶，羅威為救小寶，與樂基搏鬥……小寶向倩雯問起羅威消失多年的原因，高輝則向梓翹道出與羅威的往事……玉蘭認為案件有疑點，下令追查「挪亞方舟」。

樂基的電腦資料被刪除，高輝、梓翹推測是「挪亞方舟」所為。小寶將儲存偷拍片段的記憶卡交給梓翹，惟梓翹未有發現。市面再有毒品流出，梓翹帶隊拘捕吸毒人士，得悉毒販經營模式有變。高輝、梓翹設局引「挪亞方舟」現身，此時有神秘人出現……文杰發生車禍，小寶趕往急症室。高輝陪倩雯祈福，對一直忽略倩雯感抱歉。梓翹得悉子俊不慎觸電，趕往意外現場。「挪亞方舟」襲擊高輝後，向昏倒的高輝自揭身分卻被撞見，不久有人墮樓……

警察擔任黯夜守護者守護著這個城市，亦透過不同案件，揭示案中人背後的故事、探索社會陰暗一面。 除了案中受害者 陳展鵬、陳煒、陳敏之等所演的角色也是有故事的人，以往的遭遇影響著生活，每個選擇亦影響將來的人生。面對人生種種糾結與關係上的愛恨交纏，該如何作出正確抉擇，尋找人生出路...